ООО "ПРОПИОНИКС"

ИННОВАЦИОННЫЕ ПИЩЕВЫЕ ТЕХНОЛОГИИ +7(966)348-80-35; +7(915)001-93-94

Главная \ 6. Новости и обзор литературы

Влияние экологических и фармакологических изменений на микробиом верхнего отдела ЖКТ

« Назад

03.06.2021 15:17

Влияние экологических и фармакологических изменений на микробиом верхнего отдела желудочно-кишечного тракта

Joshua Bilello and Ikenna Okereke

Impact of Environmental and Pharmacologic Changes on the Upper Gastrointestinal Microbiome

Biomedicines 2021, 9(6), 617

Резюме

Со временем заболевания верхних отделов желудочно-кишечного тракта стали более распространенными. Механизмы формирования заболевания до сих пор изучены лишь частично. Недавняя литература показала, что окружающий микробиом влияет на склонность к образованию заболеваний в различных отделах верхних отделов желудочно-кишечного тракта. Был проведен обзор любой литературы, насколько нам известно, о влиянии фармакологических агентов, изменений окружающей среды и хирургического вмешательства на микробиом верхних отделов желудочно-кишечного тракта. Поиск литературы проводился с использованием конкретных ключевых слов, связанных с лекарственными препаратами, хирургическими процедурами и факторами окружающей среды. Многие отпускаемые по рецепту и без рецепта лекарства, которые обычно используются, оказывают различное воздействие на верхние отделы желудочно-кишечного тракта. Ингибиторы протонной помпы могут влиять на относительную распространенность некоторых организмов в нижней части пищевода и оказывать меньшее действие в проксимальном отделе пищевода. Изменения в микробиоме пищевода коррелируют с некоторыми заболеваниями пищевода. Было также показано, что препараты, вызывающие потерю веса, влияют на микробиомы пищевода и желудка. Распространенные хирургические процедуры связаны со сдвигами в микробном сообществе желудочно-кишечного тракта. Было показано, что факторы окружающей среды влияют на микробиом в верхних отделах желудочно-кишечного тракта, поскольку географические различия коррелируют с изменениями в микробиоме желудочно-кишечного тракта. Понимание связи экологических и фармакологических изменений с микробиомом верхних отделов желудочно-кишечного тракта облегчит планы лечения, направленные на снижение уровня заболеваемости.

1. Введение

Микробиом человека содержит триллионы микроорганизмов, многие из которых являются бактериями, которые помогают хозяину в переваривании питательных веществ и играют жизненно важную роль в врожденной и адаптивной иммунной системе хозяина [1]. Микробный дисбактериоз, или изменение микробиома, играет важную роль в хроническом воспалении, дисплазии, раке и других заболеваниях пищевода [2,3].

Желудочно-кишечный тракт имеет важную связь с микробным сообществом в его просвете. Взаимодействие хозяина и патогена в желудочно–кишечном тракте имеет решающее значение для развития или профилактики заболевания. Хотя большая часть литературы сосредоточена на микробиоме нижних отделов желудочно-кишечного тракта и его связи с заболеванием, в последнее время все чаще изучается микробиом верхних отделов желудочно-кишечного тракта [4-6].

Обзор литературы, касающейся верхних отделов желудочно-кишечного тракта, показывает, что различия в окружающей среде, фармакологические изменения и специфические операции могут повлиять на микробиом, что может привести к заболеванию. Наши цели состоят в том, чтобы подробно описать связь экологических и фармакологических изменений в микробиоме верхних отделов желудочно-кишечного тракта и то, как эти изменения могут увеличить риск заболевания.

2. Материалы и методы

Был проведен подробный обзор литературы. Ключевые слова, использованные для обзора литературы, включали микробиом пищевода, микробиом желудка, микробиом двенадцатиперстной кишки, гастроэзофагеальную рефлюксную болезнь (ГЭРБ), эозинофильный эзофагит (ЭОЭ), язвенную болезнь желудка, ингибитор протонной помпы (ИПП), рукавную хирургию желудка, операцию по шунтированию желудка Roux-en-Y, хирургия язвы желудка, хирургия гастроеюностомии, пищевод Барретта, плоскоклеточный рак пищевода, аденокарцинома пищевода, аденокарцинома желудка, аденокарцинома двенадцатиперстной кишки, сельский микробиом, городской микробиом, грамотрицательные микроорганизмы и грамотрицательные микроорганизмы против грамположительных организмов. Анатомия верхних отделов желудочно-кишечного тракта была разделена на пищевод, желудок и двенадцатиперстную кишку. Экологические и фармакологические ассоциации со сдвигами в микробиоме были зарегистрированы для каждого отдела верхних отделов желудочно-кишечного тракта. Хотя трансплантация фекальной микробиоты является важным аспектом лечения некоторых заболеваний желудочно-кишечного тракта, она не была включена в обсуждение микробиома верхних отделов желудочно-кишечного тракта.

3. Результаты

3.1. Пищевод

3.1.1. Различия в микробиоме при различных заболеваниях пищевода

Микробиом пищевода у человека классифицируется на два типа [7]. Тип I состоит из грамположительных бактерий, в частности из типа Firmicutes, и связан с нормальным пищеводом. Тип II состоит из грамотрицательных бактерий, включая Veillonella, Prevotella, Haemophilus, Neisseria, Granulicatella и Fusobacterium. Микробиом пищевода II типа, скорее всего, связан с гастроэзофагеальной рефлюксной болезнью (ГЭРБ) и пищеводом Барретта. Учитывая связь II типа с заболеваниями, существует повышенный интерес к патогенезу микробиома пищевода для этого типа.

ГЭРБ явно связана с микробиомом пищевода типа II и является одним из наиболее распространенных заболеваний желудочно-кишечного тракта, с оценочной распространенностью в 25% в США [8]. Если ГЭРБ не лечить, она может вызвать кровотечение, рубцевание и образование язв в гастроэзофагеальном переходе, что приведет к хроническому воспалению. Это хроническое воспаление может привести к превращению нормального плоского эпителия в метапластический столбчатый эпителий слизистой оболочки пищевода, известный как «пищевод Барретта». Пищевод Барретта предрасполагает пациентов к развитию дисплазии и является сильным фактором риска образования аденокарциномы пищевода [9,10].

Механические факторы развития пищевода Барретта были проанализированы путем сравнения микробиоты желудочно-кишечных патологий с контрольной группой [11]. Эти исследования показали, что, хотя общее количество бактерий было схожим у пациентов с пищеводом Барретта по сравнению с контрольными пациентами, уровень разнообразия был изменен у пациентов с пищеводом Барретта [12]. Ранее распространенные виды Streptococcus были уменьшены у пациентов с пищеводом Барретта, а количество грамотрицательных анаэробов увеличилось. В частности, у пациентов с пищеводом Барретта увеличилась распространенность родов Veillonella, Prevotella, Fusobacterium и Neisseria. Этот переход от грамположительных аэробных к грамотрицательным анаэробным видам может зависеть от изменений окружающей среды и быть связан с патологическим состоянием болезни у пациентов с этими патологиями. Эти результаты были дополнительно подтверждены более поздним исследованием [13], которое показало, что пациенты с аденокарциномой пищевода имели менее разнообразную микробиоту по сравнению с контрольными группами.

Различия в разнообразии включали уменьшение количества конкретных грамотрицательных и грамположительных бактерий, таких как Veillonella и Granulicatella, соответственно. Однако было обнаружено, что количество грамположительных бактерий Lactobacillus fermentum увеличивается у пациентов с аденокарциномой пищевода по сравнению с пациентами контрольной группы. Lactobacillus fermentum или другие бактерии, продуцирующие молочную кислоту, могут доминировать и изменять среду слизистой оболочки пищевода, приводя к среде с низким pH и способствуя усиленному росту бактерий.

Ферментация микроорганизмами, продуцирующих молочную кислоту, также может изменить внутрипросветную среду и позволить Lactobacillus расти преимущественно.

Изучена роль микробиоты полости рта в развитии заболеваний пищевода. Предыдущие исследования показали, что патоген пародонта Tannerella forsythia был связан с повышенным риском развития аденокарциномы пищевода [14]. Кроме того, наличие орального Helicobacter pylori было коррелировано с наличием гастроэзофагеальных язв [15].

Молекулярные пути, участвующие в формировании пищевода Барретта, были исследованы ранее [16-18]. Липополисахариды (ЛПС), обнаруженные во внешней мембране некоторых грамотрицательных организмов, могут вызывать активацию toll-подобного рецептора 4 (TLR4) или воспалительного ядерного фактора каппа бета (NF-KB) и последующую экспрессию многочисленных провоспалительных цитокинов. Кроме того, сдвиги в микробиоме пищевода у пациентов с пищеводом Барретта были связаны с дифференциальной экспрессией генов, ответственных за подавление опухоли и пролиферацию клеток [19-22].

Хотя эти исследования могут предполагать, что различия в микробиоме приводят к патологиям, предыдущее исследование [23] утверждало, что патология слизистой оболочки является причиной сдвига микробиома, а не продуктом сдвига микробиома. Эта позиция была обоснована на основе результатов эксперимента, в котором использовались культуральные анализы с ПЦР для конкретных бактериальных таксонов и у пациентов с ГЭРБ и пищеводом Барретта. В этом исследовании было обнаружено увеличение Campylobacter concisus, редко встречающееся в биопленке пищевода. Было выдвинуто предположение, что присутствие этой бактерии в пищеводе связано с хроническим рефлюксом и является следствием ГЭРБ. Они также обнаружили значительное увеличение экспрессии интерлейкина-18, провоспалительного цитокина, который, как известно, индуцирует интерферон-γ и играет важную роль в иммунитете хозяина у пациентов с ГЭРБ и пищеводом Барретта. В ходе исследования был сделан вывод о возможной взаимосвязи между микробиомом пищевода и маркерами воспаления, вызванными определенными изменениями в микробиоме, вторичными по отношению к заболеваниям.

Еще одной патологией, потенциально связанной с различиями в микробиомах пищевода, является эозинофильный эзофагит (ЭОЭ), которая встречается в педиатрической и взрослой популяции с зарегистрированной частотой 0,1–1,2 на 10 000 человек во всем мире [24]. Мало что известно о роли микробиома пищевода у пациентов с ЭОЭ. Однако в настоящее время изучаются такие факторы микроокружения, как микробиом. ЭОЭ возникает из-за иммуногенной реакции на антигены, которые обычно содержатся в продуктах питания и загрязнении воздуха. Эти факторы вызывают реакцию Th2-типа у хозяина, что приводит к инфильтрации эозинофилов в слизистую оболочку пищевода. Предыдущие исследования показали значительное увеличение грамотрицательных организмов, таких как гемофильная палочка (Haemophilus), у пациентов с ЭОЭ по сравнению с контролем [25]. Эти исследования также показали, что бактериальная нагрузка была увеличена у пациентов с ЭОЭ по сравнению с контрольными субъектами. Фактически, количество бактерий у пациентов с ЭОЭ было увеличено независимо от статуса лечения или степени эозинофилии по сравнению с контрольными пациентами. Кроме того, в другом исследовании [26] было обнаружено увеличение грамотрицательной нейссерии (Neisseria) у лиц с ЭОЭ по сравнению с контрольными субъектами. В этом исследовании также было обнаружено увеличение грамположительных коринебактерий (Corynebacterium). Интересно, что это исследование также показало, что микробиом полости рта отличался у пациентов с ЭОЭ по сравнению с пациентами без ЭОЭ. Увеличение как нейссерии, так и коринебактерий предполагает, что эти два организма, возможно, увеличили абсолютные уровни, вторичные по отношению к воспалению, а не к самому ЭОЭ. Однако, учитывая ограниченные исследования по ЭОЭ и микробиомам пищевода, необходимы дальнейшие исследования, чтобы объяснить путаницу у пациентов с ЭОЭ. Несмотря на интуитивность, пока нет единого мнения относительно загрязняющих веществ, содержащихся в воздухе и ЭОЭ. Некоторые исследователи на самом деле не обнаружили никакой корреляции [27].

Ахалазия, нарушение моторики нижнего пищевода, проявляется дисфагией, срыгиванием пищи и потерей веса из-за неспособности нижнего пищеводного сфинктера расслабиться. Ахалазия и микробиом пищевода также до сих пор не были хорошо оценены. Было несколько сообщений о случаях, которые показывают связь между первичной и вторичной ахалазией из-за ВИЧ и увеличением количества Mycobacterium 3oodie [28,29].

В то время как конкретные различия в микробиомах могут существовать для определенных патологий, результаты предыдущих исследований демонстрируют исследовательский характер текущих исследований и необходимость исследований, которые оценивают различия в микробиомах для дальнейшего понимания их патогенеза.

3.1.2. Действие ингибиторов протонной помпы (ИПП)

ИПП являются одним из наиболее широко используемых классов лекарств в Соединенных Штатах, а также были выдвинуты гипотезы об изменении микробиоты пищевода. ИПП подавляют выработку желудочной кислоты за счет повышения рН желудка. рН повышается вторично по отношению к ингибированию рецептора Н+/К+АТФазы, который отвечает за секрецию кислоты в просвет желудка. Подавление желудочной кислоты ИПП может вызвать избыточный рост бактерий и изменения в микробиоме пищевода [30].

Использование ИПП было связано с рядом изменений, в том числе в исследовании [19], которое показало, что ИПП приводят к изменению структуры микробиоты и снижению разнообразия микрофлоры. В этом исследовании использование ИПП было связано с увеличением количества Streptococcaceae и других лактобацилл. К другим значительным изменениям после лечения ИПП относятся значительное снижение уровней Comamonadaceae, Proteobacteria и Bacteroidetes и значительное повышение уровней Clostridiaceae, Lachnospiraceae, Micrococcaceae, Actinomycetaceae, Lactobacillales, Gemellales, Clostridia и бактерий типа Firmicutes [31,32].

Эти результаты предполагают, что более нейтральная среда, вторичная по отношению к использованию ИПП, благоприятна для процветания определенных бактерий. Однако неоднозначные результаты этих исследований должны побудить к будущим исследованиям, чтобы прояснить эти результаты. Некоторые исследования даже не показали изменений в определенной микробиоте при использовании ИПП (рис. 1A, B) [33].

Рисунок 1. Взаимосвязь между дозой (а) ИПП и продолжительностью использования (б) ИПП по сравнению с нормализованными абсолютными уровнями в организме для Prevotellaи Veillonella. Не было никакой связи между дозой ИПП или продолжительностью использования и уровнем в организме.

3.1.3. Эффект бариатрической хирургии

Одной из наиболее эффективных стратегий снижения веса при ожирении является хирургическое вмешательство. Шунтирование желудка Roux-en-Y (RYGB) является наиболее распространенной и эффективной бариатрической операцией, выполняемой в Соединенных Штатах, и может облегчить огромную потерю веса у человека. После процедуры нарушается пищеварительная система и обмен веществ в желудочно-кишечном тракте. Части пищевода, желудка и кишечника модифицируются, что изменяет популяции бактерий в каждой из этих областей. Поскольку эти операции могут изменить количество кислотного рефлюкса в пищеводе, микробиота дистального отдела пищевода может быть изменена после операции.

3.1.4. Эффект антибиотиков

Антибиотики могут влиять на микробиом пищевода посредством косвенных и прямых механизмов действия. Пациентам вводят антибиотики для уничтожения вредных бактерий, но из-за их широкого спектра действия они могут убивать потенциально полезные организмы в процессе. Они также могут косвенно влиять на микробиом пищевода, нарушая гомеостаз всего микробиома, поскольку многие организмы для функционирования полагаются на вторичные метаболиты, вырабатываемые определенными частями микробиома. Анализ эффекта от использования антибиотиков показал, что в микробиоме произошли изменения, связанные с антибиотиками. Однако это же исследование не показало никакой связи между этими изменениями и развитием аденокарциномы пищевода. Эти результаты предполагают, что микробиом пищевода не может быть коррелирован с образованием аденокарциномы пищевода. Результаты другого исследования, в котором анализировался микробиом у пациентов, лечившихся или не лечившихся от инфекции Helicobacter pylori, показали, что количество видов в дистальном отделе пищевода было значительно уменьшено, особенно Lactobacillales, в группе лечения [34]. Количество грамотрицательных бактерий не увеличилось, но увеличилась колонизация Staphylococcus, Acinetobacter и неспоровыми Bacillus.

Изучены молекулярные механизмы колонизации и выживания Helicobacter pylori в верхних отделах желудочно-кишечного тракта после введения антибиотиков [35–37]. Хотя количество в дистальном отделе пищевода уменьшается, некоторые штаммы Helicobacter pylori сохраняются или даже увеличиваются после введения антибиотика. Одним из основных молекулярных механизмов, с помощью которого Helicobacter pylori развивает устойчивость к некоторым антибиотикам, является точечная мутация домена V гена 23S рибосомной рРНК. Эта точечная мутация приводит к неспособности кларитромицина связываться с 50S рибосомной субъединицей, что ограничивает эффективность кларитромицина. Устойчивость к фторхинолонам опосредуется мутацией в гене, продуцирующем gyrA. Позиции аминокислот 87 и 91 изменены в мутированной форме, что делает Helicobacter pylori менее чувствительным к лечению фторхинолоном.

Было высказано предположение, что антибиотики могут потенциально использоваться для химиопрофилактики аденокарциномы пищевода путем преобразования микробиома типа II в микробиом типа I за счет увеличения численности Streptococcus [38-40]. Необходимо провести дополнительные исследования, чтобы определить конкретную роль антибиотиков в изменении микробиома пищевода [41]. На рисунке 2 показано действие антибиотиков на определенные организмы в верхних отделах желудочно-кишечного тракта.

Рис. 2. Влияние антибиотиков на уровни микроорганизмов в различных аспектах верхних отделов желудочно-кишечного тракта.

3.1.5. Влияние различий в окружающей среде (например, сельское или городское)

Существуют значительные различия и различия в рационе питания сельского и городского населения [42]. Рацион сельского и городского населения может различаться в зависимости от наличия продуктов питания и социально-экономического статуса лиц, проживающих в пределах общины. Люди, живущие в более городских районах, чаще подвергаются воздействию диет, богатых простыми сахарами, животными белками и жирами, поскольку эти продукты более доступны и дешевле, чем более здоровые варианты. Люди в сельских общинах, напротив, как правило, имеют рацион, содержащий больше клетчатки, чем те, кто живет в городских районах. Эти резкие контрасты в диетах могут оказать значительное влияние на микробиоту. Кроме того, существуют огромные различия в экологических и социальных факторах, с которыми сталкиваются люди в городских и сельских общинах. Существуют значительные различия в уровне занятости, доступе к здравоохранению, уровнях загрязнения и уровне стресса между этими общинами. Расовый состав также, как правило, отличается между этими общинами. Эти факторы все больше изучаются.

Исследование показало, что микробиом кишечника у детей, живущих в деревне в сельской местности Африки, сильно отличался от микробиома детей, живущих в западном мире [43]. Была выдвинута гипотеза, что дети в сельских районах Африки ели более богатую клетчаткой диету, чем дети, придерживавшиеся типичной западной диеты, богатой жирами, белками и простым сахаром. Эта разница в диете между двумя группами детей оказала значительное влияние на их микробиомы пищевода. У сельских африканских детей наблюдалось значительное увеличение Bacteroidetes и снижение Firmicutes. У них также было увеличение Prevotella и Xylanibacter. Энтеробактерии были значительно ниже у африканских детей, проживающих в сельских районах, по сравнению с западными детьми. Авторы предположили, что микробиом со временем эволюционировал вместе с диетами этих людей, чтобы обеспечить максимальную энергию от их конкретных диет.

Были проведены исследования, изучающие молекулярную основу, по которой изменения в диете и окружающей среде приводят к сдвигам в микробиоме кишечника и заболеваниям пищевода [44–46]. Было обнаружено, что мыши, получавшие диету с высоким содержанием жиров, имели повышенную продукцию IL-8 по сравнению с контрольными мышами. Эти повышенные уровни IL-8 были связаны с повышенным развитием дисплазии. Когда был проведен кластерный анализ 16S рРНК, мыши с диетой с высоким содержанием жиров кластеризовались отдельно от контрольных мышей и имели измененный уровень бета-разнообразия.

Другие факторы окружающей среды, такие как воздействие загрязнителей и плохое качество воздуха, также влияют на микробиом кишечника [47, 48]. Например, плохая питьевая вода увеличивает выработку N-нитрозометаболитов кишечными организмами. Конкретные загрязнители в воде могут приводить к повышенному уровню этих N-нитрозосоединений [49]

3.2. Желудок

3.2.1. Различия в микробиоме при различных заболеваниях желудка

Предыдущие исследования микробиоты желудка были менее обширными в течение многих лет, потому что многие исследователи полагали, что кислая среда желудка неблагоприятна для большинства организмов. Однако открытие Helicobacter pylori Робином Уорреном и Барри Маршаллом в 1982 году привело к новой теории, согласно которой бактерии способны колонизировать весь желудочно-кишечный тракт. Текущие исследования подтверждают эту гипотезу, и недавние результаты показывают, что в желудке обитает разнообразный микробиом, включая Prevotella, Streptococcus, Veillonella, Rothia, Helicobacter и Haemophilus. Исследования также показали, что некоторые желудочные заболевания коррелируют с изменениями в микробиоме желудка [50–52]. Инфекции Helicobacter pylori ответственны за многие желудочные заболевания и являются установленным фактором риска рака желудка. Изменения в микробиоме желудка тесно связаны со статусом Helicobacter pylori у человека, и многие исследования показали связь между этими бактериями и патологией желудка. Также кажется, что титр Helicobacter pylori может быть связан с развитием язвы желудка и рака желудка [53].

Хронический гастрит, определяемый как воспаление центральной части желудка, очень распространен в мире. В ходе эксперимента были взяты образцы слизистой оболочки желудка пациентов с хроническим гастритом с секвенированием гена 16S рРНК и было обнаружено большое количество Prevotella, Streptococcus, Neisseria, Porphyromonas и Haemophilus по сравнению с контрольной группой [54]. Другое исследование показало, что у инфицированных Helicobacter pylori людей с гастритом уровень Proteobacteria был снижен, а уровень Firmicutes был повышен по сравнению с Helicobacter pylori-отрицательными людьми. Этот образец предполагает, что инфекция Helicobacter pylori вносит свой вклад в микробиом желудка [55]. Кроме того, у пациентов с подтвержденным атрофическим гастритом уровни Streptococcus были увеличены, в то время как Prevotella были снижены по сравнению со здоровым контролем [56]. У пациентов с хроническим гастритом также была более высокая скорость роста бактерий по сравнению с контрольной группой, что позволяет предположить, что Helicobacter pylori не является единственным компонентом гастрита и что другие бактерии могут играть роль [57]. Изменения в микробиоме также могут быть связаны с изменениями pH, хотя для изучения этой взаимосвязи необходимы дальнейшие исследования.

В частности, эта теория применима и к антральному гастриту. Одно исследование [58] показало, что пациенты с антральным гастритом и инфекцией Helicobacter pylori имели относительное снижение Proteobacteria и Prevotella и увеличение количества Firmicutes и Streptococcus по сравнению с пациентами без инфекции Helicobacter pylori. Они также обнаружили, что значительное увеличение количества видов Streptococcus может привести к антральному гастриту. Это также подтверждает теорию о том, что изменения в микробиоме желудка могут вызывать болезненные состояния в желудке.

Биопсии желудка, взятые у людей с язвенной болезнью с выявленной инфекцией Helicobacter pylori, с помощью масс-спектрометрии показали повышенные уровни Streptococcus, Neisseria, Rothia и Staphylococcus. Известно, что эти бактерии более склонны к росту и процветанию в среде с низким pH. Hu et al. обнаружили, что у здоровых людей в контрольной группе преобладали кислотоустойчивые микробы по сравнению с пациентами с язвенной болезнью. Было обнаружено, что у лиц с подтвержденной инфекцией Helicobacter pylori с язвой желудка уровень других организмов, кроме Helicobacter pylori, намного ниже, чем у лиц с выявленной не связанной с язвой диспепсией [59].

Инфекция Helicobacter pylori также является установленным фактором риска рака желудка, и было показано, что лечение этой инфекции снижает частоту возникновения аденокарциномы желудка у инфицированных лиц. Coker и его коллеги [60] обнаружили, что у пациентов с раком желудка было больше бактерий в полости рта, чем у пациентов с хроническим атрофическим гастритом или кишечной метаплазией. Самыми многочисленными микроорганизмами были Peptostreptococcus dentalis, Slackia exigua, Parvimonas micra, Streptococcus anginosus и Dialister pneumosintes. Eun и его коллеги [61] предположили, что изменение всего желудочного микробиома может играть роль в патогенезе рака желудка. Другое исследование [62] показало, что лечение антибиотиками для уничтожения Helicobacter pylori привело к увеличению цианобактерий, Bacteroidetes, Fusobacteria и Actinobacteria и уменьшению Proteobacteria, Epsilonproteobacteria, Campylobacterales, Helicobacteraceae и Helicobacter.

Jimenez и его коллеги [39] обнаружили, что бактериальный микробиом имеет тенденцию к снижению уровня разнообразия у пациентов с инвазивным раком желудка по сравнению с пациентами без рака. Относительно снизилось количество Porphyromonas, Neisseria и Streptococcus sinensis, в то время как было увеличено количество Lactobacillus coleohomonis и Lachnospiraceae. Pseudomonas было значительно больше у пациентов с раком желудка, чем у пациентов с неатрофическим гастритом. Было высказано предположение, что изменение этих измененных уровней бактерий способствует развитию рака желудка.

В многочисленных исследованиях предпринимались попытки охарактеризовать молекулярные пути, которые участвуют в развитии желудочного заболевания, в результате сдвигов в микробиоме [63–70]. В одном исследовании биопсия проводилась у пациентов с раком желудка (n = 10) и без заболевания (n = 5) [71]. Анализ полиморфизма длины терминального рестрикционного фрагмента (T-RFLP) использовали в сочетании с секвенированием гена 16S рРНК для анализа различий микробиома у пациентов с раком желудка и без него. Из 140 секвенированных клонов обнаружено 102 филотипа. Было идентифицировано пять различных кластеров. Helicobacter pylori обнаружен только в одном из кластеров. Было обнаружено 49 различных концевых рестрикционных фрагментов, при этом каждый пациент имел в среднем семь концевых рестрикционных фрагментов. Интересно, что ни один из отдельных терминальных рестрикционных фрагментов не был распространен среди онкологических больных. В этом исследовании индексы разнообразия не различались между онкологическими и контрольными пациентами. Но четыре из пяти здоровых пациентов сгруппировались вместе, что позволяет предположить, что у здоровых пациентов было больше сходных бактериальных сообществ, чем у больных раком.

Другой предложенный механизм, с помощью которого микробное сообщество может вызвать рак желудка, - это производство N-нитрозосоединений. Некоторые организмы могут продуцировать N-нитрозосоединения, некоторые из которых были подтверждены как канцерогены. Несколько исследований выдвинули гипотезу о том, что смещение микробиома в сторону организмов, способных продуцировать N-нитрозосоединения, увеличивает риск рака желудка [72–75].

Микробиота желудка также может вызывать рак желудка, вызывая окислительный стресс, генотоксичность и хроническое воспаление [76,77]. Активация NF-kB некоторыми организмами связана с повышенным риском развития рака [78–80].

Согласно исследованиям, показанным выше, микробиом желудка значительно изменяется при многих болезненных состояниях желудка. Helicobacter pylori является ключевым побуждающим фактором в патогенезе многих из этих заболеваний, но другие изменения в микробиоме также могут способствовать развитию желудочных заболеваний. Необходимо провести дальнейшие исследования, чтобы установить, являются ли изменения в этом микробиоме патогенезом желудочного заболевания или же они являются следствием самих болезненных состояний.

3.2.2. Действие ингибиторов протонной помпы (ИПП)

Было показано, что использование ИПП вызывает изменения во всем желудочно-кишечном тракте, включая микробиом желудка. В нескольких недавних исследованиях было обнаружено, что ИПП изменяют состав микробиома желудка и увеличивают разнообразие микробиома по сравнению с контролем. ИПП воздействуют непосредственно на слизистую оболочку желудка с помощью насосов Н+/К+ АТФазы. Считается, что изменения в микробиоме желудка связаны со значительным повышением pH, которое является вторичным по отношению к использованию ИПП. Однако могут быть задействованы и другие механизмы [81]. Современная ведущая теория утверждает, что микробиом желудка нарушается вторично при использовании ИПП и что прямое нацеливание бактериальных и грибковых протонных насосов - это то, как ИПП влияют на бактериальный состав желудка [41].

Было обнаружено, что желудочные жидкости, взятые у лиц, принимавших препараты ИПП, значительно отличаются по сравнению с контролем [82]. Уровни Moraxellaceae, Flavobacteriaceae, Comamonadaceae и Methylobacteriaceae были значительно снижены, в то время как Erysipelotrichaceae были увеличены. Для этих изменений в микробиоме желудочной жидкости были предложены две гипотезы: (1) Это изменение вторично по отношению к увеличению рН, вызванному терапией ИПП, что позволяет бактериям, предпочитающим более щелочную среду, процветать по сравнению с более кислыми бактериями. (2) Это изменение вызвано опосредованными хозяином эффектами, вторичными по отношению к использованию ИПП.

Эти изменения в микробиоме желудка потенциально связаны с повышенным риском развития Clostridium difficile. Однако необходимы дополнительные исследования, чтобы определить механизм связи длительного использования ИПП и инфекции Clostridium. Вопрос о том, являются ли изменения, вызванные ИПП, полезными или вредными для микробиома желудка, требует дальнейшего изучения. Более того, некоторые пациенты с ЭОЭ реагируют на введение ИПП. Необходимы дальнейшие исследования, чтобы определить, отличается ли микробиота пациентов с ЭОЭ, которые реагируют на использование ИПП, от микробиоты пациентов с ЭОЭ, которые не реагируют. Некоторые исследования показали, что хроническое употребление ИПП может быть связано с развитием рака желудка [83–85]. Одним из предполагаемых механизмов является гипергастринемия, которая возникает в результате применения ИПП [86,87]. Хроническое употребление ИПП может также увеличить относительное и абсолютное количество организмов, которые действуют через эти молекулярные механизмы, вызывая развитие рака [88]. Использование ИПП также увеличивает активность нитрат / нитритредуктазы некоторых организмов, которая может быть вовлечена в развитие рака [89–91].

3.2.3. Эффект бариатрической хирургии

Операции по шунтированию желудка приводят к быстрой потере веса, уменьшению периферической жировой ткани и улучшению метаболизма глюкозы. Существует несколько видов бариатрической хирургии, включая желудочное шунтирование Roux-en-Y (RYGB), рукавную резекцию желудка (SG) и билиоинтестинальное шунтирование (BIB). Однако механизм, лежащий в основе метаболических последствий этих операций, остается в значительной степени неизвестным. Несколько исследований показали, что бариатрические процедуры изменяют микробиом желудка, что может иметь объяснительную связь с вышеупомянутыми метаболическими исходами. Возможные механизмы изменения микробиоты кишечника включают выбор и предпочтения в еде, сокращение потребления пищи и мальабсорбцию питательных веществ. Другая ведущая теория заключается в том, что эффект этих операций обусловлен измененным взаимодействием микробиома. Эти операции приводят к анатомическим и функциональным изменениям желудочно-кишечного тракта и, как было показано, изменяют микробиом желудка.

Существуют также изменения в молекулярных механизмах желудка у пациентов, перенесших бариатрическую операцию. Неясно, являются ли изменения результатом операции или последующей потери веса, с которой сталкивается большинство пациентов. После операции наблюдается уменьшение циркулирующих моноцитов, что может повлиять на степень воспаления внутри тела [92].

У пациентов, перенесших процедуру RYGB, наблюдалось увеличение количества бактерий, главным образом из ротового тракта, таких как Fusobacteria, Veillonella и Greanucatiella (рис. 3). Эти факультативные анаэробы, вероятно, были увеличены после операции из-за присутствия повышенного внутрипросветного уровня кислорода, возникающего после анатомических изменений, которые происходят во время операции.

Steinert и его коллеги [93] обнаружили, что протеобактерии было больше у тех, кто прошел RYGB, по сравнению с контрольными пациентами. Это увеличение может быть вторичным по отношению к увеличению доступности кислорода в толстой кишке после операции, что способствует развитию таких анаэробов, как Escherichia, Klebsiella и Pseudomonas. Уменьшение количества облигатных анаэробных грамположительных бактерий, таких как Blautia, Roseburia, Faecalibacterium и Bifidobacterium, было обнаружено среди пациентов, перенесших процедуру RYGB. Также возможно, что эти изменения связаны со снижением секреции желудочной кислоты после операции RYGB и снижением общего потребления энергии.

Lu и его коллеги [94] обнаружили, что у пациентов, перенесших процедуры RYGB и SG, снизилась активность мочевой кислоты в сыворотке, интерлейкина-6, фактора некроза опухоли альфа, ЛПС и активности ксантин оксидоредуктазы (XO). Было показано, что ожирение связано с повышенным уровнем ХО, мочевой кислоты и цитокинов. Также было показано, что эти процедуры значительно изменяют разнообразие желудочного микробиома. По сравнению с контрольной группой, у пациентов, перенесших процедуры RYGB или SG, было обнаружено повышенное количество Verrucomicrobia и Akkermansia muciniphila, в то время как уровни E. coli были снижены. Снижение численности E. coli после RYGN и SG демонстрирует, что изменение в E. coli может быть фактором, который регулирует экспрессию XO, влияя на уровни ЛПС.

У пациентов, перенесших операцию SG, наблюдалось увеличение Bacteroidetes и снижение Firmicutes. Machado и его коллеги [95] изучили образцы через три и шесть месяцев после операции и обнаружили, что уровни Clostridium, Eubacterium, Faecalibacterium, Dorea и Coprococcus значительно снизились после операции. Sanmiguel и его коллеги обнаружили значительное снижение Bifidobacteriaceae и увеличение Fusobacterium, Atopobium и Bulledia [96].

У пациентов, перенесших процедуру BIB, были обнаружены аналогичные изменения в микробиоме желудка по сравнению с другими операциями по снижению веса [97]. Снижение уровней Lachnospiraceae, Clostridiaceae, Ruminococcaceae, Eubacteriaceae, Coriobacteriaceae и Carnobacteriaceae было выявлено через шесть месяцев после процедуры у тех, кто получил BIB, по сравнению с контрольной группой. К редуцированным родам относятся Faecalibacterium, Ruminococcus, Clostridium, Eubacterium и Blautia. Однако уровни Megasphaera, Acidaminococcus, Lactobacillus и Enterobacteriaceae были значительно увеличены у пациентов, перенесших процедуру BIB. Эти предварительные результаты предполагают, что есть сходства в изменениях микробиомов желудка, но есть ограниченные доказательства, подробно описывающие влияние процедур BIB на микробиом желудка, и необходимо провести дополнительные исследования, чтобы подтвердить результаты выше.

Во всех трех упомянутых выше бариатрических операциях после операции произошли значительные изменения в микробиоме желудка. Точная корреляция между изменениями в микробиоме и бариатрической хирургией остается загадкой и может предоставить новые терапевтические возможности в дополнение к процедурам, таким как RYGB, в борьбе с патологическим ожирением. Есть несколько исследований, в которых было предложено положительное влияние обычных пробиотиков на пациентов с бариатрическими операциями [98,99]. Более того, диетические изменения после бариатрической операции могут повлиять на микробиом желудочно-кишечного тракта.

Рис. 3. Влияние желудочного шунтирования Roux-en-Y на уровни микроорганизмов в желудке.

3.3. Двенадцатиперстная кишка

3.3.1. Различия в микробиоме при язвенной болезни двенадцатиперстной кишки

Избыточный бактериальный рост в тонком кишечнике (СИБР) характеризуется чрезмерным количеством бактерий в тонком кишечнике и связан с такими симптомами, как вздутие живота, дискомфорт в животе, диарея и потеря веса [100]. Известно, что СИБР играет важную роль в других патологических заболеваниях желудочно-кишечного тракта, таких как воспалительное заболевание кишечника (ВЗК) и ожирение печени. Понимание состава микробиома людей с СИБР является важным шагом в понимании патофизиологии, лежащей в основе СИБР и других распространенных патологий ЖКТ. Было обнаружено, что в микробиоме пациентов с СИБР увеличивается количество Proteobacteria и уменьшается количество Firmicutes, которые являются нормальным компонентом флоры тонкого кишечника. Увеличение численности Proteobacteria также связано с тем фактом, что состав типа был значительно изменен у людей с СИБР. Наблюдалось увеличение количества Gammaproteobacteria, Enterobacteriaceae и Aeromonas и уменьшение Alphaproteobacteria у пациентов с СИБР. Эти результаты согласуются с предыдущими исследованиями, согласно которым чрезмерный бактериальный рост при СИБР может быть вызван микроорганизмами, обнаруженными в толстой кишке.

Профиль микробиоты пациентов с целиакией (глютеновой болезнью) по сравнению с пациентами без заболевания показал повышенное количество Prevotella [101]. Также было обнаружено, что Serratia присутствует в больших количествах у пациентов с целиакией. Эти бактерии могут нарушать целостность кишечника у пациентов с целиакией, но их роль в патогенезе остается неизвестной. Недавно был предложен один потенциальный молекулярный механизм, объясняющий роль изменений микробиома в развитии целиакии. Исследование 20 взрослых с целиакией выявило генетическое разнообразие систем усвоения железа и некоторых генов, связанных с гемоглобином [102]. Кроме того, было показано, что диета с низким содержанием глютена вызывает изменения в микробиоме желудочно-кишечного тракта [103].

Исследование [104] детей с язвенным колитом показало, что у них значительно изменен состав микробиома двенадцатиперстной кишки. Было обнаружено, что дети с язвенным колитом имеют низкие уровни Actinobacteria, Bacteroidetes и Firmicutes по сравнению с контрольной группой без ВЗК. Это изменение в микробиоме двенадцатиперстной кишки может быть связано с местным воспалением слизистой оболочки кишечника. Это исследование подчеркивает, что изменения в микробиоме при язвенном колите не ограничиваются только толстой кишкой, но могут распространяться на всю тонкую кишку [105–107].

Значительные различия были обнаружены в микробиоме двенадцатиперстной кишки в слизистой оболочке двенадцатиперстной кишки между детьми с болезнью Крона и контрольной группой [108]. Schmitt и его коллеги обнаружили, что в контроле наблюдалось значительное увеличение количества Pseudomonadales, тогда как у пациентов с болезнью Крона наблюдалось значительное увеличение количества Prevotellaceae. Это подтвердило ранее установленную модель, согласно которой ВЗК значительно изменяет микробиом тонкого кишечника, в том числе у пациентов с болезнью Крона.

Saffouri и его коллеги [109] обнаружили, что микробиом двенадцатиперстной кишки был изменен у пациентов с общими желудочно-кишечными симптомами, такими как диарея, боль в животе и вздутие живота. Микробиом двенадцатиперстной кишки у пациентов с симптомами показал меньшее альфа-разнообразие наряду с уменьшением количества Porphyromonas, Prevotella и Fusobacterium. Пациенты с симптомами также показали более высокий уровень гетерогенности микробиома желудка по сравнению с контрольной группой. Пожилой возраст пациентов, использование антибиотиков и ИПП [110], а также перенесенные операции на желудочно-кишечном тракте вносят свой вклад в изменения микробиома двенадцатиперстной кишки.

Многие заболевания ЖКТ изменяют микробиом двенадцатиперстной кишки, вызывая дисбактериоз кишечника [111]. Необходимо провести дополнительные исследования, чтобы открыть новые возможности лечения пациентов с хроническими заболеваниями двенадцатиперстной кишки.

3.3.2. Действие ингибиторов протонной помпы (ИПП)

Было показано, что ИПП влияют на двенадцатиперстную кишку по механизму, аналогичному механизму в пищеводе и желудке. Исследование, в котором изучалось влияние ИПП на микробиом тонкого кишечника и стула, не показало различий между большинством организмов в микробиоме двенадцатиперстной кишки при использовании ИПП на уровне типа, класса или порядка [112]. Однако использование ИПП было связано с увеличением количества Campylobacteraceae и значительным уменьшением количества Clostridiaceae. Эти результаты показывают, что влияние ИПП на микробиом двенадцатиперстной кишки минимально. Однако клиническое значение увеличения численности Campylobacteraceae и Clostridiaceae остается неизвестным. Кроме того, полностью неизвестно взаимодействие нестероидных препаратов и ИПП [113].

3.4. Будущие направления

В будущем будут проводиться серьезные исследования механизмов действия микробиома на заболевания желудочно-кишечного тракта. Хотя было проведено множество исследований, в которых анализировался микробиом у ряда пациентов, в будущих исследованиях можно будет проводить исследования ex vivo и на животных. Преимущество этих моделей состоит в том, что будет возможность стандартизировать среду и вводить определенные организмы. Например, исследования, в которых участвовали сотни пациентов с раком пищевода, не могут полностью контролировать такие факторы, как диета, потеря веса и географическое положение. Все эти факторы могут исказить результаты их анализа микробиома желудочно-кишечного тракта. Однако проведение этих экспериментов на животных может способствовать лучшей стандартизации.

В будущем также будут проводиться дополнительные исследования влияния химиотерапии на микробиоту верхних отделов желудочно-кишечного тракта. Большинство предыдущих исследований было сосредоточено на изменениях в нижних отделах желудочно-кишечного тракта. Однако есть некоторые свидетельства того, что у пациентов, получающих химиотерапию, может наблюдаться значительное снижение содержания некоторых организмов, которые могут влиять на ось кишечник – мозг [114].

В частности, использование свободных от микробов или гнотобиотических грызунов даст исследователям возможность проверить гипотезы о воздействии на организм и его связи с развитием болезни. В настоящее время существуют надежные протоколы, которые могут генерировать грызунов-гнотобиотов и позволяют экспериментировать со стандартизованным микробиомом [115]. В будущем будут проводиться эксперименты, чтобы найти причинные механизмы действия определенных организмов в создании болезни.

Открытие пробиотических организмов будет иметь значительные последствия для лечения. В будущих исследованиях может быть изучена роль пероральных добавок в профилактике заболеваний, особенно в группах высокого риска. Например, пациентам с высоким риском развития рака пищевода может быть показано, что диета, дополненная пробиотическим организмом, приносит пользу. Скрининговые тесты, которые теперь основаны на визуальном осмотре и гистологическом анализе, также могут измерять микробиом во время скрининга. В будущем анализ микробиома, вероятно, будет использоваться для определения алгоритма лечения пациентов с желудочно-кишечными заболеваниями.

3.5. Выводы

Микробиом желудочно-кишечного тракта все чаще анализируется. Микробиом значительно различается в разных отделах верхних отделов желудочно-кишечного тракта. Изменения в микробном сообществе в каждом из этих мест были связаны с болезнью. В будущих экспериментах будут использоваться стандартизированные среды с использованием моделей ex vivo или животных для определения влияния конкретных организмов на развитие заболеваний. В будущем на лечение пациентов, скорее всего, повлияет анализ микробиома отдельных пациентов.

Литература

1. Ursell, L.K.; Metcalf, J.L.; Parfrey, L.W.; Knight, R. Defining the human microbiome. Nutr. Rev. 2012, 70, 38–44, doi:10.1111/j.1753-4887.2012.00493.x.

2. Okereke, I.; Hamilton, C.; Wenholz, A.; Jala, V.; Giang, T.; Reynolds, S.; Miller, A.; Pyles, R. Associations of the microbiome and esophageal disease. J. Thorac. Dis. 2019, 11, 1588–1593, doi:10.21037/jtd.2019.05.82.

3. Mazmanian, S.K.; Round, J.L.; Kasper, D.L. A Microbial Symbiosis Factor Prevents Intestinal Inflammatory Disease. Nature 2008, 453, 620–625, doi:10.1038/nature07008.

4. MacFarlane, S.; Furrie, E.; MacFarlane, G.T.; Dillon, G.T. Microbial Colonization of the Upper Gastrointestinal Tract in Patients with Barrett’s Esophagus. Clin. Infect. Dis. 2007, 45, 29–38, doi:10.1086/518578.

5. Okereke, I.; Hamilton, C.; Reep, G.; Krill, T.; Booth, A.; Ghouri, Y.; Jala, V.; Andersen, C.; Pyles, R. Microflora composition in the gastrointestinal tract in patients with Barrett’s esophagus. J. Thorac. Dis. 2019, 11, 1581–1587, doi:10.21037/jtd.2019.06.15.

6. Snider, E.J.; Compres, G.; Freedberg, D.E.; Khiabanian, H.; Nobel, Y.R.; Stump, S.; Uhlemann, A.; Lightdale, C.J.; Abrams, J.A. Alterations to the Esophageal Microbiome Associated with Progression from Barrett’s Esophagus to Esophageal Adenocarcinoma. Cancer Epidemiol. Biomark. Prev. 2019, 28, 1687–1693, doi:10.1158/1055-9965.EPI-19-0008.

7. Yang, L.; Lu, X.; Nossa, C.W.; Francois, F.; Peek, R.M.; Pei, Z. Inflammation and intestinal metaplasia of the distal esophagus are associated with alterations in the microbiome. Gastroenterology 2009, 137, 588–597, doi:10.1053/j.gastro.2009.04.046.

8. Clarrett, D.M.; Hachem, C. Gastroesophageal Reflux Disease (GERD). Mo. Med. 2018, 115, 214–218.

9. Mennini, M.; Tambucci, R.; Riccardi, C.; Rea, F.; DeAngelis, P.; Fiocchi, A.; Assa’ad, A. Eosinophilic esophagitis and microbiota: State of the art. Front. Immunol. 2021, 12, 595762, doi:10.3389/fimmu.2021.595762.

10. Zhang, X.; Pan, Z. Influence of microbiota on immunity and immunotherapy for gastric and esophageal cancers. Gastroenterol. Rep. 2020, 8, 206–214, doi:10.1093/gastro/goaa014.

11. Yang, L.; Chaudhary, N.; Baghdadi, J.; Pei, Z. Microbiome in reflux disorders and esophageal adenocarcinoma. Cancer J. 2014, 20, 207–210, doi:10.1097/PPO.0000000000000044.

12. Lv, J.; Guo, L.; Liu, J.J.; Zhao, H.P.; Zhang, J.; Wang, J.H. Alteration of the esophageal microbiota in Barrett’s esophagus and esophageal adenocarcinoma. World J. Gastroenterol. 2019, 25, 2149–2161, doi:10.3748/wjg.v25.i18.2149.

13. Elliott, D.R.F.; Walker, A.W.; O’Donovan, M.; Parkhill, J.; Fitzgerald, R.C. A non endoscopic device to sample the oesophageal

microbiota: A case-control study. Lancet Gastroenterol. Hepatol. 2017, 2, 32–42, doi:10.1016/S2468-125330086.

14. Peters, B.A.; Wu, J.; Pei, Z.; Yang, L.; Purdue, M.P.; Freedman, N.D.; Jacobs, E.J.; Gapstur, S.M.; Hayes, R.B.; Ahn, J. Oral Microbiome Composition Reflects Prospective Risk for Esophageal Cancers. Cancer Res. 2017, 77, 6777–6787, doi:10.1158/0008- 5472.CAN-17-1296.

15. Czesnikiewicz-Guzik, M.; Loster, B.; Bielanski, W. Guzki, T.J.; Konturek, P.C.; Zapala, J; Konturek, S.J. Implications of Oral Helicobacter Pylori for the Outcome of Its Gastric Eradication Therapy. J. Clin. Gastroenterol. 2007, 41, 145–151, doi:10.1097/01.mcg0000225654.85060.ed.

16. Yang, L.; Francois, F.; Pei, Z. Molecular pathways: Pathogenesis and clinical implications of microbiome alteration in esophagitis and Barrett esophagus. Clin. Cancer Res. 2012, 18, 2138 2144, doi:10.1158/1078-0432.CCR-11-0934.

17. Baba, Y.; Iwatsuki, M.; Yoshida, N.; Watanabe, M.; Baba, H. Review of the gut microbiome and esophageal cancer: Pathogenesis and potential clinical implications. Ann. Gastroenterol. Surg. 2017, 1, 99–104, doi:10.1002/ags3.12014.

18. Lim, D.M.; Narasimhan, S.; Michaylira, C.Z.; Wang, M.L. TLR3-mediated NF-KB signaling in human esophageal epithelial cells. Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. 2009, 297, 1172–1180, doi:10.1152/ajpgi.00065.2009.

19. Klump, B.; Hsieh, C.J.; Holzmann, K.; Borchard, F.; Gaco, V.; Greschniok, A.; Eckardt, V.F.; Bettendorf, U.; Gregor, M.; Porschen, R. Diagnostic Significance of Nuclear p53 Expression in the Surveillance of Barrett’s Esophagus—A Longitudinal Study. Z. Gastroenterol. 1999, 37, 1005–1011.

20. Parenti, A.; Leo, G.; Porzionato, A.; Zaninotto, G.; Rosato, A.; Ninfo, V. Expression of Survivin, p53 and caspase 3 in Barrett’s Esophagus Carcinogenesis. Hum. Pathol. 2006, 37, 16–22, doi:10.1016/j.humpath.2005.10.003.

21. Greenwalt, D.M.; Duong, C.; Smyth, G.K.; Ciavarella, M.L.; Thompson, N.J.; Tiang, T.; Murray, W.K.; Thomas, R.J.; Phillips, W.A. Gene Expression Profiling of Esophageal Cancer: Comparative Analysis of Barrett’s Esophagus, Adenocarcinoma and Squamous Cell Carcinoma. Int. J. Cancer. 2007, 120, 1914–1921, doi:10.1002/ijc.22501.

22. Cass, S.; Hamilton, C.; Miller, A.; Jupiter, D.; Khanipov, K.; Booth, A.; Pyles, R.; Krill, T.; Reep, G.; Okereke, I.C. Novel ex-vivo model to examine the mechanism and relationship of esophageal microbiota and disease. Biomedicines 2021, 9, 142, doi:10.3390/biomedicines9020142.

23. Blackett, K.L.; Siddhi, S.S.; Cleary, S.; Steed, H.; Miller, M.H.; Macfarlane, S.; Macfarlane, G.T.; Dillon, J.F. Oesophageal bacterial biofilm changes in gastro-oesophageal reflux disease, Barrett’s and oesophageal carcinoma: Association or causality? Aliment. Pharmacol. Ther. 2013, 37, 1084–1092, doi:10.1111/apt.12317.

24. Roussel, J.M.; Pandit, S. Eosinophilic Esophagitis; StatPearls: Treasure Island, FL, USA: 2021.

25. Harris, J.K.; Fang, R.; Wagner, B.D.; Choe, H.N.; Kelly, C.J.; Schroeder, S.; Moore, W.; Stevens, M.J., Yeckes, A.; Amsden, K. Esophageal microbiome in eosinophilic esophagitis. PLoS ONE 2015, 10, e0128346, doi:10.1371/journal.pone.0128346.

26. Benitez, A.J.; Hoffmann, C.; Muir, A.B.; Dods, K.K.; Spergel, J.M.; Bushman, F.D.; Wang, M. Inflammation-associated microbiota in pediatric eosinophilic esophagitis. Microbiome 2015, 3, 23, doi:10.1186/s40168-015-0085-6.

27. Guajardo, J.R.; Zegarra-Bustamante, M.A.; Brooks, E.G. Does Aeroallergen Sensitization Cause or Contribute to Eosinophilic Esophagitis? Clin. Rev. Allergy Immunol. 2018, 55, 65–69, doi:10.1007/s12016-018-8671-6.

28. Martínez-González, D.; Franco, J.; Navarro-Ortega, D.; Muñoz, C.; Martí-Obiol, R.; Borrás-Salvador, R. Achalasia and mycobacterium goodii pulmonary infection. Pediatric Infect. Dis. J. 2011, 30, 447–448, doi:10.1097/INF.0b013e3182024c1c.

29. Wang, A.J.; Tu, L.X.; Yu, C.; Zheng, X.L.; Hong, J.B.; Lu, N.H. Achalasia secondary to cardial tuberculosis caused by AIDS. J. Dig. Dis. 2015, 16, 752–753, doi:10.1111/1751-2980.12287.

30. Ahmed, A.; Clarke, J.O. Proton Pump Inhibitors (PPI); StatPearls: Treasure Island, FL, USA: 2021.

31. Jackson, M.A.; Goodrich, J.K.; Maxan, M.E.; Freedberg, D.E.; Abrams, J.A.; Poole, A.C.; Sutter, J.L.; Welter, D.; Ley, R.E.; Bell, J.T.; et al. Proton pump inhibitors alter the composition of the gut microbiota. Gut 2016, 65, 749–756, doi:10.1136/gutjnl-2015- 310861.

32. Rosen, R.; Amirault, J.; Liu, H.; Mitchell, P.; Hu, L.; Khatwa, U.; Onderdonk, A. Changes in gastric and lung microflora with acid suppression: Acid suppression and bacterial growth. JAMA Pediatr. 2014, 168, 932–937, doi:10.1001/jamapediatrics 2014.696.

33. Amir, I.; Konikoff, F.M.; Oppenheim, M.; Gophna, U.; Half, E.E. Gastric microbiota is altered in oesophagitis and Barrett’s oesophagus and further modified by proton pump inhibitors. Environ. Microbiol. 2014, 16, 2905–2914, doi:10.1111/1462-2920.12285.

34. Tasnim, S.; Miller, A.L.; Jupiter, D.C.; Hamilton, C.F.; Reep, G.L.; Krill, T.S.; Pyles, R.B.; Okereke, I.C. Effects of proton pump inhibitor use on the esophageal microbial community. BMC Gastroenterol. 2020, 20, 312, doi:10.1186/s12876-020-01460-3.

35. Fagoonee, S.; Pellicano, R. Helicobacter pylori: Molecular basis for colonization and survival in gastric environment and resistance to antibiotics. A short review. Infect. Dis. 2019, 51, 399–408.

36. Alba, C.; Blanco, A.; Alarcon, T. Antibiotic resistance in Helicobacter pylori. Curr. Opin. Infect. Dis. 2017, 30, 489–497.

37. Yonezawa, H.; Osaki, T.; Kamiya, S. Structural aspects of Helicobacter pylori antibiotic resistance. Adv. Exp. Med. Biol. 2019, 1149, 227–241.

38. Xu, L.; Surathu, A.; Raplee, I.; Chockalingam, A.; Stewart, S.; Walker, L.; Sacks, L.; Patel, V.; Li, Z.; Rouse, R. The effect of antibiotics on the gut microbiome: A metagenomics analysis of microbial shift and gut antibiotic resistance in antibiotic treated mice. BMC Genom. 2020, 21, 263, doi:10.1186/s12864-020-6665-2.

39. Zhang, S.; Chen, D.C. Facing a new challenge: The adverse effects of antibiotics on gut microbiota and host immunity. Chin. Med. J. 2019, 132, 1135–1138, doi:10.1097/CM9.0000000000000245.

40. Weersma, R.K.; Zhernakova, A.; Fu, J. Interaction between drugs and the gut microbiome. Gut 2020, 69, 1510–1519, doi:10.1136/gutjnl-2019-320204.

41. Tian, Z.; Yang, Z.; Gao, J.; Zhu, L.; Jiang, R.; Jiang, Y. Lower esophageal microbiota species are affected by the eradication of Helicobacter pylori infection using antibiotics. Exp. Ther. Med. 2015, 9, 685–692, doi:10.3892/etm.2015.2169.

42. Snider, E.J.; Freedberg, D.E.; Abrams, J.A. Potential Role of the Microbiome in Barrett’s Esophagus and Esophageal Adenocarcinoma. Dig. Dis. Sci. 2016, 61, 2217–2225, doi:10.1007/s10620-016-4155-9.

43. De Filippo, C.; Cavalieri, D.; Di Paola, M.; Ramazzotti, M.; Poullet, J.B.; Massart, S.; Collini, S.; Pieraccini, G.; Lionetti, P. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107, 14691–14696, doi:10.1073/pnas.1005963107.

44. Munch, N.; Fang, H.; Ingermann, J.; Maurer, H.C.; Anand, A.; Kellner, V.; Sahm, V.; Wiethaler, M.; Baumeister, T.; Wein, F.; et al. High-fat diet accelerates carcinogenesis in a mouse model of Barrett’s esophagus via interleukin 8 and alterations to the gut microbiome. Gastroenterology 2019, 157, 492–506.

45. Nesteruk, K.; Spaander, M.; Leeuwenburgh, I.; Peppelenbosch, M.P.; Fuhler, G.M. Achalasia and associated esophageal cancer risk: What lessons can we learn from the molecular analysis of Barrett’s-associated adenocarcinoma? Biochim. Biophys. Acta Rev. Cancer 2019, 1872, 188291, doi:10.1016/j.bbcan.2019.04.007.

46. Lee, K.H.; Song, Y.; Wu, W.; Yu, K.; Zhang, G. The gut microbiota, environmental factors, and links to the development of food allergy. Clin. Mol. Allergy 2020, 18, 5, doi:10.1186/s12948-020-00120-x.

47. Jin, X.; Wu, S.; Zeng, Z.; Fu, Z. Effects of environmental pollutants on gut microbiota. Environ. Pollut. 2017, 222, 1–9.

48. Phillips, M.L. Gut reaction: Environmental effects on the human microbiota. Environ. Health Perspect. 2009, 117, 198–205, doi:10.1289/ehp.117-a198.

49. Kobayashi, J. Effect of Diet and Gut Environment on the Gastrointestinal Formation of N nitroso Compounds: A Review. Nitric Oxide 2018, 73, 66–73, doi:10.1016/j.niox.2017.06.001.

50. Yang, J.; Zhou, X.; Liu, X.; Ling, Z.; Ji, F. Role of the Gastric Microbiome in Gastric Cancer: From Carcinogenesis to Treatment. Front. Microbiol. 2021, 12, 641322, doi:10.3389/fmicb.2021.641322.

51. Krishnareddy, S. The Microbiome in Celiac Disease. Gastroenterol. Clin. N. Am. 2019, 48, 115–126, doi:10.1016/j.gtc.2018.09.008.

52. Chey, W.D.; Kurlander, J.; Eswaran, S. Irritable Bowel Syndrome: A Clinical Review. JAMA 2015, 313, 949–958, doi:10.1001/jama.2015.0954.

53. Toyoshima, O.; Nishizawa, T.; Sakitani, K.; Yamakawa, T.; Takahashi, Y.; Yamamichi, N.; Hata, K.; Seto, Y.; Koike, K.; Watanabe, H.; et al. Serum Anti-Helicobacter Pylori Antibody Titer and Its Association with Gastric Nodularity, Atrophy, and Age: A Cross-Sectional Study. World J. Gastroenterol. 2018, 24, 4061–4068, doi:10.3748/wjg.v24.i35.4061.

54. Nardone, G.; Compare, D. The human gastric microbiota: Is it time to rethink the pathogenesis of stomach diseases? United Eur. Gastroenterol. J. 2015, 3, 255–260, doi:10.1177/2050640614566846.

55. Li, X.X.; Wong, G.L.; To, K.F.; Wong, V.W.; Lai, L.H.; Chow, D.K.; Lau, J.Y.; Sung, J.L.; Ding, C. Bacterial microbiota profiling in gastritis without Helicobacter pylori infection or non-steroidal anti-inflammatory drug use. PLoS ONE 2009, 4, e7985, doi:10.1371/journal.pone.0007985.

56. Ozbey, G.; Sproston, E.; Hanafiah, A. Helicobacter pylori Infection and Gastric Microbiota. Euroasian J. Hepatogastroenterol. 2020, 10, 36–41, doi:10.5005/jp-journals-10018-1310.

57. Engstrand, L.; Lindberg, M. Helicobacter pylori and the gastric microbiota. Best Pract. Res. Clin. Gastroenterol. 2013, 27, 39–45, doi:10.1016/j.bpg.2013.03.016.

58. Liu, J.; Xue, Y.; Zhou, L. Detection of gastritis-associated pathogens by culturing of gastric juice and mucosa. Int. J. Clin. Exp. Pathol. 2018, 11, 2214–2220.

59. Hu, Y.; He, L.H.; Xiao, D.; Liu, G.; Gu, Y.; Tao, X.; Zhang, J. Bacterial flora concurrent with Helicobacter pylori in the stomach of patients with upper gastrointestinal diseases. World J. Gastroenterol. 2012, 18, 1257–1261, doi:10.3748/wjg.v18.i11.1257.

60. Coker, O.O.; Dai, Z.; Nie, Y.; Zhao, G.; Cao, L.; Nakatsu, G.; Wu, W.K.; Wong, S.H.; Chen, Z.; Sung, J.J.; et al. Mucosal microbiome dysbiosis in gastric carcinogenesis. Gut 2018, 67, 1024–1032.

61. Eun, C.S.; Kim, B.K.; Han, D.S.; Kim, S.Y.; Kim, K.M.; Choi, B.Y.; Song, K.S.; Kim, Y.S.; Kim, J.F. Differences in gastric mucosal microbiota profiling in patients with chronic gastritis, intestinal metaplasia, and gastric cancer using pyrosequencing methods. Helicobacter 2014, 19, 407–416, doi:10.1111/hel.12145.

62. Guo, Y.; et al. Effect of Helicobacter pylori on gastrointestinal microbiota: A population based study in Linqu, a high-risk area of gastric cancer. Gut 2020, 69, 1598–1607, doi:10.1136/gutjnl-2019-319696.

63. Rastogi, Y.R.; Saini, A.K.; Thakur, V.K.; Saini, R.V. New Insights into Molecular Links Between Microbiota and Gastrointestinal Cancers: A Literature Review. Int. J. Mol. Sci. 2020, 21, 3212, doi:10.3390/ijms21093212.

64. Gorkiewicz, G.; Moschen, A. Gut microbiome: A new player in gastrointestinal disease. Virchows Arch. 2018, 472, 159–172, doi:10.1007/s00428-017-2277-x.

65. Brawner, K.M.; Morrow, C.D.; Smith, P.D. Gastric microbiome and gastric cancer. Cancer J. 2014, 20, 211–216, doi:10.1097/PPO.0000000000000043.

66. Castaño-Rodríguez, N.; Goh, K.L.; Fock, K.M.; Mitchell, H.M.; Kaakoush, N.O. Dysbiosis of the microbiome in gastric carcinogenesis. Sci. Rep. 2017, 7, 15957, doi:10.1038/s41598-017-16289-2.

67. Ferreira, R.M.; et al. Gastric microbial community profiling reveals a dysbiotic cancer associated microbiota. Gut 2018, 67, 226– 236, doi:10.1136/gutjnl-2017-314205.

68. Saxena, A.; Mukhopadhyay, A.K.; Nandi, S.P. Helicobacter pylori: Perturbation and restoration of gut microbiome. J. Biosci. 2020, 45, 110, doi:10.1007/s12038-020-00078-7.

69. Bruno, G.; Rocco, G.; Zaccari, P.; Porowska, B.; Mascellino, M.T.; Severi, C. Helicobacter pylori Infection and Gastric Dysbiosis: Can Probiotics Administration Be Useful to Treat This Condition? Can. J. Infect. Dis. Med. Microbiol. 2018, 2018, 6237239, doi:10.1155/2018/6237239.

70. Vergara, D.; Simeone, P.; Damato, M.; Maffia, M.; Lanuti, P.; Trerotola, M. The Cancer Microbiota: EMT and Inflammation as Shared Molecular Mechanisms Associated with Plasticity and Progression. J. Oncol. 2019, 2019, 1253727, doi:10.1155/2019/1253727.

71. Dicksved, J.; Lindberg, M.; Rosenquist, M.; Enroth, H.; Jansson, J.K.; Engstrand, L. Molecular characterization of the stomach

microbiota in patients with gastric cancer and in controls. J. Med. Microbiol. 2009, 58, 509–516, doi:10.1099/jmm.0.007302-0.

72. Huang, K.; Gao, X.; Wu, L.; Yan, B.; Wang, Z.; Zhang, X.; Peng, L.; Yu, J.; Sun, G.; Yang, Y. Salivary microbiota for gastric cancer prediction: An exploratory study. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2021, 11, 640309, doi:Doi:10.3389/fcimb.2021.640309.

73. Rudmann, D.; Albretsen, J.; Doolan, C.; Gregson, M.; Dray, B.; Sargeant, A.; O’Shea, D.; Kuklyte, J.; Power, A.; Fitzgerald, J. Using deep learning artificial intelligence algorithms to verify N-nitroso-N-methylurea and urethane positive control proliferative changes in Tg-RasH2 mouse carcinogenicity studies. Toxicol. Pathol. 2020, 192623320973986, doi:10.1177/0192623320973986.

74. Fong, F.; Lam, K.; Lau, C.; Ho, K.H.; Kan, Y.H.; Poon, M.Y.; El-Nezami, H.; Sze, E.T. Reduction in biogenic amines in douche fermented by probiotic bacteria. PLoS ONE 2020, 15, e0230916, doi:10.1371/journal.pone.0230916.

75. Vinasco, K.; Mitchell, H.; Kaakoush, N.; Castano-Rodriguez, N. Microbial carcinogenesis: Lactic acid bacteria in gastric cancer. Biochim. Biophys. Acta Rev. Cancer 2019, 1872, 188309, doi:10.1016/j.bbcan.2019.07.004.

76. Weng, M.; Chiu, Y.; Wei, P.; Chiang, C.; Fang, H.; Wei, S. Microbiota and gastrointestinal cancer. J. Formos. Med. Assoc. 2019, 118, S32–S41.

77. Wang, L.L.; Yu, X.J.; Zhan, S.H.; Jia, S.; Tian, Z.; Dong, Q. Participation of Microbiota in the Development of Gastric Cancer. World J. Gastroenterol. 2014, 20, 4948–4952, doi:10.3748/wjg.v20.i17.4948.

78. Keku, T.; McCoy, A.; Azcarate-Peril, A. Fusobacterium spp. and colorectal cancer: Cause or consequence? Trends Microbiol. 2013, 21, 506–508.

79. Zhai, J.; Shen, J.; Xie, G.; Wu, J.; He, M.; Gao, L.; Zhang, Y.; Yao, X.; Shen, L. Cancer associated fibroblasts-derived IL-8 mediates resistance to cisplatin in human gastric cancer. Cancer Lett. 2019, 454, 37–43.

80. Li, H.; Xia, J.; Zhu, F.; Xi, Z.; Pan, C.; Gu, L.; Tian, Y. LPS promotes the expression of PD L1 in gastric cancer cells through NFkappaB activation. J. Cell. Biochem. 2018, 119, 9997–10004.

81. Aviles-Jimenez, F.; Vazquez-Jimenez, F.; Medrano-Guzman, R.; Mantilla, A.; Torres, J. Stomach microbiota composition varies between patients with non-atrophic gastritis and patients with intestinal type of gastric cancer. Sci. Rep. 2014, 4, 4202, doi:10.1038/srep04202.

82. Rajilic-Stojanovic, M.; Figueiredo, C.; Smet, A.; et al. Systematic review: Gastric microbiota in health and disease. Aliment. Pharmacol. Ther. 2020, 51, 582–602, doi:10.1111/apt.15650.

83. Brusselaers, N.; Wahlin, K.; Engstrand, L.; et al. Maintenance therapy with proton pump inhibitors and risk of gastric cancer: A nationwide population-based cohort study in Sweden. BMJ Open 2017, 7, e017739, doi:10.1136/bmjopen-2017-017739.

84. Waldum, H.; Sordal, O.; Fossmark, R. Proton pump inhibitors may cause gastric cancer Clinical consequences. Scand. J. Gastroenterol. 2018, 53, 639–642.

85. Lu, Z.; Tian, B.; Guo, X. Repositioning of proton pump inhibitors in cancer therapy. Cancer ChemoTher. Pharmacol. 2017, 80, 925– 937.

86. Havu, N.; Mattsson, H.; Ekman, L.; Carlsson, E. Enterochromaffin-like cell carcinoids in the rat gastric mucosa following longterm administration of ranitidine. Digestion 1990, 45, 189–195.

87. Wang, T.; Dangler, C.; Chen, D.; Goldenring, J.R.; Koh, T.; Raychowdhury, R.; Coffey, R.J.; Ito, S.; Varro, A.; Dockray, G.J.; Fox, J.G. Synergistic interaction between hypergastrinemia and Helicobacter infection in a mouse model of gastric cancer. Gastroenterology 2000, 118, 36–47.

88. Hagiwara, T.; Mukaisho, K.; Nakayama, T.; Hattori, T.; Sugihara, H. Proton pump inhibitors and Helicobacter pylori-associated pathogenesis. Asian Pac. J. Cancer Prev. 2015, 16, 1315–1319.

89. Bruno, G.; Zaccari, P.; Rocco, G.; Scalese, G.; Panetta, C.; Porowska, B.; Pontone, S.; Severi, C. Proton pump inhibitors and dysbiosis: Current knowledge and aspects to be clarified. World J. Gastroenterol. 2019, 25, 2706–2719, doi:10.3748/wjg.v25.i22.2706.

90. Vich-Vila, A.; Collij, V.; Sanna, S.; Sinha, T.; Imhann, F.; Bourgonje, A.R.; Mujagic, Z.; Jonkers, D.M.; Masclee, A.A.; Fu, J.; et al. Impact of commonly used drugs on the composition and metabolic function of the gut microbiota. Nat. Commun. 2020, 11, 362, doi:10.1038/s41467-019-14177-z.

91. Walsh, J.; Griffin, B.T.; Clarke, G.; Hyland, N.P. Drug-gut microbiota interactions: Implications for neuropharmacology. Br. J. Pharmacol. 2018, 175, 4415–4429, doi:10.1111/bph.14366.

92. Floch, N. The Influence of Microbiota on Mechanisms of Bariatric Surgery; Academic Press: Cambridge, MA, USA, 2017; pp. 267–281, doi:10.1016/B978-0-12-804024-9.00031-8.

93. Shi, Y.C.; Cai, S.T.; Tian, Y.P.; Zhao, H.; Zhang, Y.; Chen, J; Ren, R.; Luo, X; Peng, L; Sun, G.; et al. Effects of Proton Pump Inhibitors on the Gastrointestinal Microbiota in Gastroesophageal Reflux Disease. Genom. Proteom. Bioinform. 2019, 17, 52–63, doi:10.1016/j.gpb.2018.12.004.

94. Steinert, R.E.; Rehman, A.; Souto Lima, E.J.; Agamennone, V.; Schuren, F.H.; Gero, D.; Schreiner, P.; Vonlanthen, R.; Ismaeil, A.; Tzafos, S.; et al. Roux-en-Y gastric bypass surgery changes fungal and bacterial microbiota in morbidly obese patients-A pilot study. PLoS ONE 2020, 15, e0236936, doi:10.1371/journal.pone.0236936.

95. Lu, C.; Li, Y.; Li, L.; Kong, Y.; Shi, T.; Xiao, H.; Cao, S.; Zhu, H.; Li, Z.; Zhou, Y. Alterations of Serum Uric Acid Level and Gut Microbiota After Roux-en-Y Gastric Bypass and Sleeve Gastrectomy in a Hyperuricemic Rat Model. Obes. Surg. 2020, 30, 1799– 1807, doi:10.1007/s11695-019-04328-y.

96. Damms-Machado, A.; Mitra, S.; Schollenberger, A.E.; Kramer, K.M.; Meile, T.; Konigsrainer, A.; Huson, D.H.; Bischoff, S.C. Effects of surgical and dietary weight loss therapy for obesity on gut microbiota composition and nutrient absorption. BioMed Res. Int. 2015, 2015, 806248, doi:10.1155/2015/806248.

97. Sanmiguel, C.P.; Jacobs, J.; Gupta, A.; Ju, T.; Stains, J.; Coveleskie, K.; Lagishetty, V.; Balioukova, A.; Chen, Y.; Dutson, E.; Mayer, E.A.; et al. Surgically Induced Changes in Gut Microbiome and Hedonic Eating as Related to Weight Loss: Preliminary Findings in Obese Women Undergoing Bariatric Surgery. Psychosom. Med. 2017, 79, 880–887, doi:10.1097/PSY.0000000000000494.

98. Woodward, G.A.; Encarnacion, B.; Downey, J.R.; Peraza, J.; Chong, K.; Hernandez Boussard, T.; Morton, J.M. Probiotics Improve Outcomes After Roux-en-Y Gastric Bypass Surgery: A Prospective Randomized Trial. J. Gastrointest. Surg. 2009, 13, 1198– 1204, doi:10.1007/s11605-009-0891-x.

99. Sherf-Dagan, S.; Zelber-Sagi, S.; Zilberman-Schapira, G.; Webb, M.; Buch, A.; Keidar, A.; Raziel, A.; Sakran, N.; Goitein, D.; Goldenberg, N.; et al. Probiotics Administration Following Sleeve Gastrectomy Surgery: A Randomized Double-Blind Trial. Int. J. Obes. 2018, 42, 147–155, doi:10.1038/ijo.2017.210.

100. Patrone, V.; Vajana, E.; Minuti, A.; Callegari, M.L.; Federico, A.; Loguercio, C.; Dallio, M.; Tolone, S.; Docimo, L.; Morelli, L. Postoperative Changes in Fecal Bacterial Communities and Fermentation Products in Obese Patients Undergoing Bilio-Intestinal Bypass. Front. Microbiol. 2016, 7, 200, doi:10.3389/fmicb.2016.00200.

101. Leite, G.; Morales, W.; Weitsman, S.; Celly, S.; Parodi, G.; Mathur, R.; Barlow, G.M.; Sedighi, R.; Villanueva-Millan, M.J.; Rezaie, A.; Pimentel, M. The duodenal microbiome is altered in small intestinal bacterial overgrowth. PLoS ONE 2020, 15, e0234906, doi:10.1371/journal.pone.0234906.

102. D’Argenio, V.; Casaburi, G.; Precone, V.; Pagliuca, C.; Colicchio, R.; Sarnataro, D.; Discepolo, V.; Kim, S.M.; Russo, I.; Blanco, G.D. Metagenomics Reveals Dysbiosis and a Potentially Pathogenic N. flavescens Strain in Duodenum of Adult Celiac Patients. Am. J. Gastroenterol. 2016, 111, 879–890, doi:10.1038/ajg.2016.95.

103. Hansen, L.B.S.; Roager, H.M.; Sondertoft, N.B.; Gobel, R.J.; Kristensen, M.; Valles Colomer, M.; Vieira-Silva, S.; Ibrugger, S.; Lind, M.V.; Maerkedahl, R.B. A Low-Gluten Diet Induces Changes in the Intestinal Microbiome of Healthy Danish Adults. Nat. Commun. 2018, 13, 4630, doi:10.1038/s41467-018-07019-x.

104. Cheng, J.; Kalliomäki, M.; Heilig, H.G.; Palva, A.; Lahteenoja, H.; de Vos, W.M.; Salojarvi, J.; Satokari, R. Duodenal microbiota composition and mucosal homeostasis in pediatric celiac disease. BMC Gastroenterol. 2013, 13, 113, doi:10.1186/1471-230X-13-113.

105. Khan, I.; Ullah, N.; Zha, L.; Bai, Y.; Khan, A.; Zhao, T.; Che, T.; Zhang, C. Alteration of Gut Microbiota in Inflammatory Bowel Disease (IBD): Cause or Consequence? IBD Treatment Targeting the Gut Microbiome. Pathogens 2019, 8, 126, doi:10.3390/pathogens8030126.

106. Zuo, T.; Ng, S.C. The Gut Microbiota in the Pathogenesis and Therapeutics of Inflammatory Bowel Disease. Front. Microbiol. 2018, 9, 2247, doi:10.3389/fmicb.2018.02247.

107. Andrei, M.; Nicolaie, T.; Stoicescu, A.; Teiușanu, A.; Gologan, Ș.; Diculescu, M. Intestinal Microbiome, Small Intestinal Bacterial Overgrowth and Inflammatory Bowel Diseases—What are the Connections? Curr. Health Sci. J. 2015, 41, 197–203, doi:10.12865/CHSJ.41.03.01.

108. Sjöberg, F.; Barkman, C.; Nookaew, I.; Ostman, S.; Adlerberth, I.; Saalman, R.; Wold, A.E. Low-complexity microbiota in the duodenum of children with newly diagnosed ulcerative colitis. PLoS ONE 2017, 12, e0186178, doi:10.1371/journal.pone.0186178.

109. Schmidt, K. Characterization of the Duodenal Microbiome in Children with and without Crohn’s disease. Research Days 3 2020. Accessed May 27, 2021 at https://scholarlyexchange.childrensmercy.org/cgi/viewcontent.cgi?article=1148&context=resear hdays.

110. Saffouri, G.B.; Shields-Cutler, R.R.; Chen, J.; Yang, Y.; Lekatz, H.R.; Hale, V.L.; Cho, J.M.; Battaglioli, E.J.; Bhattarai, Y.; Thompson, K.J.; et al. Small intestinal microbial dysbiosis underlies symptoms associated with functional gastrointestinal disorders. Nat. Commun. 2019, 10, 2012, doi:10.1038/s41467-019-09964-7.

111. Mishima, Y.; Ishihara, S. Molecular Mechanisms of Microbiota-Mediated Pathology in Irritable Bowel Syndrome. Int. J. Mol. Sci. 2020, 21, 8664, doi:10.3390/ijms21228664.

112. Isaac, S.; et al. Short and long-term effects of oral vancomycin on the human intestinal microbiota. J. Antimicrob. Chemother. 2017, 72, 128–136, doi:10.1093/jac/dkw383.

113. Weitsman, S.; Celly, S.; Leite, G.; Mathur, R.; Sedighi, R.; Barlow, G.M.; Morales, W.; Sanchez, M.; Parodi, G.; Villanueva-Millan, M.J. Effects of Proton Pump Inhibitors on the Small Bowel and Stool Microbiomes. Dig. Dis. Sci. 2021, doi:10.1007/s10620-021- 06857-y.

114. Deleemans, J.M.; Chleilat, F.; Reimer, R.A.; Henning, J.; Baydoun, M.; Piedalue, K.; McLennan, A.; Carlson, L.E. The Chemo- Gut Study: Investigating the Long-Term Effects of Chemotherapy on Gut Microbiota, Metabolic, Immune, Psychological and Cognitive Parameters in Young Adult Cancer Survivors; Study Protocol. BMC Cancer 2019, 19, 1243, doi:10.1186/s12885-019-6473-8.

115. Eberl, C.; Ring, D.; Munch, P.; Beutler, M.; Basic, M.; Slack, E.C.; Schwarzer, M.; Srutkova, D.; Lange, A.; Frick, J.S.; et al. Reproducible Colonization of Germ-Free Mice with the Oligo-Mouse-Microbiota in Different Animal Facilities. Front. Physiol. 2018, 9, 1534, doi:10.3389/fphys.2018.01534.

Будьте здоровы!

Перейти к ссылкам к основным разделам