ООО "ПРОПИОНИКС"    

пн-пт с 09:00 до 18:00   Telegram Whatsapp +7 (966) 348-80-35
Главная \ 5. Новости и обзор литературы

Роль микробиоты в вирусных инфекциях

« Назад

11.05.2022 14:56

Роль микробиоты в вирусных инфекциях и патологическом прогрессировании

 Механизмы, лежащие в основе подавления вирусной инфекции комменсальной микробиотой

ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ ИНФОРМАЦИЯ

Taketoshi Mizutani, Aya Ishizaka, Michiko Koga, Takeya Tsutsumi and Hiroshi Yotsuyanagi
Role of Microbiota in Viral Infections and Pathological Progression
Viruses 2022, 14, 950.

СОДЕРЖАНИЕ

Резюме

На вирусные инфекции влияют различные микроорганизмы в среде, окружающей ткань-мишень, и корреляция между типом и балансом комменсальной микробиоты является ключом к установлению инфекции и патогенности. Известно, что некоторые комменсальные микроорганизмы сопротивляются вирусной инфекции или способствуют ее развитию, в то время как другие участвуют в патогенности. Также становится очевидным, что профиль комменсальной микробиоты в нормальных условиях влияет на прогрессирование вирусных заболеваний. Таким образом, чтобы понять патогенез, лежащий в основе вирусных инфекций, важно выяснить взаимодействие между вирусами, тканями-мишенями и окружающей средой, включая комменсальную микробиоту, которая должна иметь разные отношения с каждым вирусом. В этом обзоре мы обрисовываем роль микроорганизмов в вирусных инфекциях. В частности, мы сосредоточены на углубленном понимании корреляций между вирусными инфекциями, тканями-мишенями и окружающей средой, включая комменсальную микробиоту и виром кишечника, а также на обсуждении влияния изменений в микробиоте (дисбактериоз) на патологические процессы, прогрессирование вирусных инфекций.

1. Вступление

Вирусы, которые являются патогенными для человека, включают вирусы дыхательной системы (например, аденовирус, грипп и коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома-2 (SARS-CoV-2)); толстой кишки (например, энтеровирусы, ротавирусы и норовирусы); печени (например, вирус гепатита); спинного мозга (например, полиовирус); шейки матки (например, вирус папилломы человека (ВПЧ)); и лейкоциты (например, вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) и человеческий Т-лимфотропный вирус (HTLV)). Вирусная инфекция инициируется взаимодействием вирусного капсида или гликопротеинов оболочки с рецепторами, специфичными для клетки-хозяина. После попадания в клетку-мишень последовательность амплификации вирусных нуклеиновых кислот, генерации вирусных частиц и выхода из клетки составляет жизненный цикл вируса [1]. Во время этого процесса некоторые вирусы, такие как вирусы ВИЧ и гепатита, встраивают свой вирусный геном в геном клетки-хозяина, тем самым постоянно заражая хозяина; однако большинство вирусов быстро выводятся из организма благодаря иммунному ответу хозяина и остаются только при транзиторных инфекциях. Вирусы не могут реплицироваться и размножаться независимо; они используют клетки-хозяева в качестве каркасов и требуют, чтобы их транскрипционный механизм создавал множественные вирусные копии. Не следует недооценивать участие симбиотических микроорганизмов в возникновении инфекции и прогрессировании заболевания, связанного с этим процессом.

Недавние исследования показали, что симбиотические отношения между хозяином и местной микробиотой играют важную роль в возникновении вирусных инфекций. Во-первых, присутствие комменсальных бактерий в слизистой оболочке представляет собой физический барьер для клеточной адгезии, что является первым шагом в установлении вирусной инфекции (рис. 1А) [1]. Секреция растворимых факторов некоторыми кишечными бактериями и непрерывная стимуляция иммунной системы хозяина факторами бактериального происхождения способствуют противовирусному эффекту [2]. Однако молекулярные механизмы, с помощью которых вирусы преодолевают или используют эти барьеры для установления инфекции, представляют большой академический интерес. По этому поводу было проведено множество исследований, потому что это понимание может помочь разработать стратегии «контроля микробиоты» для обеспечения защиты от вирусных инфекций. Более того, перекрестные взаимодействия, такие как физический или материальный перенос между клеткой-хозяином и микробиотой на клеточном эпителии, считаются важными в развитии вирусных заболеваний. Это также влияет на внутриклеточные процессы, такие как регуляция экспрессии генов инфицированных вирусов. Кроме того, восприимчивость аборигенной микробиоты сильно различается в зависимости от тканей-мишеней вируса, и развивающийся патогенез также различается в зависимости от вида вируса; поэтому понимание факторов окружающей среды каждой ткани важно для выяснения установления и развития вирусной инфекции (рис. 1В). При некоторых вирусных инфекциях, таких как HTLV, связь между патогенностью и микробиотой до сих пор не определена. Также становится очевидным, что клинический фон человека, включая любые сопутствующие заболевания, которые становятся очевидными при пандемии коронавирусной болезни (COVID-19), могут влиять на прогноз вирусных инфекций [3–5]. Таким образом, профиль микробиоты в здоровой стадии до заражения также оказывает существенное влияние на прогноз заболевания.

Различные роли комменсальной микробиоты при вирусных инфекциях

Рисунок 1. Различные роли комменсальной микробиоты при вирусных инфекциях. (A) Схематическое изображение бактериального вмешательства в вирусную инфекцию и патогенез. Комменсальная микробиота может взаимодействовать с вторгающимися вирусами и играть роль усиления или подавления вирусных инфекций. Состав кишечной микробиоты может способствовать или подавлять прогрессирование заболевания. (B) Корреляция между дисбактериозом микробиоты и прогрессированием заболевания при отдельных вирусных инфекциях. Транзиторный дисбактериоз кишечной микробиоты возникает даже при простуде и легких случаях гриппа и инфекций SARS-CoV-2, что считается дополнительной реакцией на нормальный иммунный ответ (вверху слева). Предполагается, что изменения в кишечной микробиоте участвуют в индукции цитокинового шторма в тяжелых случаях гриппа и инфекции SARS-CoV-2 (вверху справа). При хронических вирусных инфекциях, таких как ВИЧ, HBV и HCV, кишечная микробиота и хроническое воспаление со временем способствуют прогрессированию заболевания (внизу слева). Вагинальная микробиота до заражения ВПЧ оказывает значительное влияние на развитие рака шейки матки, вызванного ВПЧ (внизу справа).

Микроорганизмы, симбиотически живущие в организме человека, образуют различные колонии, преимущественно в коже, полости рта, верхних дыхательных путях, кишечнике и репродуктивных органах [6]. Что касается взаимоотношений между вирусной инфекцией и симбиотическими микроорганизмами, вирусная инфекция, репликация и патогенез находятся под влиянием симбиотических микроорганизмов, живущих вблизи тканей-мишеней. ВПЧ, поражающий ротовую полость и половые пути, а также норовирусы и ротавирусы, поражающие кишечный эпителий, являются репрезентативными примерами этой взаимосвязи. Однако изменения микробиоты дистального отдела кишечника наблюдаются при респираторных вирусах и вирусах гепатита, поражающих печень. Таким образом, было высказано предположение, что микробиота действует системно, а не локально при вирусных инфекциях, и были предложены теории осей «кишечник — несколько органов» [7]. Другими словами, симбиотическую микробиоту можно рассматривать как важный фактор, определяющий клинические исходы при вирусной инфекции.

Концепция контроля микробиоты признается в качестве новой противовирусной стратегии для предотвращения возникновения вирусных инфекций и тяжелого прогноза после инфекции. С точки зрения того, как контролировать кишечную микробиоту в нашей повседневной жизни, предполагается, что умеренные физические упражнения оказывают благотворное влияние на здоровье, такое как уменьшение воспаления и проницаемости кишечника, а также улучшение состава тела [8]. Кроме того, инициативы в области психического здоровья, такие как снижение стресса и улучшение состояния полости рта, также эффективны для сохранения кишечной среды [9,10]. По мере того, как концепция профилактической медицины приобретает все большее значение, это утверждение будет приобретать все больше доверия.

В этом обзоре мы обрисовываем корреляции между вирусной инфекцией, тканями-мишенями и окружающей средой, включая местную микробиоту тканей-мишеней, с целью понимания роли местной микробиоты при вирусных инфекциях. Хотя существуют различные типы вирусов, поражающих человека, в этом обзоре основное внимание уделяется пяти группам вирусов, о которых широко известно, что они связаны с микробиотой: диарейные вирусы (норовирусы и ротавирусы); респираторные вирусы, такие как грипп и SARS-CoV-2; вирусы гепатита (А, В, С и Е); вирус иммунодефицита (ВИЧ); и вирус рака шейки матки (ВПЧ). В частности, этот обзор проясняет отношения между вирусом и микробиотой, уделяя особое внимание различиям в инфицированных тканях, что будет полезно для понимания патогенеза инфекционных заболеваний, которые различаются между тканями, и участия местных бактерий.

2. Комменсальная микробиота и здоровье человека

В организме человека существует огромное количество и разнообразие микроорганизмов, включая бактерии, грибы и вирусы [6]. Из них бактерии, которые на сегодняшний день являются самыми многочисленными, были в центре внимания многих исследований из-за их важности для здоровья человека. Микроорганизмы колонизируют различные участки тела, включая кожу, ротовую полость, верхние дыхательные пути, желудочно-кишечный тракт и репродуктивные органы. Среди них репрезентативные кишечные бактерии классифицируются на три типа в зависимости от их действия. Полезными бактериями являются те, которые эффективны для поддержания здоровья и предотвращения старения, например, помогая пищеварению и кишечному всасыванию и повышая иммунитет [7,11]. Типичные бактерии включают бифидобактерии и молочнокислые бактерии. И наоборот, считается, что вредные бактерии оказывают неблагоприятное воздействие на организм. Примеры включают бациллу Уэлча, стафилококки и токсичные кишечные палочки. Кроме того, условно-патогенные бактерии — это те, которые безвредны в здоровом количестве, но размножаются в кишечнике при ослаблении организма (возникновение условно-патогенных инфекций); типичными примерами являются Bacteroides, E. coli (нетоксичные штаммы) и Streptococcus. Сообщалось, что присутствие симбиотических бактерий на поверхностях слизистых оболочек важно для иммунного гомеостаза и иммунного ответа [12,13]. В частности, слизистая оболочка является путем проникновения в клетку извне, а микробиота, присутствующая в слизистой оболочке кишечника, постоянно стимулирует иммунные клетки и способствует созреванию вторичных лимфоидных тканей в желудочно-кишечном тракте, отвечающих за защиту слизистой оболочки кишечника. [14]. Эта система приводит к быстрому иммунному ответу на вторжение чужеродных веществ (вирусов и паразитов) извне. Интересно, что у диких мышей, которые показали улучшенную приспособленность, по сравнению с лабораторными мышами, есть бактериальная микробиота, которая развивалась под большим эволюционным давлением, включая инфекцию и естественные воспалительные иммунные стимулы [15,16]. Многие предыдущие сообщения показали, что дисбактериоз связан с патогенезом аутоиммунных заболеваний, таких как воспалительные заболевания кишечника [17]. Учитывая вышеизложенные данные, баланс микробиоты является важным фактором иммунного гомеостаза и патогенеза [18].

3. Острый гастроэнтерит

3.1. Вирус острого гастроэнтерита и кишечные расстройства

Несколько вирусов, бактерий и паразитов были идентифицированы как причины острого гастроэнтерита, при этом на норовирус приходится примерно 20% случаев во всем мире, а ротавирус является одной из ведущих причин младенческой смертности во всем мире [19]. Ротавирус поражает эпителий тонкой кишки и вызывает быстрое обезвоживание с разрушением эпителиальных клеток тонкой кишки; это одна из ведущих причин смерти среди детей в возрасте до 5 лет в развивающихся странах. Саповирусы, астровирусы и аденовирусы также являются возбудителями острого гастроэнтерита. Вирусы гастроэнтерита, такие как ротавирус и норовирус, передаются здоровым людям через воду или пищу, загрязненные рвотными массами или фекалиями инфицированных людей, и их инфекции часто регистрируются в развивающихся странах и в антисанитарных условиях.

3.2. Роль микробиоты в развитии вирусной инфекции острого гастроэнтерита

Острый гастроэнтерит обычно вызывает боль в животе с диареей. Это сопровождается заметными изменениями в кишечной микробиоте из-за инфекции. О норовирусах сообщается в исследованиях на животных и исследованиях in vitro, посвященных взаимодействию вируса с микробиотой во время инфекции [20]. Эксперименты In vitro показали, что норовирусы человека могут инфицировать В-клетки в присутствии бактерий, покрытых антигенами гистогруппы крови (HBGAs). Это наводит на мысль о механизме инфекции, включающем бактерии, прикрепленные к кишечному эпителию. Удаление микробиоты путем лечения антибиотиками предотвращает персистирующую инфекцию мышиным норовирусом [21]. Имеются аналогичные сообщения о полиовирусе, реовирусе, вирусе опухоли молочной железы мыши и ротавирусе [21-24]. Также сообщается, что липополисахариды (ЛПС) повышают стабильность и инфекционность частиц полиовируса [25,26]. Эти данные свидетельствуют о том, что некоторые микроорганизмы кишечной микробиоты способствуют развитию энтеровирусных инфекций, что было подробно рассмотрено в других источниках [27-29]. Напротив, эксперименты с мышами с ослабленным иммунитетом показали, что сегментированные нитевидные бактерии обладают защитными свойствами против ротавирусной инфекции независимо от противовирусной активности иммунных клеток [30]. Кроме того, имеются сообщения, свидетельствующие о том, что микробиота ингибирует клеточную адгезию норовирусов во время экспериментов in vitro [31,32]. Разнообразие кишечного бактериального слоя снижается после норовирусной или ротавирусной инфекции [33], а состав микробиоты отличается у больных диареей в Гане [34]. Эти наблюдения можно объяснить различиями во взаимодействии с микробиотой при вирусных инфекциях.

3.3. Комменсальная микробиота и противовирусный иммунный ответ

Было показано, что наличие кишечной микробиоты важно для иммунного контроля с помощью интерферона I типа, который быстро индуцирует врожденный иммунитет против вируса. В исследовании с использованием мышей сообщалось, что индукция интерферона ослабляется, когда кишечные бактерии истощаются антибиотиками [35]. Секреторный иммуноглобулин А (SIgA), секретируемый слизистой оболочкой кишечника, также считается эффективным барьером для элиминации вируса, но количество IgA у мышей без микробов низкое, и комменсальные бактерии могут быть вовлечены в устойчивую секрецию IgA и быстрый иммунный ответ [36]. Кроме того, норовирусная инфекция значительно изменяет кишечную микробиоту человека, что позволяет предположить, что кишечная микробиота тесно связана с иммунным ответом на норовирус [37]. Основываясь на этих результатах, аномалии местных бактерий, наблюдаемые сразу после заражения, можно считать побочным эффектом нормального иммунного ответа. Симптомы диареи, вызванные нарушениями в кишечной микробиоте, также можно рассматривать как серию иммунных реакций для выведения патогенов из организма.

Хотя существует вакцина против ротавируса, она не получила широкого распространения во всем мире [38]. Инфекционная диарея является актуальной проблемой, особенно в развивающихся странах, и желательно разработать вакцину против норовируса наряду с ее широким применением. Ожидается, что пробиотики будут регулировать состав кишечной микробиоты, усиливать барьерную функцию кишечника и контролировать инфекционную диарею [39,40]. Открытие эффективных пробиотических штаммов и комбинаций штаммов важно, но также необходимо определить их эффективность, поскольку местные бактерии различаются в разных странах [41].

4. Инфекции верхних дыхательных путей

4.1. Инфекции верхних дыхательных путей и желудочно-кишечные заболевания

Известно, что несколько вирусов, включая грипп и аденовирус, вызывают инфекции верхних дыхательных путей, которые в основном характеризуются воспалением верхних дыхательных путей и могут иметь симптомы, включая боль в горле, кашель и лихорадку. Инфекции верхних дыхательных путей часто сопровождаются желудочно-кишечными расстройствами, такими как боль в животе и диарея. Это объясняется осью кишечник-легкие, которая является физиологической связью между кишечником и легкими [42]. Известно, что дыхательные пути и кишечный тракт взаимодействуют друг с другом, и изменения в одном могут отразиться на другом. Изменения в кишечной среде связаны с патогенезом респираторных заболеваний, которые могут включать бронхиальную астму и микробиоту [43]. Так, сообщалось о некоторых изменениях в микробиоте после заражения гриппом (H1N1 и H7N9) [44,45].

Некоторые инфекции верхних дыхательных путей относительно чаще встречаются у детей, чем у взрослых. Это может быть связано с тем, что состав микробиоты кишечника у детей и взрослых различается [46]. Самое последнее сообщение показало, что нарушение респираторной микробиоты в раннем постнатальном периоде повышает восприимчивость к инфекциям дыхательных путей [47]. Хотя в нескольких клинических исследованиях была описана взаимосвязь между аденовирусами и астровирусами, которые вызывают симптомы, подобные диарее, и влияют на кишечную микробиоту, в исследованиях на животных сообщалось о дисбиозе после инфекций [48,49]. Может быть задействовано возрастное недоразвитие иммунной системы и кишечной микробиоты; эксперименты с астровирусом на летучих мышах показали, что численность бактериальных таксонов, характерных для здоровой микробиоты, заметно снижается у молодых астровирус-позитивных летучих мышей.

4.2. Влияние комменсальной микробиоты при инфекции верхних дыхательных путей

Еще одним интересным открытием является то, что некоторые микроорганизмы местной микробиоты действуют защитно против вирусных инфекций при инфекциях верхних дыхательных путей [50-54]. Недавний отчет показал, что восприимчивость к инфекциям гриппа A (H3N2) и B связана с местной микробиотой носа и глотки [55]. Сообщается, что индукция интерферона, связанная с врожденным иммунитетом против рода Staphylococcus в полости носа, является молекулярным механизмом, лежащим в основе защитной функции местной микробиоты от вирусов [56]. В настоящее время появляется все больше доказательств того, что изменения в комменсальной микробиоте влияют на прогноз вирусных заболеваний [57], включая недавние исследования с участием COVID-19, хотя подробные молекулярные механизмы неясны. Инфекция SARS-CoV-2 связана с гипертонией, диабетом, болезнями сердца и другими сопутствующими заболеваниями; она также связана с быстрым воспалением, включая образование цитокиновых штормов [58,59]. Согласно нескольким сообщениям, изменения в микробиоте кишечника, которые играют важную роль в иммунном гомеостазе, предположительно, связаны с этим тяжелым заболеванием [60-63].

4.3. Инфекция SARS-CoV-2 и изменение микробиоты

Об изменениях в разнообразии кишечной микробиоты сообщается сразу после заражения SARS-CoV-2 [44,64–68]. Наблюдается постепенное изменение микробиоты кишечника пациентов сразу после начала заболевания по сравнению с микробиотой здоровых людей, и изменения достигают максимума через 2-3 недели [64]. Это было связано с уменьшением количества бактерий Ruminococcaceae и Lachnospiraceae [66] или уменьшением количества бактерий типа Firmicutes, главным образом рода Faecalibacterium; также сообщалось об увеличении некоторых условно-патогенных бактерий [44,67,68]. В то время как все вышеуказанные результаты были зарегистрированы в Китае и Японии, повышенные уровни родов, связанных с желудочно-кишечными заболеваниями (Campylobacter и Klebsiella), наблюдались у афроамериканских пациентов в Соединенных Штатах [65]. Кроме того, также сообщалось о дисбактериозе в кишечной микробиоте (снижение количества бактерий, продуцирующих короткоцепочечные жирные кислоты) после инфекции на животных моделях с использованием хомяков [69]. Во многих исследованиях также сообщалось об изменениях в микробиоте полости рта после заражения SARS-CoV-2 [70-75]. Ma et al. сообщили, что анализ образцов мазков из ротоглотки показал, что изменения в микробиоте полости рта после заражения SARS-CoV-2 вызывали воспалительную реакцию и влияли на тяжесть заболевания [71]. Кроме того, сравнительный анализ кишечной микробиоты и бактерий полости рта у пациентов с гриппом и пациентов с COVID-19 показал различный состав микробиоты [44,71].

4.4. Понимание микробиоты при терапии COVID-19

Дисбактериоз, наблюдаемый сразу после инфицирования, может быть обусловлен иммунными реакциями в эпителии слизистой оболочки, включая атаки местных бактерий врожденным иммунитетом. Таким образом, несбалансированная микробиота может вызвать временное увеличение оппортунистических инфекций. Эти наблюдения носят временный характер, и участие микробиоты в прогрессировании заболевания полностью не установлено; однако сообщалось о положительной корреляции между воспалением [64,67] или тяжестью заболевания и микробиотой кишечника [60,67,76]. В недавних сообщениях описаны изменения в грибковой микробиоте легких пациентов с COVID-19 [77]. Кроме того, все большее число отчетов с использованием дробового анализа образцов стула пациентов описывает корреляцию между изменениями в микробиоте кишечника, иммунными реакциями и метаболическими путями [67,78–80]. По сравнению со здоровыми людьми у пациентов повышены уровни маркеров крови, таких как воспалительные цитокины и С-реактивные белки, после инфекции [67] и множественные измененные модули метаболических путей в связи со снижением количества иммунорегуляторных бактерий, таких как бактерии из типа Firmicutes [78–80]. На основании этих отчетов будущие исследования должны оценить продольный и поперечный анализ кишечной микробиоты пациентов во время прогрессирования заболевания. Также предполагается, что идентификация бактерий, участвующих в тяжелом заболевании, и понимание метаболических функций этих бактерий могут служить молекулярной основой патогенеза COVID-19. При COVID-19 патогенность в значительной степени зависит от основного заболевания человека, и состав микробиоты кишечника до начала заболевания может иметь важное значение. В недавнем перекрестном анализе с использованием общедоступных баз данных из 10 стран мира сообщалось, что род Collinsella может предотвращать тяжелые заболевания после заражения через желчные кислоты [81]. Характерными симптомами COVID-19 являются желудочно-кишечные расстройства, расстройство настроения и сильное недомогание, которые сохраняются в течение длительного времени после выздоровления [82,83]. Их называют долгосрочными осложнениями COVID-19, и было высказано предположение, что эти симптомы связаны с дисбактериозом [84–88].

Выяснение связи между тяжестью COVID-19 и микробиотой представляет большой интерес для проведения терапевтических мероприятий [89]. Хотя исследования микробиоты должны решить проблему трудности сбора образцов кала у пациентов с тяжелым заболеванием, в дополнение к продольному наблюдательному анализу микробиоты желательно выяснить молекулярные механизмы, которые запускают быстрое воспалительное состояние, приводящее к образованию цитокинового шторма. Перекрестные данные об изменениях микробиоты и патогенезе COVID-19 из разных стран также будут иметь значительную ценность.

5. Вирус гепатита

5.1. Патогенез вируса гепатита и ось Кишечник-Печень

Кишечный тракт и печень анатомически и физиологически связаны через воротную вену через систему кишечно-печеночной циркуляции. Изменения в микробиоте кишечника связаны с вирусным гепатитом, в основном гепатитом В и С, и они влияют на кишечник и печень через так называемую «кишечно-печеночную ось». Становится ясно, что метаболиты и клеточные компоненты кишечной микробиоты влияют на функцию печени через кишечную циркуляцию и модулируют патогенез заболеваний печени [90–92]. Следовательно, есть указание на перекрестные взаимодействия между кишечной микробиотой и печенью, и понимание этой взаимосвязи важно, поскольку это поможет установить методы контроля кишечных бактерий для лечения и профилактики заболеваний печени.

В настоящее время конкретные механизмы, лежащие в основе вовлечения компонентов кишечных бактерий в вирусные гепатиты, до конца не изучены. Тем не менее, связь между гепатитом и микробиотой кишечника, связанная с энтерогепатической осью, широко изучалась. Предполагается, что различные молекулы, такие как пептидогликаны и ЛПС, продуцируемые кишечной микробиотой, переносятся в печень, а модификация желчных кислот кишечными бактериями, взаимодействующими с печеночными иммунными клетками, вызывает патологические эффекты [93]. Для получения дополнительной информации о роли кишечных бактерий и аномальной секреции желчных кислот в дисфункции печени будущие исследования должны более детально оценить роль кишечных бактерий и аномальной секреции желчных кислот в дисфункции печени.

5.2. Инфекция HAV и HEV и микробиота

Вирус гепатита А (HAV) и вирус гепатита Е (HEV) являются возбудителями гепатита А и Е соответственно. И HAV, и HEV выделяются с фекалиями и распространяются через зараженную воду и пищу. HAV может вызывать боль в животе, рвоту, диарею и лихорадку, а у 1% инфицированных людей развивается фульминантный гепатит, который может привести к острой почечной недостаточности. Из-за эпидемического и спорадического характера HAV только в нескольких отчетах изучалась его связь с кишечной микробиотой. Анализ 16SрРНК в кале при единственной зарегистрированной вспышке HAV среди японских ВИЧ-инфицированных в 2017 г. показал выраженный дисбактериоз сразу после острого гепатита, который сохранялся в течение длительного времени после лечения [94].

Основными симптомами инфекции HEV являются лихорадка, недомогание, миалгия, боль в животе и кожная сыпь. В редких случаях это может привести к острой печеночной недостаточности. Как и в случае с HAV, опубликовано лишь несколько сообщений об изменении кишечной микробиоты при острой инфекции HEV. Состав микробиоты у больных острым гепатитом Е (AHE) изменен по сравнению с таковым у здоровых лиц, а обилие некоторых бактерий (протеобактерий, гаммапротеобактерий и энтеробактерий) связано с количеством секретируемого гамма-интерферона [95]. В этом отчете присутствие гаммапротеобактерий положительно коррелировало с уровнями аланинтрансаминазы в сыворотке и уровнями общего билирубина, что позволяет предположить, что присутствие гаммапротеобактерий может служить индикатором для выявления пациентов с AHE и для более точного прогнозирования тяжести. Кроме того, сравнение между пациентами с гепатитом Е и острой печеночной недостаточностью, связанной с HEV, показало, что изменения в фекальной микробиоте были связаны с прогрессированием заболевания HEV [96].

5.3. HBV-инфекция и изменения кишечной микробиоты

Инфекция вируса гепатита В (HBV) в настоящее время неизлечима, но ее можно лечить путем подавления репликации вируса и уменьшения осложнений. У 5% взрослых развивается хроническая инфекция HBV, но примерно 90% новорожденных и 30–50% детей в возрасте до 5 лет испытывают трудности с элиминацией HBV из организма [97]. В дополнение к возможности того, что созревание иммунной системы вызывает возрастные различия в способности элиминации HBV, также предполагается участие кишечной микробиоты. Эксперименты на животных показали, что анти-HBV-активность основана на регуляции иммунной системы кишечными бактериями [98,99]. Несколько недавних исследований показали корреляцию между кишечной микробиотой и хронической инфекцией HBV без повреждения печени [99–102], а также циррозом, связанным с HBV, и гепатоцеллюлярной карциномой [103–107].

Хроническая HBV-инфекция без поражения печени связана с уменьшением количества бактерий рода Bacteroides [101,102], а множественный дисбиоз (хотя и не всегда) кишечной микробиоты наблюдается при HBV-ассоциированном заболевании печени с прогрессированием заболевания. Несколько исследователей пытались использовать профили операционных таксономических единиц (OTUs) этих характерных микробиот для их диагностики [104,107,108]. Однако, помимо региональных различий, на изменение микробиоты кишечника могут влиять различные факторы, такие как употребление алкоголя, курение, ожирение и раса, что затрудняет интерпретацию роли микробиоты кишечника при хроническом гепатите. Кроме того, у людей, инфицированных HBV, низкое число копий ДНК HBV коррелирует с разнообразием микробиоты кишечника, при этом профиль микробиоты, богатый Alloprevotella, участвует в метаболизме липидов [109]. В будущем будет важно понять роль микробиоты кишечника во взаимодействии между HBV-инфекцией и метаболическим профилем.

5.4. Эффективность раннего лечения в восстановлении дисбактериоза при HCV-инфекции

Хроническая HCV-инфекция прогрессирует до выраженного фиброза и цирроза печени у 20-30% нелеченных пациентов, а гепатоцеллюлярная карцинома развивается у 1-4% пациентов [110]. Сообщения о кишечной микробиоте пациентов с инфекцией HCV в основном подчеркивали уменьшение разнообразия составляющих ее видов [111–114], в то время как другие сообщали об увеличении разнообразия [51]. Предполагается, что, как и при инфицировании HBV, некоторые различия, такие как расовые различия и стадия заболевания, влияют на изменения в микробиоте кишечника. РНК вируса гепатита С (HCV) обнаруживается в крови, слюне и желчи больных пациентов, а также в их стуле. Это предполагает прямое взаимодействие между вирусными частицами и микробиотой кишечника [115].

В настоящее время для лечения HCV-инфекции используются противовирусные препараты прямого действия (DAA). Они нацелены на белки HCVs, ингибируют их репликацию и, следовательно, уничтожают их. Недавно был проведен продольный анализ DAA-лечения, чтобы улучшить понимание связи между печеночной инфекцией HCV и микробиотой кишечника. Сообщалось, что структура микробиоты в начале DAA-лечения связана с его прогнозом [116]. После лечения состав кишечной и ротовой микробиоты у пациентов с легким фиброзом без цирроза оказался сходным с таковым у здоровых лиц. Вызванные лечением изменения α-разнообразия наблюдались преимущественно только у пациентов с менее запущенным заболеванием [117-123]. Эти результаты подчеркивают важность ранних терапевтических вмешательств для улучшения функции печени путем регулирования состава кишечной микробиоты.

6. ВИЧ

6.1. Хроническое воспаление при ВИЧ-инфекции и кишечная микробиота

Несмотря на достижения в области антиретровирусной терапии, частота воспаления и активации иммунитета остается повышенной у пациентов с ВИЧ-инфекцией, и эти состояния связаны с заболеваемостью и смертностью [124,125]. Роль кишечной микробиоты в персистирующей ВИЧ-инфекции кишечной иммунной системы - интересная тема. Однако связь между изменениями в микробиоте кишечника и персистирующим воспалением, наблюдаемым у пациентов, остается неясной. Несколько исследований продемонстрировали возможную роль кишечной микробиоты во влиянии на ВИЧ-инфекцию через слизистую оболочку прямой кишки. Ретроспективный анализ образцов стула мужчин, имеющих половые контакты с мужчинами (MSM) во время пандемии синдрома приобретенного иммунодефицита, показал, что состав микробиоты кишечника до заражения ВИЧ влиял на восприимчивость к ВИЧ-1 [126]. Интраректальное заражение обезьяньим ВИЧ у макак-резусов показало, что у более восприимчивой группы было значительно больше активированных CCR5+ CD4+ T-клеток в слизистой оболочке прямой кишки, что позволяет предположить, что различия в микробиоте кишечника связаны с различиями в иммунной активации [127].

6.2. Две тенденции в микробиоте кишечника у ВИЧ-инфицированных пациентов

Альтернативная кишечная микробиота при ВИЧ-инфекции потенциально может привести к системному воспалению у пациентов или поддерживать его. Существуют две основные тенденции изменения микробиоты кишечника у пациентов с ВИЧ-инфекцией. Первая тенденция связана с сексуальным предпочтением, не зависящим от ВИЧ-инфекции. В двух независимых европейских когортах с разным этническим и культурным происхождением Noguera-Julian et al. обнаружили, что MSM имеют более высокое альфа-разнообразие, т. е. повышенное и пониженное количество бактерий Prevotella и Bacteroides соответственно, чем не-MSM, независимо от их ВИЧ-статуса [128]. Это наблюдение согласуется с результатами нескольких других исследований MSM [129,130]. Кроме того, эта тенденция была связана с рецептивным анальным сексом как у мужчин, так и у женщин [131]. Вторая причина – ВИЧ-инфекция. ВИЧ-индуцированный дисбиоз был связан со снижением альфа-разнообразия, обогащением гаммапротеобактерий, включая Enterobacteriaceae, и истощением Lachnospiraceae и Ruminococcaceae, независимо от пола или сексуальных предпочтений [131]. Повышенная или пониженная частота встречаемости этих бактерий соответствовала результатам многих других исследований [132–142]. ВИЧ-ассоциированное снижение альфа-разнообразия в основном наблюдалось у пациентов с низким количеством CD4 [143–146]. Восстановление альфа-разнообразия наблюдалось в одних исследованиях [146, 147], тогда как в других не было обнаружено значительных изменений после антиретровирусной терапии [134, 135]. Также показано, что Enterobacteriaceae и Desulfovibrionaceae связаны с различными хроническими воспалительными состояниями, такими как воспалительное заболевание кишечника [148, 149], что указывает на потенциальную связь между дисбиозом, связанным с ВИЧ, и хроническим воспалением. Кроме того, у ВИЧ-инфицированных пациентов было снижено количество некоторых бактерий, продуцирующих масляную кислоту, принадлежащих к семействам Lachnospiraceae и Ruminococcaceae. Бутират является важным источником энергии для клеток толстой кишки; он индуцирует экспрессию белков межклеточных плотных контактов кишечника, которые способствуют барьерной функции кишечника [150]. У пациентов с ВИЧ дисфункция кишечного барьера сохраняется, несмотря на эффективное лечение, что способствует перемещению воспалительных микробных продуктов в системный кровоток [151].

6.3. Микробная транслокация и системное воспаление

Хроническая иммунная активация наблюдалась у ВИЧ-1-инфицированных пациентов даже после лечения, что свидетельствует о вовлечении кишечной микробиоты. Действительно, многие исследования продемонстрировали связь между дисбактериозом кишечника и системным воспалением [131, 133, 146, 152–154]. Сообщалось о перемещении микроорганизмов и микробных продуктов со слизистой оболочки кишечника в системный кровоток у ВИЧ-инфицированных лиц, и становится ясно, что это тесно связано с активацией иммунитета. Анализ вируса иммунодефицита обезьян (SIV) показал, что прогрессирование до СПИДа приводит к снижению числа CD4+Т-клеток  и увеличению виремии, а также к переносу кишечной микробиоты в кровоток [155]. Кроме того, в животных моделях инфекции SIV ранняя блокада поступления ЛПС из кишечного тракта в кровоток резко снижала активацию и пролиферацию Т-клеток, продукцию воспалительных цитокинов и уровни РНК SIV в плазме [156]. Было несколько сообщений, показывающих связь между микробной транслокацией и хроническим воспалением с использованием маркеров крови, которые подтверждают вышеуказанные наблюдения [157-159]. Из них кишечный белок, связывающий жирные кислоты, маркер кишечных расстройств, и sCD14 (растворимая форма CD14), непрямой кровяной маркер микробной транслокации в ответ на ЛПС, были связаны в когортном исследовании ВИЧ-инфицированных людей [144,159]. Было показано, что эти улучшения микробной транслокации потенциально влияют на восстановление иммунитета при лечении [160,161]. Двухлетнее последующее исследование ВИЧ-инфицированных пациентов, получавших лечение, показало, что изменения в разнообразии и составе транслоцированных микробных видов снижают системное воспаление и влияют на восстановление CD4 [161]. Эти наблюдения позволяют предположить, что регуляция микробиоты параллельно с терапевтическим вмешательством может улучшить клинический исход.

Таким образом, идентификация микробиоты, поддерживающей хроническое воспаление, которое усугубляет патологию ВИЧ, может быть полезна для функционального лечения ВИЧ-инфекции, которую в настоящее время трудно искоренить. Более того, выяснение молекулярных механизмов, приводящих к протеканию кишечника, может быть эффективной терапевтической стратегией, которая включает контроль микробиоты. Выяснение взаимосвязи между характерным профилем микробиоты MSM и восприимчивостью к ВИЧ-инфекции также важно для получения знаний в области профилактики ВИЧ-инфекции.

7. ВПЧ

7.1. ВПЧ-инфекция и уникальный вагинальный бактериальный состав

ВПЧ представляет собой ДНК-содержащий вирус, которым хотя бы раз в жизни заражаются более 80% женщин, имевших сексуальный опыт. Большинство ВПЧ-инфекций излечиваются спонтанно, но некоторые персистирующие инфекции ответственны за развитие ряда заболеваний, включая рак шейки матки, анального канала и влагалища, а также остроконечные кондиломы. В дополнение к роли ВПЧ в канцерогенезе, уникальная среда отдельных участков слизистой оболочки, включая выделения слизистой оболочки и микрофлору влагалища, вероятно, участвует в сохранении инфекции и канцерогенезе ВПЧ [162,163]. Микробиота слизистой оболочки влагалища уникальна, и ее роль в индуцированном ВПЧ канцерогенезе эпителия шейки матки широко изучалась.

7.2. Влияние бактериального состава влагалища на инфекцию ВПЧ

Состав вагинальной микробиоты человека классифицируется по типам состояния сообщества (CSTs) на основе обилия конкретных видов Lactobacillus [164, 165]. Вагинальная микробиота обычно преобладает над Lactobacillus, но может также включать Lactobacillus crispatus (CST I), Lactobacillus gasseri (CST II), Lactobacillus iners (CST III) и Lactobacillus jensenii (CST V). Считается, что женщины с вагинальной микробиотой, состоящей из более разнообразных бактерий, имеют другой CST (CST IV) [164]. Считается, что лактобациллы поддерживают вагинальный гомеостаз непосредственно в эпителиальных клетках за счет воздействия их метаболитов и косвенно, подавляя рост патогенных видов [166]. Между тем, эти паттерны CST связаны с риском развития заболевания. Женщины с CST IV имеют более высокий риск развития бактериального вагиноза (BV), чем женщины с CST I [165, 167]. Недавние отчеты показали, что женщины с дефицитом лактобактерий вагинальной микробиоты подвержены более высокому риску заражения инфекциями, передающимися половым путем, такими как ВИЧ-инфекции, чем женщины с лактобацилл-преобладающим CST [168]. Кроме того, у женщин с ВПЧ-инфекцией и интраэпителиальными опухолями шейки матки или инвазивным раком шейки матки наблюдалось значительное снижение L. crispatus во вагинальной микробиоте, а профиль вагинальной микробиоты с преобладанием L. iners был связан с более высоким риском развития рака [169–173]. Местная вагинальная микробиота, характерная для рака шейки матки, вызванного ВПЧ-инфекцией, обеднена лактобациллами и преимущественно анаэробна [174]. Показано, что повышенные показатели инфицирования и персистенции ВПЧ, а также тяжесть заболевания связаны с микробным разнообразием и микробным богатством влагалища [175–178].

Снижение лактатопродуцирующих лактобацилл приводит к повышению рН влагалища (выше 4,5), что, в свою очередь, приводит к избыточному бактериальному росту [179]. BV ослабляет барьерную функцию эпителия шейки матки и облегчает проникновение ВПЧ в базальные кератиноциты [180]. Кроме того, BV связан с хроническим воспалением слизистых оболочек [181], что позволяет предположить, что он может приводить к развитию интраэпителиальных поражений влагалища. BV вызывается быстрым переключением продуцирующих молочную кислоту бактерий во влагалище на несколько анаэробных бактерий, главным образом Gardnerella vaginalis [182]. Сообщается, что Gardnerella имеет высокий уровень обнаружения у ВПЧ-положительных женщин; Gardnerella секретирует сиалидазу, и ее повышенная концентрация связана с риском поражения шейки матки [183, 184] (прим. ред.: G. vaginalis секретирует сиалидазу, которая разрушает слизь, путем расщепления ее гликопротеинов. При этом образуется сиаловая кислота, которая затем поглощается G. vaginalis. Деградация и истощение компонентов защитного барьера слизистой оболочки делает возможной восходящую инфекцию верхних половых путей). В недавнем отчете также указывалось, что сиалидаза, секретируемая Gardnerella и Prevotella, может играть критическую роль в передаче ВПЧ к поражениям шейки матки [185]. Кроме того, такие механизмы, как репрессия транскрипции Toll-подобных рецепторов факторами, происходящими из ВПЧ (онкопротеины E6 и E7), позволяют ВПЧ избежать иммунной элиминации [186]. Недавно сообщалось, что некоторые бактериофаги связаны с BV и что существует специфический для BV виром и микробиота. Это указывает на важность выяснения взаимодействий между бактериофагами и бактериальным транс-царством [187].

7.3. Инфекция ВПЧ и микробиота полости рта при раке полости рта

Известно, что некоторые виды рака ротовой полости, такие как карцинома ротоглотки (OPC), связаны с инфекцией ВПЧ. Род Lactobacillus значительно присутствует в образцах слюны пациентов с ВПЧ-положительным OPC [188, 189], но обилие и разнообразие микробиоты полости рта невелики [188, 190]. Это уменьшение разнообразия контрастирует с таковым у пациентов с раком шейки матки, что свидетельствует о персистенции ВПЧ и его влиянии на канцерогенез нескольких преимущественно патогенных бактерий. У пациенток с OPC имеется множество эндемичных видов вагинальной микробиоты, включая L. gasseri/johnsonii и L. vaginalis [189]. Причина, по которой эти распространенные виды вагинальных бактерий обнаруживаются в ротовой полости, неясна, но одной из возможностей является перенос в микробиоту полости рта половым путем. В недавних сообщениях задокументированы изменения в разнообразии микробиоты полости рта у лиц, инфицированных ВПЧ [191], а также изменения в общем микробном сообществе и обилии бактерий среди ВПЧ-положительных пациентов с OPC [192, 193]. Имеются также сообщения об участии Candida albicans в канцерогенезе [194]. Эти наблюдения позволяют предположить, что патологическое прогрессирование, вызванное инфекцией ВПЧ, может быть связано с локальной средой, вызванной функциональными различиями в микробиоте. Необходимо будет выяснить молекулярную основу, лежащую в основе патологического прогрессирования, вызванного этими изменениями в микробиоте.

8. Влияние вирома на инфекционные заболевания

У людей огромный микробиом, даже когда они здоровы, и в их кишечнике есть не только бактерии, но и вирусы (ДНК- и РНК-вирусы), которые инфицируют прокариотические клетки и эукариотические организмы [28, 195]. Хотя функция вирусов в кишечном тракте не исследована, считается, что бактериофаги (которые составляют большинство энтеровирусов), инфицирующие кишечные бактерии, участвуют в регуляции кишечной микробиоты. Это свидетельствует о том, что бактериофаги играют важную роль в кишечном гомеостазе, в том числе в кишечном иммунитете хозяина. Таким образом, понимание роли этого фага даст полезную информацию о роли кишечных микроорганизмов в инфекционных заболеваниях. Хотя было несколько сообщений об исследованиях фагов при вирусных инфекциях, причинно-следственная связь между исследованиями фагов и прогрессированием инфекционных заболеваний оставалась неясной [196].

Поскольку ВИЧ вызывает иммунодефицит, уже давно сообщалось об увеличении числа условно-патогенных микроорганизмов, что позволяет предположить наличие патогенных вирусов в качестве причины его патологического прогрессирования. В отчете за 2016 год, показывающем связь с патогенезом, сообщалось о снижении количества CD4+ Т-клеток в периферической крови в сочетании с повышенным содержанием кишечного аденовируса (секвенирование) и энтеробактерий, что способствует развитию кишечных заболеваний, связанных со СПИДом, и прогрессированию заболевания [143]. Это также было подтверждено на мышиной модели SIV, где сообщалось, что вакцинация против SIV ингибирует рост кишечных вирусов. Это говорит о том, что ослабление кишечного иммунитета привело к потере контроля над патогенами, что, в свою очередь, привело к распространению кишечных вирусов [197]. Это можно рассматривать как показатель прогрессирования заболевания из-за ослабленного иммунитета. Между тем, сообщалось об изменениях в нескольких бактериофагах у пациентов с ВИЧ и пациентов с COVID-19 [198-205]. Таким образом, выяснение функции вирома при вирусной инфекции приведет к пониманию патофизиологии инфекционных заболеваний, хотя в настоящее время неясно, как это изменение вовлечено в патогенез прогрессирования заболевания.

До разработки передовых технологий секвенирования было трудно получить всестороннее представление об инфекционных заболеваниях в медицинских исследованиях, исследуя весь кишечный микробиом. Есть надежда, что будущие исследования, посвященные влиянию межцарственных микробных взаимодействий на патогенез, приведут к прогрессу в исследованиях инфекционных заболеваний.

9. Подходы к изучению кишечной микробиоты при инфекционных заболеваниях

Недавние достижения в области аналитических методов улучшили наши знания о взаимосвязи между комменсальными бактериями и кишечным иммунитетом. Вмешательства по контролю микробиоты с помощью пробиотиков [206] и трансплантация фекальной микробиоты (FMT) могут быть эффективными при инфекционных заболеваниях [207,208], но поступали сообщения о побочных явлениях, и может потребоваться осторожность [209], кроме того, необходимо также учитывать различия в местной микробиоте между национальностями. Поскольку интервенционные исследования на людях ограничены, исследования in vitro и на животных моделях могут быть полезны для исследований и разработок [69, 210-212]. Исследование ВИЧ включает в себя модель ВИЧ-инфекции с использованием макак, которая потенциально может эффективно оценивать изменения в микробиоте при прогрессировании заболевания и роль контроля кишечной микробиоты в эффективности терапии [213]. Анализы на мышиных моделях также являются многообещающими, и был проведен ряд исследований инфекционных заболеваний. Следует, однако, отметить, что использование мышей в более естественной среде может дать результаты, более похожие на физиологию человека, в отличие от некоторых мышей, выведенных в лаборатории [15,214,215]. Большая часть исследований микробно–вирусных взаимодействий остается корреляционной. Причинно-следственные связи остаются неясными, поскольку вирусные инфекции могут влиять на микробиоту. Следовательно, модели на животных и экспериментальные системы in vitro также могут быть полезными инструментами для понимания этих причинно-следственных связей и лежащих в их основе молекулярных механизмов, которые были подробно рассмотрены в других местах [216,217]. Кроме того, необходимо выяснить молекулярный механизм иммунной активации вторичных метаболитов, продуцируемых бактериями, и прояснить роль таких молекул, как внеклеточные везикулы [218], функции которых недавно были объяснены как средства коммуникации между бактериями и между бактериями и клетками-хозяевами, при инфекционных заболеваниях.

10. Выводы и перспективы на будущее

В этом обзоре мы описали вирусные инфекции, основанные на трех очагах: вирусная инфекция, ткани-мишени и окружающая среда, включая местную микробиоту тканей-мишеней. Вирусные инфекции можно разделить на преходящие инфекции, такие как инфекции верхних дыхательных путей и гастроэнтерит, и хронические персистирующие инфекции, такие как гепатит, ВПЧ и ВИЧ-инфекции. Транзиторные инфекции вызывают нарушения микробиоты как часть иммунного ответа; однако в легких случаях баланс микробиоты со временем восстанавливается. Однако, если некоторые микроорганизмы микробиоты нарушают баланс, то может быть спровоцировано системное воспаление. Необходимо выявить бактерии, участвующие в этом. Основываясь на сообщениях об инфекциях, таких как COVID-19, нормальный профиль микробиоты до заражения может оказать значительное влияние на его прогноз. Вероятно, это справедливо для всех вирусных инфекций, поскольку было высказано предположение, что бактериальный профиль, присущий влагалищу, также участвует в патогенезе и развитии ВПЧ-инфекции. Кроме того, постоянные инфекции могут привести к хроническому воспалению и длительному дисбактериозу. Истощение тканей и хронические воспалительные состояния постепенно способствуют прогрессированию патологического процесса, и это происходит относительно медленно. Эта временная концепция усложнила интерпретацию участия микробиоты, но необходимо уточнить детали ее участия с использованием экспериментов на животных и in vitro. Количество сообщений об участии микробиоты в вирусных инфекциях увеличивается, но из-за ограничений этого обзора, который охватывает широкий круг вирусов, содержание этой статьи ограничено кратким отчетом, включающим основные моменты.

Кроме того, фаги, инфицирующие микробиоту, могут быть использованы для новых вмешательств, которые действуют путем регулирования микробиоты. Анализ микробиоты, как правило, представляет собой наблюдательное исследование, но также важно выяснить механизмы взаимодействия вируса, хозяина и микробиоты на молекулярном уровне. Анализ роли грибов в прогрессировании заболевания также важен, и о нем следует сообщать чаще [219]. Выяснение роли симбиотических видов бактерий, их сосуществования с людьми и их взаимодействия на молекулярном и генетическом уровнях поможет расширить наши знания об инфекционных заболеваниях. Это может быть полезно при вирусных инфекциях, а также при многих других заболеваниях.

Дополнительная информация:

Литература

  1. Bron, P.A.; Kleerebezem, M.; Brummer, R.J.; Cani, P.D.; Mercenier, A.; MacDonald, T.T.; Garcia-Rodenas, C.L.; Wells, J.M. Can probiotics modulate human disease by impacting intestinal barrier function? Br. J. Nutr. 2017, 117, 93–107.
  2. Robinson, C.M.; Pfeiffer, J.K. Viruses and the Microbiota. Annu. Rev. Virol. 2014, 1, 55–69. https://doi.org/10.1146/annurev-virology-031413-085550.
  3. Kim, L.; Garg, S.; O’Halloran, A.; Whitaker, M.; Pham, H.; Anderson, E.J.; Armistead, I.; Bennett, N.M.; Billing, L.; Como-Sabetti, K.; et al. Risk Factors for Intensive Care Unit Admission and In-hospital Mortality Among Hospitalized Adults Identified through the US Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)-Associated Hospitalization Surveillance Network (COVID-NET). Clin. Infect. Dis. 2020, 72, e206–e214. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1012.
  4. Ko, J.Y.; Danielson, M.L.; Town, M.; Derado, G.; Greenlund, K.J.; Kirley, P.D.; Alden, N.B.; Yousey-Hindes, K.; Anderson, E.J.; Ryan, P.A.; et al. Risk Factors for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)–Associated Hospitalization: COVID-19–Associated Hospitalization Surveillance Network and Behavioral Risk Factor Surveillance System. Clin. Infect. Dis. 2020, 72, e695–e703. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1419.
  5. Rosenthal, N.; Cao, Z.; Gundrum, J.; Sianis, J.; Safo, S. Risk Factors Associated With In-Hospital Mortality in a US National Sample of Patients With COVID-19. JAMA Netw. Open 2020, 3, e2029058. https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2020.29058.
  6. Fan, Y.; Pedersen, O. Gut microbiota in human metabolic health and disease. Nat. Rev. Microbiol. 2021, 19, 55–71. https://doi.org/10.1038/s41579-020-0433-9.
  7. Kerry, R.G.; Patra, J.K.; Gouda, S.; Park, Y.; Shin, H.-S.; Das, G. Benefaction of probiotics for human health: A review. J. Food Drug Anal. 2018, 26, 927–939. https://doi.org/10.1016/j.jfda.2018.01.002.
  8. Mailing, L.J.; Allen, J.M.; Buford, T.W.; Fields, C.J.; Woods, J.A. Exercise and the Gut Microbiome: A Review of the Evidence, Potential Mechanisms, and Implications for Human Health. Exerc. Sport Sci. Rev. 2019, 47, 75–85. https://doi.org/10.1249/jes.0000000000000183.
  9. Methiwala, H.N.; Vaidya, B.; Addanki, V.K.; Bishnoi, M.; Sharma, S.S.; Kondepudi, K.K. Gut microbiota in mental health and depression: role of pre/pro/synbiotics in their modulation. Food Funct. 2021, 12, 4284–4314. https://doi.org/10.1039/d0fo02855j.
  10. Curtis, M.A.; Diaz, P.I.; Van Dyke, T.E. The role of the microbiota in periodontal disease. Periodontol. 2000 2020, 83, 14–25. https://doi.org/10.1111/prd.12296.
  11. Ranjha, M.M.A.N.; Shafique, B.; Batool, M.; Kowalczewski, P..; Shehzad, Q.; Usman, M.; Manzoor, M.F.; Zahra, S.M.; Yaqub, S.; Aadil, R.M. Nutritional and Health Potential of Probiotics: A Review. Appl. Sci. 2021, 11, 11204. https://doi.org/10.3390/app112311204.
  12. Hayes, C.L.; Dong, J.; Galipeau, H.J.; Jury, J.; McCarville, J.; Huang, X.; Wang, X.-Y.; Naidoo, A.; Anbazhagan, A.N.; Libertucci, J.; et al. Commensal microbiota induces colonic barrier structure and functions that contribute to homeostasis. Sci. Rep. 2018, 8, 14184. https://doi.org/10.1038/s41598-018-32366-6.
  13. Ichinohe, T.; Pang, I.K.; Kumamoto, Y.; Peaper, D.R.; Ho, J.H.; Murray, T.S.; Iwasaki, A. Microbiota regulates immune defense against respiratory tract influenza A virus infection. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 5354–5359. https://doi.org/10.1073/pnas.1019378108.
  14. KarstS.M. The influence of commensal bacteria on infection with enteric viruses. Nat. Rev. Microbiol. 2016, 14, 197–204. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2015.25.
  15. Rosshart, S.P.; Herz, J.; Vassallo, B.G.; Hunter, A.; Wall, M.K.; Badger, J.H.; McCulloch, J.A.; Anastasakis, D.G.; Sarshad, A.A.; Leonardi, I.; et al. Laboratory mice born to wild mice have natural microbiota and model human immune responses. Science 2019, 365. https://doi.org/10.1126/science.aaw4361.
  16. Suzuki, T.A.; Phifer-Rixey, M.; Mack, K.L.; Sheehan, M.J.; Lin, D.; Bi, K.; Nachman, M.W. Host genetic determinants of the gut microbiota of wild mice. Mol. Ecol. 2019, 28, 3197–3207. https://doi.org/10.1111/mec.15139.
  17. Khan, I.; Ullah, N.; Zha, L.; Bai, Y.; Khan, A.; Zhao, T.; Che, T.; Zhang, C. Alteration of Gut Microbiota in Inflammatory Bowel Disease (IBD): Cause or Consequence? IBD Treatment Targeting the Gut Microbiome. Pathogens 2019, 8, 126. https://doi.org/10.3390/pathogens8030126.
  18. Sorini, C.; Cardoso, R.F.; Gagliani, N.; Villablanca, E.J. Commensal Bacteria-Specific CD4+ T Cell Responses in Health and Disease. Front. Immunol. 2018, 9, 2667. https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.02667.
  19. Farahmand, M.; Moghoofei, M.; Dorost, A.; Shoja, Z.; Ghorbani, S.; Kiani, S.J.; Khales, P.; Esteghamati, A.; Sayyahfar, S.; Jafarzadeh, M.; et al. Global prevalence and genotype distribution of norovirus infection in children with gastroenteritis: A metaanalysis on 6 years of research from 2015 to 2020. Rev. Med Virol. 2021, 32, e2237. https://doi.org/10.1002/rmv.2237.
  20. Mosby, C.A.; Bhar, S.; Phillips, M.B.; Edelmann, M.J.; Jones, M.K. Interaction with mammalian enteric viruses alters outer mem- brane vesicle production and content by commensal bacteria. J. Extracell. Vesicles 2022, 11, e12172. https://doi.org/10.1002/jev2.12172.
  21. Jones, M.K.; Watanabe, M.; Zhu, S.; Graves, C.L.; Keyes, L.R.; Grau, K.R.; Gonzalez-Hernandez, M.B.; Iovine, N.M.; Wobus, C.E.; Vinjé, J.; et al. Enteric bacteria promote human and mouse norovirus infection of B cells. Science 2014, 346, 755–759. https://doi.org/10.1126/science.1257147.
  22. Kane, M.; Case, L.K.; Kopaskie, K.; Kozlova, A.; MacDearmid, C.; Chervonsky, A.V.; Golovkina, T.V. Successful Transmission of a Retrovirus Depends on the Commensal Microbiota. Science 2011, 334, 245–249. https://doi.org/10.1126/science.1210718.
  23. Kuss, S.K.; Best, G.T.; Etheredge, C.A.; Pruijssers, A.J.; Frierson, J.M.; Hooper, L.V.; Dermody, T.S.; Pfeiffer, J.K. Intestinal Microbiota Promote Enteric Virus Replication and Systemic Pathogenesis. Science 2011, 334, 249–252. https://doi.org/10.1126/science.1211057.
  24. Uchiyama, R.; Chassaing, B.; Zhang, B.; Gewirtz, A.T. Antibiotic Treatment Suppresses Rotavirus Infection and Enhances Specific Humoral Immunity. J. Infect. Dis. 2014, 210, 171–182. https://doi.org/10.1093/infdis/jiu037.
  25. Aguilera, E.R.; Nguyen, Y.; Sasaki, J.; Pfeiffer, J.K. Bacterial Stabilization of a Panel of Picornaviruses. mSphere 2019, 4, e00183- 19. https://doi.org/10.1128/msphere.00183-19.
  26. Robinson, C.M.; Jesudhasan, P.R.; Pfeiffer, J.K. Bacterial Lipopolysaccharide Binding Enhances Virion Stability and Promotes Environmental Fitness of an Enteric Virus. Cell Host Microbe 2014, 15, 36–46. https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.12.004.
  27. Li, N.; Ma, W.-T.; Pang, M.; Fan, Q.-L.; Hua, J.-L. The Commensal Microbiota and Viral Infection: A Comprehensive Review. Front. Immunol. 2019, 10, 1551. https://doi.org/10.3389/fimmu.2019.01551.
  28. Lv, Z.; Xiong, D.; Shi, J.; Long, M.; Chen, Z. The Interaction Between Viruses and Intestinal Microbiota: A Review. Curr. Microbiol. 2021, 78, 3597–3608. https://doi.org/10.1007/s00284-021-02623-5.
  29. Robinson, C.M. Enteric viruses exploit the microbiota to promote infection. Curr. Opin. Virol. 2019, 37, 58–62. https://doi.org/10.1016/j.coviro.2019.06.002.
  30. Shi, Z.; Zou, J.; Zhang, Z.; Zhao, X.; Noriega, J.; Zhang, B.; Zhao, C.; Ingle, H.; Bittinger, K.; Mattei, L.M.; et al. Segmented Filamentous Bacteria Prevent and Cure Rotavirus Infection. Cell 2019, 179, 644–658.e13. https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.09.028.
  31. Li, D.; Breiman, A.; Le Pendu, J.; Uyttendaele, M. Anti-viral Effect of Bifidobacterium adolescentis against Noroviruses. Front. Microbiol. 2016, 7, 864. https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00864.
  32. Rubio-Del-Campo, A.; Coll-Marqués, J.M.; Yebra, M.J.; Buesa, J.; Pérez-Martínez, G.; Monedero, V.; Rodríguez-Díaz, J. Noroviral P-Particles as an In Vitro Model to Assess the Interactions of Noroviruses with Probiotics. PLoS ONE 2014, 9, e89586. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089586.
  33. Chen, S.-Y.; Tsai, C.-N.; Lee, Y.-S.; Lin, C.-Y.; Huang, K.-Y.; Chao, H.-C.; Lai, M.-W.; Chiu, C.-H. Intestinal microbiome in children with severe and complicated acute viral gastroenteritis. Sci. Rep. 2017, 7, srep46130. https://doi.org/10.1038/srep46130.
  34. Mizutani, T.; Aboagye, S.Y.; Ishizaka, A.; Afum, T.; Mensah, G.I.; Asante-Poku, A.; Asandem, D.A.; Parbie, P.K.; Abana, C.Z.- Y.; Kushitor, D.; et al. Gut microbiota signature of pathogen-dependent dysbiosis in viral gastroenteritis. Sci. Rep. 2021, 11, 13945. https://doi.org/10.1038/s41598-021-93345-y.
  35. Stefan, K.L.; Kim, M.V.; Iwasaki, A.; Kasper, D.L. Commensal Microbiota Modulation of Natural Resistance to Virus Infection. Cell 2020, 183, 1312–1324.e10. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.10.047.
  36. Fagarasan, S.; Kawamoto, S.; Kanagawa, O.; Suzuki, K. Adaptive Immune Regulation in the Gut: T Cell–Dependent and T Cell– Independent IgA Synthesis. Annu. Rev. Immunol. 2010, 28, 243–273. https://doi.org/10.1146/annurev-immunol-030409-101314.
  37. Nelson, A.M.; Walk, S.T.; Taube, S.; Taniuchi, M.; Houpt, E.R.; Wobus, C.; Young, V.B. Disruption of the Human Gut Microbiota following Norovirus Infection. PLoS ONE 2012, 7, e48224. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0048224.
  38. Offit, P.A. Challenges to Developing a Rotavirus Vaccine. Viral Immunol. 2018, 31, 104–108. https://doi.org/10.1089/vim.2017.0121.
  39. Ahmadi, E.; Alizadeh-Navaei, R.; Rezai, M.S. Efficacy of probiotic use in acute rotavirus diarrhea in children: A systematic review and meta-analysis. Casp. J. Intern. Med. 2015, 6, 187–195.
  40. Vandenplas, Y. Probiotics and prebiotics in infectious gastroenteritis. Best Pr. Res. Clin. Gastroenterol. 2015, 30, 49–53. https://doi.org/10.1016/j.bpg.2015.12.002.
  41. Su, G.; Ko, C.W.; Bercik, P.; Falck-Ytter, Y.; Sultan, S.; Weizman, A.V.; Morgan, R.L. AGA Clinical Practice Guidelines on the Role of Probiotics in the Management of Gastrointestinal Disorders. Gastroenterology 2020, 159, 697–705. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2020.05.059.
  42. Dang, A.T.; Marsland, B.J. Microbes, metabolites, and the gut-lung axis. Mucosal Immunol. 2019, 12, 843–850.
  43. Trompette, A.; Gollwitzer, E.S.; Yadava, K.; Sichelstiel, A.K.; Sprenger, N.; Ngom-Bru, C.; Blanchard, C.; Junt, T.; Nicod, L.P.; Harris, N.L.; et al. Gut microbiota metabolism of dietary fiber influences allergic airway disease and hematopoiesis. Nat. Med. 2014, 20, 159–166. https://doi.org/10.1038/nm.3444.
  44. Gu, S.; Chen, Y.; Wu, Z.; Chen, Y.; Gao, H.; Lv, L.; Guo, F.; Zhang, X.; Luo, R.; Huang, C.; et al. Alterations of the Gut Microbiota in Patients With Coronavirus Disease 2019 or H1N1 Influenza. Clin. Infect. Dis. 2020, 71, 2669–2678. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa709.
  45. Qin, N.; Zheng, B.; Yao, J.; Guo, L.; Zuo, J.; Wu, L.; Zhou, J.; Liu, L.; Guo, J.; Ni, S.; et al. Influence of H7N9 virus infection and associated treatment on human gut microbiota. Sci. Rep. 2015, 5, 14771. https://doi.org/10.1038/srep14771.
  46. Claassen-Weitz, S.; Lim, K.Y.; Mullally, C.; Zar, H.J.; Nicol, M.P. The association between bacteria colonizing the upper respiratory tract and lower respiratory tract infection in young children: a systematic review and meta-analysis. Clin. Microbiol. Infect. 2021, 27, 1262–1270. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2021.05.034.
  47. Piters, W.A.A.D.S.; Watson, R.L.; de Koff, E.M.; Hasrat, R.; Arp, K.; Chu, M.L.J.N.; de Groot, P.C.M.; van Houten, M.A.; Sanders, E.A.M.; Bogaert, D. Early-life viral infections are associated with disadvantageous immune and microbiota profiles and recurrent respiratory infections. Nat. Microbiol. 2022, 7, 224–237. https://doi.org/10.1038/s41564-021-01043-2.
  48. Wasimuddin; Brändel, S.D.; Tschapka, M.; Page, R.; Rasche, A.; Corman, V.M.; Drosten, C.; Sommer, S. Astrovirus infections induce age-dependent dysbiosis in gut microbiomes of bats. ISME J. 2018, 12, 2883–2893. https://doi.org/10.1038/s41396-018-0239-1.
  49. Wasimuddin; Corman, V.M.; Ganzhorn, J.; Rakotondranary, J.; Ratovonamana, Y.R.; Drosten, C.; Sommer, S. Adenovirus infection is associated with altered gut microbial communities in a non-human primate. Sci. Rep. 2019, 9, 13410. https://doi.org/10.1038/s41598-019-49829-z.
  50. Chen, H.-W.; Liu, P.-F.; Liu, Y.-T.; Kuo, S.; Zhang, X.-Q.; Schooley, R.T.; Rohde, H.; Gallo, R.L.; Huang, C.-M. Nasal commensal Staphylococcus epidermidis counteracts influenza virus. Sci. Rep. 2016, 6, 27870. https://doi.org/10.1038/srep27870.
  51. Bandoro, C.; Runstadler, J.A. Bacterial Lipopolysaccharide Destabilizes Influenza Viruses. mSphere 2017, 2, e00267-17. https://doi.org/10.1128/msphere.00267-17.
  52. Wang, Z.; Chai, W.; Burwinkel, M.; Twardziok, S.; Wrede, P.; Palissa, C.; Esch, B.; Schmidt, M.F.G. Inhibitory Influence of En- terococcus faecium on the Propagation of Swine Influenza A Virus In Vitro. PLoS ONE 2013, 8, e53043. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053043.
  53. Antunes, K.H.; Fachi, J.L.; De Paula, R.; Da Silva, E.F.; Pral, L.P.; DOS Santos, A.; Dias, G.B.M.; Vargas, J.E.; Puga, R.; Mayer, F.Q.; et al. Microbiota-derived acetate protects against respiratory syncytial virus infection through a GPR43-type 1 interferon response. Nat. Commun. 2019, 10, 3273. https://doi.org/10.1038/s41467-019-11152-6.
  54. Gao, Z.; Kang, Y.; Yu, J.; Ren, L. Human Pharyngeal Microbiome May Play A Protective Role in Respiratory Tract Infections. Genom. Proteom. Bioinform. 2014, 12, 144–150. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2014.06.001.
  55. Tsang, T.K.; Lee, K.H.; Foxman, B.; Balmaseda, A.; Gresh, L.; Sanchez, N.; Ojeda, S.; Lopez, R.; Yang, Y.; Kuan, G.; et al. Association Between the Respiratory Microbiome and Susceptibility to Influenza Virus Infection. Clin. Infect. Dis. 2019, 71, 1195–1203. https://doi.org/10.1093/cid/ciz968.
  56. Kim, H.J.; Jo, A.; Jeon, Y.J.; An, S.; Lee, K.M.; Yoon, S.S.; Choi, J.Y. Nasal commensal Staphylococcus epidermidis enhances interferon-lambda-dependent immunity against influenza virus. Microbiome 2019, 7, 80.
  57. Kaul, D.; Rathnasinghe, R.; Ferres, M.; Tan, G.S.; Barrera, A.; Pickett, B.E.; Methe, B.A.; Das, S.R.; Budnik, I.; Halpin, R.A.; et al. Microbiome disturbance and resilience dynamics of the upper respiratory tract during influenza A virus infection. Nat. Commun. 2020, 11, 2537.
  58. Song, P.; Li, W.; Xie, J.; Hou, Y.; You, C. Cytokine storm induced by SARS-CoV-2. Clin. Chim. Acta 2020, 509, 280–287.
  59. Fajgenbaum, D.C.; June, C.H. Cytokine Storm. N. Engl. J. Med. 2020, 383, 2255–2273.
  60. Sun, Z.; Song, Z.-G.; Liu, C.; Tan, S.; Lin, S.; Zhu, J.; Dai, F.-H.; Gao, J.; She, J.-L.; Mei, Z.; et al. Gut microbiome alterations and gut barrier dysfunction are associated with host immune homeostasis in COVID-19 patients. BMC Med. 2022, 20, 24. https://doi.org/10.1186/s12916-021-02212-0.
  61. Hussain, I.; Cher, G.L.Y.; Abid, M.A. Role of Gut Microbiome in COVID-19: An Insight Into Pathogenesis and Therapeutic Potential. Front. Immunol. 2021, 12. https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.765965.
  62. Woodall, C.A.; McGeoch, L.J.; Hay, A.D.; Hammond, A. Respiratory tract infections and gut microbiome modifications: A systematic review. PLoS ONE 2022, 17, e0262057. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0262057.
  63. Yamamoto, S.; Saito, M.; Tamura, A.; Prawisuda, D.; Mizutani, T.; Yotsuyanagi, H. The human microbiome and COVID-19: A systematic review. PLoS ONE 2021, 16, e0253293. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0253293.
  64. Mizutani, T.; Ishizaka, A.; Koga, M.; Ikeuchi, K.; Saito, M.; Adachi, E.; Yamayoshi, S.; Iwatsuki-Horimoto, K.; Yasuhara, A.; Kiyono, H.; et al. Correlation Analysis between Gut Microbiota Alterations and the Cytokine Response in Patients with Coronavirus Disease during Hospitalization. Microbiol. Spectr. 2022. https://doi.org/10.1128/spectrum.01689-21.
  65. Newsome, R.C.; Gauthier, J.; Hernandez, M.C.; Abraham, G.E.; Robinson, T.O.; Williams, H.B.; Sloan, M.; Owings, A.; Laird, H.; Christian, T.; et al. The gut microbiome of COVID-19 recovered patients returns to uninfected status in a minority-dominated United States cohort. Gut Microbes 2021, 13, 1–15.
  66. Ren, Z.; Wang, H.; Cui, G.; Lu, H.; Wang, L.; Luo, H.; Chen, X.; Ren, H.; Sun, R.; Liu, W.; et al. Alterations in the human oral and gut microbiomes and lipidomics in COVID-19. Gut 2021, 70, 1253–1265. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2020-323826.
  67. Yeoh, Y.K.; Zuo, T.; Lui, G.C.-Y.; Zhang, F.; Liu, Q.; Li, A.Y.; Chung, A.C.; Cheung, C.P.; Tso, E.Y.; Fung, K.S.; et al. Gut micro- biota composition reflects disease severity and dysfunctional immune responses in patients with COVID-19. Gut 2021, 70, 698– 706. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2020-323020.
  68. Zuo, T.; Zhang, F.; Lui, G.C.Y.; Yeoh, Y.K.; Li, A.Y.L.; Zhan, H.; Wan, Y.; Chung, A.C.K.; Cheung, C.P.; Chen, N.; et al. Alterations in Gut Microbiota of Patients With COVID-19 During Time of Hospitalization. Gastroenterology 2020, 159, 944–955.e948. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2020.05.048.
  69. Sencio, V.; Machelart, A.; Robil, C.; Benech, N.; Hoffmann, E.; Galbert, C.; Deryuter, L.; Heumel, S.; Hantute-Ghesquier, A.; Flourens, A.; et al. Alteration of the gut microbiota following SARS-CoV-2 infection correlates with disease severity in hamsters. Gut Microbes. 2022, 14, 2018900.
  70. Iebba, V.; Zanotta, N.; Campisciano, G.; Zerbato, V.; Di Bella, S.; Cason, C.; Luzzati, R.; Confalonieri, M.; Palamara, A.T.; Comar, M.     Profiling     of     Oral     Microbiota     and     Cytokines     in     COVID-19     Patients.     Front.     Microbiol.      2021,     12. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.671813.
  71. Ma, S.; Zhang, F.; Zhou, F.; Li, H.; Ge, W.; Gan, R.; Nie, H.; Li, B.; Wang, Y.; Wu, M.; et al. Metagenomic analysis reveals oropharyngeal microbiota alterations in patients with COVID-19. Signal Transduct. Target. Ther. 2021, 6, 191. https://doi.org/10.1038/s41392-021-00614-3.
  72. Miller, E.H.; Annavajhala, M.K.; Chong, A.M.; Park, H.; Nobel, Y.R.; Soroush, A.; Blackett, J.W.; Krigel, A.; Phipps, M.M.; Freedberg, D.E.; et al. Oral Microbiome Alterations and SARS-CoV-2 Saliva Viral Load in Patients with COVID-19. Microbiol. Spectr. 2021, 9, e0005521.
  73. Shen, Z.; Xiao, Y.; Kang, L.; Ma, W.; Shi, L.; Zhang, L.; Zhou, Z.; Yang, J.; Zhong, J.; Yang, D.; et al. Corrigendum to: Genomic Diversity of Severe Acute Respiratory Syndrome–Coronavirus 2 in Patients With Coronavirus Disease 2019. Clin. Infect. Dis. 2021, 71, 713–720. https://doi.org/10.1093/cid/ciab900.
  74. Shilts, M.H.; Rosas-Salazar, C.; Strickland, B.A.; Kimura, K.S.; Asad, M.; Sehanobish, E.; Freeman, M.H.; Wessinger, B.C.; Gupta, V.; Brown, H.M.; et al. Severe COVID-19 Is Associated With an Altered Upper Respiratory Tract Microbiome. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2022, 11. https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.781968.
  75. Wu, Y.; Cheng, X.; Jiang, G.; Tang, H.; Ming, S.; Tang, L.; Lu, J.; Guo, C.; Shan, H.; Huang, X. Altered oral and gut microbiota and its association with SARS-CoV-2 viral load in COVID-19 patients during hospitalization. NPJ Biofilms Microbiomes 2021, 7, 61.
  76. Schult, D.; Reitmeier, S.; Koyumdzhieva, P.; Lahmer, T.; Middelhoff, M.; Erber, J.; Schneider, J.; Kager, J.; Frolova, M.; Horstmann, J.; et al. Gut bacterial dysbiosis and instability is associated with the onset of complications and mortality in COVID-19. Gut Microbes 2022, 14. https://doi.org/10.1080/19490976.2022.2031840.
  77. Viciani, E.; Gaibani, P.; Castagnetti, A.; Liberatore, A.; Bartoletti, M.; Viale, P.; Lazzarotto, T.; Ambretti, S.; Lewis, R.; Cricca, M. Critically ill patients with COVID-19 show lung fungal dysbiosis with reduced microbial diversity in Candida spp colonized patients. Int. J. Infect. Dis. 2022, 117, 233–240.
  78. Li, S.; Yang, S.; Zhou, Y.; Disoma, C.; Dong, Z.; Du, A.; Zhang, Y.; Chen, Y.; Huang, W.; Chen, J.; et al. Microbiome Profiling Using Shotgun Metagenomic Sequencing Identified Unique Microorganisms in COVID-19 Patients With Altered Gut Microbiota. Front. Microbiol. 2021, 12. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.712081.
  79. Xu, X.; Zhang, W.; Guo, M.; Xiao, C.; Fu, Z.; Yu, S.; Jiang, L.; Wang, S.; Ling, Y.; Liu, F.; et al. Integrated analysis of gut microbiome and host immune responses in COVID-19. Front. Med. 2022. https://doi.org/10.1007/s11684-022-0921-6.
  80. Zhang, F.; Wan, Y.; Zuo, T.; Yeoh, Y.K.; Liu, Q.; Zhang, L.; Zhan, H.; Lu, W.; Xu, W.; Lui, G.C.; et al. Prolonged Impairment of Short-Chain Fatty Acid and L-Isoleucine Biosynthesis in Gut Microbiome in Patients With COVID-19. Gastroenterology 2022, 162, 548–561.e4. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2021.10.013.
  81. Hirayama, M.; Nishiwaki, H.; Hamaguchi, T.; Ito, M.; Ueyama, J.; Maeda, T.; Kashihara, K.; Tsuboi, Y.; Ohno, K. Intestinal Collinsella may mitigate infection and exacerbation of COVID-19 by producing ursodeoxycholate. PLoS ONE 2021, 16, e0260451. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0260451.
  82. Su, Y.; Yuan, D.; Chen, D.G.; Ng, R.H.; Wang, K.; Choi, J.; Li, S.; Hong, S.; Zhang, R.; Xie, J.; et al. Multiple early factors anticipate post-acute COVID-19 sequelae. Cell 2022, 185, 881–895.e20. https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.01.014.
  83. Han, Q.; Zheng, B.; Daines, L.; Sheikh, A. Long-Term Sequelae of COVID-19: A Systematic Review and Meta-Analysis of One-Year Follow-Up Studies on Post-COVID Symptoms. Pathogens 2022, 11, 269. https://doi.org/10.3390/pathogens11020269.
  84. Chen, Y.; Gu, S.; Chen, Y.; Lu, H.; Shi, D.; Guo, J.; Wu, W.-R.; Yang, Y.; Li, Y.; Xu, K.-J.; et al. Six-month follow-up of gut microbiota richness in patients with COVID-19. Gut 2021, 71, 222–225. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2021-324090.
  85. Haran, J.P.; Bradley, E.; Zeamer, A.L.; Cincotta, L.; Salive, M.-C.; Dutta, P.; Mutaawe, S.; Anya, O.; Meza-Segura, M.; Moormann, A.M.; et al. Inflammation-type dysbiosis of the oral microbiome associates with the duration of COVID-19 symptoms and long COVID. JCI Insight 2021, 6. https://doi.org/10.1172/jci.insight.152346.
  86. Liu, Q.; Mak, J.W.Y.; Su, Q.; Yeoh, Y.K.; Lui, G.C.-Y.; Ng, S.S.S.; Zhang, F.; Li, A.Y.L.; Lu, W.; Hui, D.S.-C.; et al. Gut microbiota dynamics in a prospective cohort of patients with post-acute COVID-19 syndrome. Gut 2022, 71, 544–552. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2021-325989.
  87. Nataf, S.; Pays, L. Molecular Insights into SARS-CoV2-Induced Alterations of the Gut/Brain Axis. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 10440.
  88. Vestad, B.; Ueland, T.; Lerum, T.V.; Dahl, T.B.; Holm, K.; Barratt-Due, A.; Kåsine, T.; Dyrhol-Riise, A.M.; Stiksrud, B.; Tonby, K.; et al. Respiratory dysfunction three months after severe COVID-19 is associated with gut microbiota alterations. J. Intern. Med. 2022. https://doi.org/10.1111/joim.13458.
  89. Zhou, A.; Yuan, Y.; Yang, M.; Huang, Y.; Li, X.; Li, S.; Yang, S.; Tang, B. Crosstalk Between the Gut Microbiota and Epithelial Cells Under Physiological and Infectious Conditions. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2022, 12. https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.832672.
  90. Tripathi, A.; Debelius, J.; Brenner, D.A.; Karin, M.; Loomba, R.; Schnabl, B.; Knight, R. The gut–liver axis and the intersection with the microbiome. Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2018, 15, 397–411. https://doi.org/10.1038/s41575-018-0011-z.
  91. Wiest, R.; Albillos, A.; Trauner, M.; Bajaj, J.S.; Jalan, R. Targeting the gut-liver axis in liver disease. J. Hepatol. 2017, 67, 1084–1103.
  92. Yu, L.X.; Schwabe, R.F. The gut microbiome and liver cancer: mechanisms and clinical translation. Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2017, 14, 527–539.
  93. Grüner, N.; Mattner, J. Bile Acids and Microbiota: Multifaceted and Versatile Regulators of the Liver–Gut Axis. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 1397. https://doi.org/10.3390/ijms22031397.
  94. Ishizaka, A.; Koga, M.; Mizutani, T.; Lim, L.A.; Adachi, E.; Ikeuchi, K.; Ueda, R.; Aoyagi, H.; Tanaka, S.; Kiyono, H.; et al. Prolonged Gut Dysbiosis and Fecal Excretion of Hepatitis A Virus in Patients Infected with Human Immunodeficiency Virus. Vi- ruses 2021, 13, 2101. https://doi.org/10.3390/v13102101.
  95. Wu, J.; Bortolanza, M.; Zhai, G.; Shang, A.; Ling, Z.; Jiang, B.; Shen, X.; Yao, Y.; Yu, J.; Li, L.; et al. Gut microbiota dysbiosis associated with plasma levels of Interferon-gamma and viral load in patients with acute hepatitis E infection. J. Med. Virol. 2022, 94, 692–702.
  96. Wu, J.; Huang, F.; Ling, Z.; Liu, S.; Liu, J.; Fan, J.; Yu, J.; Wang, W.; Jin, X.; Meng, Y.; et al. Altered faecal microbiota on the expression of Th cells responses in the exacerbation of patients with hepatitis E infection. J. Viral Hepat. 2020, 27, 1243–1252. https://doi.org/10.1111/jvh.13344.
  97. Yang, R.; Xu, Y.; Dai, Z.; Lin, X.; Wang, H. The Immunologic Role of Gut Microbiota in Patients with Chronic HBV Infection. J. Immunol. Res. 2018, 2018, 2361963. https://doi.org/10.1155/2018/2361963.
  98. Mazagova, M.; Wang, L.; Anfora, A.T.; Wissmueller, M.; Lesley, S.A.; Miyamoto, Y.; Eckmann, L.; Dhungana, S.; Pathmasiri, W.; Sumner, S.; et al. Commensal microbiota is hepatoprotective and prevents liver fibrosis in mice. FASEB J. 2014, 29, 1043–1055. https://doi.org/10.1096/fj.14-259515.
  99. Zhu, Q.; Xia, P.; Zhou, X.; Li, X.; Guo, W.; Zhu, B.; Zheng, X.; Wang, B.; Yang, D.; Wang, J. Hepatitis B Virus Infection Alters Gut Microbiota Composition in Mice. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2019, 9, 377. https://doi.org/10.3389/fcimb.2019.00377.
  100. Li, X.; Wu, S.; Du, Y.; Yang, L.; Li, Y.; Hong, B. Entecavir therapy reverses gut microbiota dysbiosis induced by hepatitis B virus infection in a mouse model. Int. J. Antimicrob. Agents 2020, 56, 106000. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.106000.
  101. Wang, J.; Wang, Y.; Zhang, X.; Liu, J.; Zhang, Q.; Zhao, Y.; Peng, J.; Feng, Q.; Dai, J.; Sun, S.; et al. Gut Microbial Dysbiosis Is Associated with Altered Hepatic Functions and Serum Metabolites in Chronic Hepatitis B Patients. Front. Microbiol. 2017, 8, 2222. https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.02222.
  102. Wang, X.; Chen, L.; Wang, H.; Cai, W.; Xie, Q. Modulation of bile acid profile by gut microbiota in chronic hepatitis B. J. Cell. Mol. Med. 2020, 24, 2573–2581. https://doi.org/10.1111/jcmm.14951.
  103. Komiyama, S.; Yamada, T.; Takemura, N.; Kokudo, N.; Hase, K.; Kawamura, Y.I. Profiling of tumour-associated microbiota in human hepatocellular carcinoma. Sci. Rep. 2021, 11, 10589. https://doi.org/10.1038/s41598-021-89963-1.
  104. Chen, Z.; Xie, Y.; Zhou, F.; Zhang, B.; Wu, J.; Yang, L.; Xu, S.; Stedtfeld, R.; Chen, Q.; Liu, J.; et al. Featured Gut Microbiomes Associated With the Progression of Chronic Hepatitis B Disease. Front. Microbiol. 2020, 11, 383. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.00383.
  105. Liu, Q.; Li, F.; Zhuang, Y.; Xu, J.; Wang, J.; Mao, X.; Zhang, Y.; Liu, X. Alteration in gut microbiota associated with hepatitis B and non-hepatitis virus related hepatocellular carcinoma. Gut Pathog. 2019, 11, 1–13. https://doi.org/10.1186/s13099-018-0281-6.
  106. Ren, Z.; Li, A.; Jiang, J.; Zhou, L.; Yu, Z.; Lu, H.; Xie, H.; Chen, X.; Shao, L.; Zhang, R.; et al. Gut microbiome analysis as a tool towards targeted non-invasive biomarkers for early hepatocellular carcinoma. Gut 2018, 68, 1014–1023. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2017-315084.
  107. Zeng, Y.; Chen, S.; Fu, Y.; Wu, W.; Chen, T.; Chen, J.; Yang, B.; Ou, Q. Gut microbiota dysbiosis in patients with hepatitis B virus-induced chronic liver disease covering chronic hepatitis, liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. J. Viral Hepat. 2020, 27, 143–155.
  108. Lu, H.; Wu, Z.; Xu, W.; Yang, J.; Chen, Y.; Li, L. Intestinal Microbiota Was Assessed in Cirrhotic Patients with Hepatitis B Virus Infection. Microb. Ecol. 2011, 61, 693–703. https://doi.org/10.1007/s00248-010-9801-8.
  109. Joo, E.-J.; Cheong, H.S.; Kwon, M.-J.; Sohn, W.; Kim, H.-N.; Cho, Y.K. Relationship between gut microbiome diversity and hepatitis B viral load in patients with chronic hepatitis B. Gut Pathog. 2021, 13, 65. https://doi.org/10.1186/s13099-021-00461-1.
  110. Lee, M.-H.; Yang, H.-I.; Yuan, Y.; L'Italien, G.; Chen, C.-J. Epidemiology and natural history of hepatitis C virus infection. World J. Gastroenterol. 2014, 20, 9270–9280. https://doi.org/10.3748/wjg.v20.i28.9270.
  111. Aly, A.M.; Adel, A.; El-Gendy, A.O.; Essam, T.M.; Aziz, R.K. Gut microbiome alterations in patients with stage 4 hepatitis C. Gut Pathog. 2016, 8, 42. https://doi.org/10.1186/s13099-016-0124-2.
  112. Heidrich, B.; Vital, M.; Plumeier, I.; Döscher, N.; Kahl, S.; Kirschner, J.; Ziegert, S.; Solbach, P.; Lenzen, H.; Potthoff, A.; et al. Intestinal microbiota in patients with chronic hepatitis C with and without cirrhosis compared with healthy controls. Liver Int. 2017, 38, 50–58. https://doi.org/10.1111/liv.13485.
  113. Inoue, T.; Nakayama, J.; Moriya, K.; Kawaratani, H.; Momoda, R.; Ito, K.; Iio, E.; Nojiri, S.; Fujiwara, K.; Yoneda, M.; et al. Gut Dysbiosis Associated With Hepatitis C Virus Infection. Clin. Infect. Dis. 2018, 67, 869–877. https://doi.org/10.1093/cid/ciy205.
  114. Qin, N.; Yang, F.; Li, A.; Prifti, E.; Chen, Y.; Shao, L.; Guo, J.; Le Chatelier, E.; Yao, J.; Wu, L.; et al. Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis. Nature 2014, 513, 59–64. https://doi.org/10.1038/nature13568.
  115. Heidrich, B.; Steinmann, E.; Plumeier, I.; Kirschner, J.; Sollik, L.; Ziegert, S.; Engelmann, M.; Lehmann, P.; Manns, M.P.; Pieper, D.H.; et al. Frequent detection of HCV RNA and HCVcoreAg in stool of patients with chronic hepatitis C. J. Clin. Virol. 2016, 80, 1–7. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2016.04.006.
  116. Virseda-Berdices, A.; Brochado-Kith, O.; Díez, C.; Hontañon, V.; Berenguer, J.; González-García, J.; Rojo, D.; Fernández-Rodríguez, A.; Ibañez-Samaniego, L.; Llop-Herrera, E.; et al. Blood microbiome is associated with changes in portal hypertension after successful direct-acting antiviral therapy in patients with HCV-related cirrhosis. J. Antimicrob. Chemother. 2021, 77, 719–726. https://doi.org/10.1093/jac/dkab444.
  117. Chuaypen, N.; Jinato, T.; Avihingsanon, A.; Chirapongsathorn, S.; Cheevadhanarak, S.; Nookaew, I.; Tanaka, Y.; Tangkijvanich, P. Improvement of Gut Diversity and Composition After Direct-Acting Antivirals in Hepatitis C Virus–Infected Patients With or Without Human Immunodeficiency Virus Coinfection. J. Infect. Dis. 2021, 224, 1410–1421. https://doi.org/10.1093/infdis/jiab094.
  118. Gamal-AbdelNaser, A.; Mohammed, W.S.; ElHefnawi, M.; AbdAllah, M.; Elsharkawy, A.; Zahran, F.M. The oral microbiome of treated and untreated chronic HCV infection: A preliminary study. Oral Dis. 2021. https://doi.org/10.1111/odi.14007.
  119. Honda, T.; Ishigami, M.; Yamamoto, K.; Takeyama, T.; Ito, T.; Ishizu, Y.; Kuzuya, T.; Nakamura, M.; Kawashima, H.; Miyahara, R.; et al. Changes in the gut microbiota after hepatitis C virus eradication. Sci. Rep. 2021, 11, 23568. https://doi.org/10.1038/s41598-021-03009-0.
  120. Pérez-Matute, P.; Íñiguez, M.; Villanueva-Millán, M.J.; Recio-Fernández, E.; Vázquez, A.M.; Sánchez, S.C.; Morano, L.E.; Oteo, J.A. Short-term effects of direct-acting antiviral agents on inflammation and gut microbiota in hepatitis C-infected patients. Eur. J. Intern. Med. 2019, 67, 47–58. https://doi.org/10.1016/j.ejim.2019.06.005.
  121. Ponziani, F.R.; Putignani, L.; Sterbini, F.P.; Petito, V.; Picca, A.; Del Chierico, F.; Reddel, S.; Calvani, R.; Marzetti, E.; Sanguinetti, M.; et al. Influence of hepatitis C virus eradication with direct-acting antivirals on the gut microbiota in patients with cirrhosis. Aliment. Pharmacol. Ther. 2018, 48, 1301–1311. https://doi.org/10.1111/apt.15004.
  122. Wellhöner, F.; Döscher, N.; Woelfl, F.; Vital, M.; Plumeier, I.; Kahl, S.; Potthoff, A.; Manns, M.P.; Pieper, D.H.; Cornberg, M.; et al. Eradication of Chronic HCV Infection: Improvement of Dysbiosis Only in Patients Without Liver Cirrhosis. Hepatology 2021, 74, 72–82. https://doi.org/10.1002/hep.31700.
  123. Yilmaz, B.; Ruckstuhl, L.; Müllhaupt, B.; Magenta, L.; Kuster, M.H.; Clerc, O.; Torgler, R.; Semmo, N. Pilot Sub-Study of the Effect of Hepatitis C Cure by Glecaprevir/Pibrentasvir on the Gut Microbiome of Patients with Chronic Hepatitis C Genotypes 1 to 6 in the Mythen Study. Pharmaceuticals 2021, 14, 931. https://doi.org/10.3390/ph14090931.
  124. Deeks, S.G.; Lewin, S.R.; Havlir, D.V. The end of AIDS: HIV infection as a chronic disease. Lancet 2013, 382, 1525–1533. https://doi.org/10.1016/s0140-6736(13)61809-7.
  125. Lv, T.; Cao, W.; Li, T. HIV-Related Immune Activation and Inflammation: Current Understanding and Strategies. J. Immunol. Res. 2021, 2021, 7316456. https://doi.org/10.1155/2021/7316456.
  126. Li, S.X.; Sen, S.; Schneider, J.M.; Xiong, K.-N.; Nusbacher, N.M.; Moreno-Huizar, N.; Shaffer, M.; Armstrong, A.J.S.; Severs, E.; Kuhn, K.; et al. Gut microbiota from high-risk men who have sex with men drive immune activation in gnotobiotic mice and in vitro HIV infection. PLOS Pathog. 2019, 15, e1007611. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007611.
  127. Sui, Y.; Dzutsev, A.; Venzon, D.; Frey, B.; Thovarai, V.; Trinchieri, G.; Berzofsky, J.A. Influence of gut microbiome on mucosal immune activation and SHIV viral transmission in naive macaques.. Mucosal Immunol. 2018, 11, 1219–1229. https://doi.org/10.1038/s41385-018-0029-0.
  128. Noguera-Julian, M.; Rocafort, M.; Guillén, Y.; Rivera, J.; Casadellà, M.; Nowak, P.; Hildebrand, F.; Zeller, G.; Parera, M.; Bellido, R.; et al. Gut Microbiota Linked to Sexual Preference and HIV Infection. EBioMedicine 2016, 5, 135–146. https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2016.01.032.
  129. Armstrong, A.J.S.; Shaffer, M.; Nusbacher, N.M.; Griesmer, C.; Fiorillo, S.; Schneider, J.M.; Preston Neff, C.; Li, S.X.; Fontenot, A.P.; Campbell, T.; et al. An exploration of Prevotella-rich microbiomes in HIV and men who have sex with men. Microbiome 2018, 6, 198.
  130. Kelley, C.F.; Kraft, C.S.; De Man, T.J.; Duphare, C.; Lee, H.-W.; Yang, J.; Easley, K.; Tharp, G.K.; Mulligan, M.J.; Sullivan, P.S.; et al. The rectal mucosa and condomless receptive anal intercourse in HIV-negative MSM: implications for HIV transmission and prevention. Mucosal Immunol. 2016, 10, 996–1007. https://doi.org/10.1038/mi.2016.97.
  131. Vujkovic-Cvijin, I.; Sortino, O.; Verheij, E.; Sklar, J.; Wit, F.W.; Kootstra, N.A.; Sellers, B.; Brenchley, J.M.; Ananworanich, J.; van der Loeff, M.S.; et al. HIV-associated gut dysbiosis is independent of sexual practice and correlates with noncommunicable diseases. Nat. Commun. 2020, 11, 2448. https://doi.org/10.1038/s41467-020-16222-8.
  132. Dillon, S.; Lee, E.J.; Kotter, C.V.; Austin, G.; Dong, Z.; Hecht, D.K.; Gianella, S.; Siewe, B.; Smith, D.; Landay, A.L.; et al. An altered intestinal mucosal microbiome in HIV-1 infection is associated with mucosal and systemic immune activation and endotoxemia. Mucosal Immunol. 2014, 7, 983–994. https://doi.org/10.1038/mi.2013.116.
  133. Dinh, D.M.; Volpe, G.E.; Duffalo, C.; Bhalchandra, S.; Tai, A.K.; Kane, A.V.; Wanke, C.A.; Ward, H.D. Intestinal Microbiota, Microbial Translocation, and Systemic Inflammation in Chronic HIV Infection. J. Infect. Dis. 2014, 211, 19–27. https://doi.org/10.1093/infdis/jiu409.
  134. Dubourg, G.; Lagier, J.-C.; Hue, S.; Surenaud, M.; Bachar, D.; Robert, C.; Michelle, C.; Ravaux, I.; Mokhtari, S.; Million, M.; et al. Gut microbiota associated with HIV infection is significantly enriched in bacteria tolerant to oxygen. BMJ Open Gastroenterol. 2016, 3, e000080. https://doi.org/10.1136/bmjgast-2016-000080.
  135. Ling, Z.; Jin, C.; Xie, T.; Cheng, Y.; Li, L.; Wu, N. Alterations in the Fecal Microbiota of Patients with HIV-1 Infection: An Observational Study in A Chinese Population. Sci. Rep. 2016, 6, 30673. https://doi.org/10.1038/srep30673.
  136. Lozupone, C.A.; Li, M.; Campbell, T.B.; Flores, S.C.; Linderman, D.; Gebert, M.J.; Knight, R.; Fontenot, A.P.; Palmer, B.E. Alterations in the Gut Microbiota Associated with HIV-1 Infection. Cell Host Microbe 2013, 14, 329–339. https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.08.006.
  137. McHardy, I.H.; Li, X.; Tong, M.; Ruegger, P.; Jacobs, J.; Borneman, J.; Anton, P.; Braun, J. HIV Infection is associated with compositional and functional shifts in the rectal mucosal microbiota. Microbiome 2013, 1, 26–26. https://doi.org/10.1186/2049-2618-1-26.
  138. Mutlu, E.A.; Keshavarzian, A.; Losurdo, J.; Swanson, G.; Siewe, B.; Forsyth, C.; French, A.; DeMarais, P.; Sun, Y.; Koenig, L.; et al. A Compositional Look at the Human Gastrointestinal Microbiome and Immune Activation Parameters in HIV Infected Sub- jects. PLOS Pathog. 2014, 10, e1003829. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003829.
  139. Sun, Y.; Ma, Y.; Lin, P.; Tang, Y.W.; Yang, L.; Shen, Y.; Zhang, R.; Liu, L.; Cheng, J.; Shao, J.; et al. Fecal bacterial microbiome diversity in chronic HIV-infected patients in China. Emerg. Microbes Infect. 2016, 5, e31.
  140. Vujkovic-Cvijin, I.; Dunham, R.M.; Iwai, S.; Maher, M.C.; Albright, R.G.; Broadhurst, M.J.; Hernandez, R.D.; Lederman, M.M.; Huang, Y.; Somsouk, M.; et al. Dysbiosis of the Gut Microbiota Is Associated with HIV Disease Progression and Tryptophan Catabolism. Sci. Transl. Med. 2013, 5, 193ra91–193ra91. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3006438.
  141. Yang, L.; Poles, M.A.; Fisch, G.S.; Ma, Y.; Nossa, C.; Phelan, J.A.; Pei, Z. HIV-induced immunosuppression is associated with colonization of the proximal gut by environmental bacteria. AIDS 2016, 30, 19–29. https://doi.org/10.1097/qad.0000000000000935.
  142. Yu, G.; Fadrosh, D.; Ma, B.; Ravel, J.; Goedert, J.J. Anal microbiota profiles in HIV-positive and HIV-negative MSM. AIDS 2014, 28, 753–760. https://doi.org/10.1097/qad.0000000000000154.
  143. Monaco, C.L.; Gootenberg, D.B.; Zhao, G.; Handley, S.A.; Ghebremichael, M.S.; Lim, E.S.; Lankowski, A.; Baldridge, M.T.; Wilen, C.B.; Flagg, M.; et al. Altered Virome and Bacterial Microbiome in Human Immunodeficiency Virus-Associated Acquired Immunodeficiency Syndrome. Cell Host Microbe 2016, 19, 311–322. https://doi.org/10.1016/j.chom.2016.02.011.
  144. Parbie, P.K.; Mizutani, T.; Ishizaka, A.; Kawana-Tachikawa, A.; Runtuwene, L.R.; Seki, S.; Abana, C.Z.-Y.; Kushitor, D.; Bonney, E.Y.; Ofori, S.B.; et al. Dysbiotic Fecal Microbiome in HIV-1 Infected Individuals in Ghana. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2021, 11. https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.646467.
  145. Zhou, J.; Zhang, Y.; Cui, P.; Luo, L.; Chen, H.; Liang, B.; Jiang, J.; Ning, C.; Tian, L.; Zhong, X.; et al. Gut Microbiome Changes Associated With HIV Infection and Sexual Orientation. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2020, 10. https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.00434.
  146. Ishizaka, A.; Koga, M.; Mizutani, T.; Parbie, P.K.; Prawisuda, D.; Yusa, N.; Sedohara, A.; Kikuchi, T.; Ikeuchi, K.; Adachi, E.; et al. Unique Gut Microbiome in HIV Patients on Antiretroviral Therapy (ART) Suggests Association with Chronic Inflammation. Microbiol. Spectr. 2021, 9. https://doi.org/10.1128/spectrum.00708-21.
  147. Ji, Y.; Zhang, F.; Zhang, R.; Shen, Y.; Liu, L.; Wang, J.; Yang, J.; Tang, Q.; Xun, J.; Qi, T.; et al. Changes in intestinal microbiota in HIV-1-infected subjects following cART initiation: influence of CD4+ T cell count. Emerg. Microbes Infect. 2018, 7, e0070821. https://doi.org/10.1038/s41426-018-0117-y.
  148. Figliuolo, V.R.; dos Santos, L.M.; Abalo, A.; Nanini, H.F.; Santos, A.; Brittes, N.M.; Bernardazzi, C.; de Souza, H.; Vieira, L.; Coutinho-Silva, R.; et al. Sulfate-reducing bacteria stimulate gut immune responses and contribute to inflammation in experi- mental colitis. Life Sci. 2017, 189, 29–38. https://doi.org/10.1016/j.lfs.2017.09.014.
  149. Loubinoux, J.; Bronowicki, J.P.; Pereira, I.A.; Mougenel, J.L.; Faou, A.E. Sulfate-reducing bacteria in human feces and their association with inflammatory bowel diseases. FEMS Microbiol. Ecol. 2002, 40, 107–112.
  150. Peng, L.; Li, Z.-R.; Green, R.S.; Holzman, I.R.; Lin, J. Butyrate Enhances the Intestinal Barrier by Facilitating Tight Junction Assembly via Activation of AMP-Activated Protein Kinase in Caco-2 Cell Monolayers. J. Nutr. 2009, 139, 1619–1625. https://doi.org/10.3945/jn.109.104638.
  151. Brenchley, J.M.; Price, D.A.; Schacker, T.W.; Asher, T.E.; Silvestri, G.; Rao, S.; Kazzaz, Z.; Bornstein, E.; Lambotte, O.; Altmann, D.; et al. Microbial translocation is a cause of systemic immune activation in chronic HIV infection. Nat. Med. 2006, 12, 1365– 1371. https://doi.org/10.1038/nm1511.
  152. Cook, R.; Fulcher, J.A.; Tobin, N.H.; Li, F.; Lee, D.; Javanbakht, M.; Brookmeyer, R.; Shoptaw, S.; Bolan, R.; Aldrovandi, G.M.; et al. Effects of HIV viremia on the gastrointestinal microbiome of young MSM. AIDS 2019, 33, 793–804. https://doi.org/10.1097/qad.0000000000002132.
  153. Lee, S.C.; Chua, L.L.; Yap, S.H.; Khang, T.F.; Leng, C.Y.; Azwa, R.I.R.; Lewin, S.R.; Kamarulzaman, A.; Woo, Y.L.; Lim, Y.A.L.; et al. Enrichment of gut-derived Fusobacterium is associated with suboptimal immune recovery in HIV-infected individuals. Sci. Rep. 2018, 8, 14277. https://doi.org/10.1038/s41598-018-32585-x.
  154. Neff, C.P.; Krueger, O.; Xiong, K.; Arif, S.; Nusbacher, N.; Schneider, J.M.; Cunningham, A.W.; Armstrong, A.; Li, S.; McCarter, M.D.; et al. Fecal Microbiota Composition Drives Immune Activation in HIV-infected Individuals. eBioMedicine 2018, 30, 192–202. https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2018.03.024.
  155. Estes, J.D.; Harris, L.D.; Klatt, N.R.; Tabb, B.; Pittaluga, S.; Paiardini, M.; Barclay, G.R.; Smedley, J.; Pung, R.; Oliveira, K.M.; et al. Damaged Intestinal Epithelial Integrity Linked to Microbial Translocation in Pathogenic Simian Immunodeficiency Virus Infections. PLOS Pathog. 2010, 6, e1001052. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1001052.
  156. Kristoff, J.; Haret-Richter, G.; Ma, D.; Ribeiro, R.; Xu, C.; Cornell, E.; Stock, J.L.; He, T.; Mobley, A.D.; Ross, S.; et al. Early microbial translocation blockade reduces SIV-mediated inflammation and viral replication. J. Clin. Investig. 2014, 124, 2802–2806. https://doi.org/10.1172/jci75090.
  157. Ellis, R.J.; Iudicello, J.E.; Heaton, R.K.; Isnard, S.; Lin, J.; Routy, J.-P.; Gianella, S.; Hoenigl, M.; Knight, R. Markers of Gut Barrier Function and Microbial Translocation Associate with Lower Gut Microbial Diversity in People with HIV. Viruses 2021, 13, 1891. https://doi.org/10.3390/v13101891.
  158. Reid, M.; Ma, Y.; Scherzer, R.; Price, J.C.; French, A.L.; Huhn, G.D.; Plankey, M.W.; Peters, M.; Grunfeld, C.; Tien, P.C. Contri- bution of Liver Fibrosis and Microbial Translocation to Immune Activation in Persons Infected With HIV and/or Hepatitis C Virus. J. Infect. Dis. 2018, 217, 1289–1297. https://doi.org/10.1093/infdis/jix688.
  159. Perkins, M.R.; Bartha, I.; Timmer, J.K.; Liebner, J.C.; Wollinsky, D.; Günthard, H.F.; Hauser, C.; Bernasconi, E.; Hoffmann, M.; Calmy, A.; et al. The interplay between host genetic variation, viral replication and microbial translocation in untreated HIV- infected individuals. J. Infect. Dis. 2015, 212, 578–584. https://doi.org/10.7892/boris.64449.
  160. Nganou-Makamdop, K.; Talla, A.; Sharma, A.A.; Darko, S.; Ransier, A.; Laboune, F.; Chipman, J.G.; Beilman, G.J.; Hoskuldsson, T.; Fourati, S.; et al. Translocated microbiome composition determines immunological outcome in treated HIV infection. Cell 2021, 184, 3899–3914.e16. https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.05.023.
  161. Serrano-Villar, S.; Sanchez-Carrillo, S.; Talavera-Rodríguez, A.; Lelouvier, B.; Gutiérrez, C.; Vallejo, A.; Servant, F.; Bernadino, J.I.; Estrada, V.; Madrid, N.; et al. Blood Bacterial Profiles Associated With Human Immunodeficiency Virus Infection and Immune Recovery. J. Infect. Dis. 2020, 223, 471–481. https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa379.
  162. Fernandes, J.V.; TA, D.E.M.F.; JC, D.E.A.; Cobucci, R.N.; MG, D.E.C.; Andrade, V.S.; JM, D.E.A. Link between chronic inflammation and human papillomavirus-induced carcinogenesis (Review). Oncol. Lett. 2015, 9, 1015–1026.
  163. Schiffman, M.; Doorbar, J.; Wentzensen, N.; De Sanjosé, S.; Fakhry, C.; Monk, B.J.; Stanley, M.A.; Franceschi, S. Carcinogenic human papillomavirus infection. Nat. Rev. Dis. Prim. 2016, 2, 16086. https://doi.org/10.1038/nrdp.2016.86.
  164. France, M.T.; Ma, B.; Gajer, P.; Brown, S.; Humphrys, M.S.; Holm, J.B.; Waetjen, L.E.; Brotman, R.M.; Ravel, J. VALENCIA: a nearest centroid classification method for vaginal microbial communities based on composition. Microbiome 2020, 8, 166. https://doi.org/10.1186/s40168-020-00934-6.
  165. Ravel, J.; Gajer, P.; Abdo, Z.; Schneider, G.M.; Koenig, S.S.K.; McCulle, S.L.; Karlebach, S.; Gorle, R.; Russell, J.; Tacket, C.O.; et al. Vaginal microbiome of reproductive-age women. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108 (Suppl. S1), 4680–4687. https://doi.org/10.1073/pnas.1002611107.
  166. Chee, W.J.Y.; Chew, S.Y.; Than, L.T.L. Vaginal microbiota and the potential of Lactobacillus derivatives in maintaining vaginal health. Microb. Cell Factories 2020, 19, 203. https://doi.org/10.1186/s12934-020-01464-4.
  167. Donders, G.; Bosmans, E.; Dekeersmaeckerb, A.; Vereecken, A.; Van Bulck, B.; Spitz, B. Pathogenesis of abnormal vaginal bac- terial flora. Am. J. Obstet. Gynecol. 2000, 182, 872–878. https://doi.org/10.1016/s0002-9378(00)70338-3.
  168. Gosmann, C.; Anahtar, M.N.; Handley, S.A.; Farcasanu, M.; Abu-Ali, G.; Bowman, B.A.; Padavattan, N.; Desai, C.; Droit, L.; Moodley, A.; et al. Lactobacillus-Deficient Cervicovaginal Bacterial Communities Are Associated with Increased HIV Acquisition in Young South African Women. Immunity 2017, 46, 29–37. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2016.12.013.
  169. Di Paola, M.; Sani, C.; Clemente, A.M.; Iossa, A.; Perissi, E.; Castronovo, G.; Tanturli, M.; Rivero, D.; Cozzolino, F.; Cavalieri, D.; et al. Characterization of cervicovaginal microbiota in women developing persistent high-risk Human Papillomavirus infection. Sci. Rep. 2017, 7, 10200. https://doi.org/10.1038/s41598-017-09842-6.
  170. Oh, H.; Kim, B.-S.; Seo, S.-S.; Kong, J.-S.; Lee, J.-K.; Park, S.-Y.; Hong, K.-M.; Kim, H.-K.; Kim, M. The association of uterine cervical microbiota with an increased risk for cervical intraepithelial neoplasia in Korea. Clin. Microbiol. Infect. 2015, 21, 674.e1– 674.e9. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2015.02.026.
  171. Seo, S.-S.; Oh, H.Y.; Lee, J.-K.; Kong, J.-S.; Lee, D.O.; Kim, M.K. Combined effect of diet and cervical microbiome on the risk of cervical intraepithelial neoplasia. Clin. Nutr. 2016, 35, 1434–1441. https://doi.org/10.1016/j.clnu.2016.03.019.
  172. So, K.A.; Yang, E.J.; Kim, N.R.; Hong, S.R.; Lee, J.-H.; Hwang, C.-S.; Shim, S.-H.; Lee, S.J.; Kim, T.J. Changes of vaginal microbiota during cervical carcinogenesis in women with human papillomavirus infection. PLoS ONE 2020, 15, e0238705. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0238705.
  173. Zhang, C.; Liu, Y.; Gao, W.; Pan, Y.; Gao, Y.; Shen, J.; Xiong, H. The direct and indirect association of cervical microbiota with the risk of cervical intraepithelial neoplasia. Cancer Med. 2018, 7, 2172–2179. https://doi.org/10.1002/cam4.1471.
  174. Wu, S.; Ding, X.; Kong, Y.; Acharya, S.; Wu, H.; Huang, C.; Liang, Y.; Nong, X.; Chen, H. The feature of cervical microbiota associated with the progression of cervical cancer among reproductive females. Gynecol. Oncol. 2021, 163, 348–357. https://doi.org/10.1016/j.ygyno.2021.08.016.
  175. Audirac-Chalifour, A.; Torres-Poveda, K.; Bahena-Román, M.; Téllez-Sosa, J.; Martinez-Barnetche, J.; Cortina-Ceballos, B.; López-Estrada, G.; Delgado-Romero, K.; Burguete-García, A.I.; Cantú, D.; et al. Cervical Microbiome and Cytokine Profile at Various Stages of Cervical Cancer: A Pilot Study. PLoS ONE 2016, 11, e0153274–e0153274. https://doi.org/10.1371/jour- nal.pone.0153274.
  176. Klein, C.; Gonzalez, D.; Samwel, K.; Kahesa, C.; Mwaiselage, J.; Aluthge, N.; Fernando, S.; West, J.T.; Wood, C.; Angeletti, P.C. Relationship between the Cervical Microbiome, HIV Status, and Precancerous Lesions. mBio 2019, 10, e02785-18. https://doi.org/10.1128/mbio.02785-18.
  177. Mitra, A.; MacIntyre, D.A.; Lee, Y.S.; Smith, A.; Marchesi, J.R.; Lehne, B.; Bhatia, R.; Lyons, D.; Paraskevaidis, E.; Li, J.V.; et al. Cervical intraepithelial neoplasia disease progression is associated with increased vaginal microbiome diversity. Sci. Rep. 2015, 5, 16865. https://doi.org/10.1038/srep16865.
  178. Piyathilake, C.J.; Ollberding, N.J.; Kumar, R.; Macaluso, M.; Alvarez, R.D.; Morrow, C.D. Cervical Microbiota Associated with Higher Grade Cervical Intraepithelial Neoplasia in Women Infected with High-Risk Human Papillomaviruses. Cancer Prev. Res. 2016, 9, 357–366. https://doi.org/10.1158/1940-6207.capr-15-0350.
  179. Laniewski, P.; Barnes, D.; Goulder, A.; Cui, H.; Roe, D.J.; Chase, D.M.; Herbst-Kralovetz, M.M. Linking cervicovaginal immune signatures, HPV and microbiota composition in cervical carcinogenesis in non-Hispanic and Hispanic women. Sci. Rep. 2018, 8, 7593. https://doi.org/10.1038/s41598-018-25879-7.
  180. Borgdorff, H.; Gautam, R.; Armstrong, S.D.; Xia, D.; Ndayisaba, G.F.; van Teijlingen, N.H.; Geijtenbeek, T.B.; Wastling, J.M.; van de Wijgert, J.H. Cervicovaginal microbiome dysbiosis is associated with proteome changes related to alterations of the cervicovaginal mucosal barrier. Mucosal Immunol. 2016, 9, 621–633.
  181. Mitchell, C.; Marrazzo, J. Bacterial Vaginosis and the Cervicovaginal Immune Response. Am. J. Reprod. Immunol. 2014, 71, 555–563. https://doi.org/10.1111/aji.12264.
  182. Abou Chacra, L.; Fenollar, F.; Diop, K. Bacterial Vaginosis: What Do We Currently Know? Front. Cell. Infect. Microbiol. 2021, 11, 672429.
  183. Gao, W.; Weng, J.; Gao, Y.; Chen, X. Comparison of the vaginal microbiota diversity of women with and without human papillomavirus infection: a cross-sectional study. BMC Infect. Dis. 2013, 13, 271. https://doi.org/10.1186/1471-2334-13-271.
  184. Price, J.M.; Landsverk, J. Social information-processing patterns as predictors of social adaptation and behavior problems among maltreated children in foster care. Child Abus. Negl. 1998, 22, 845–858. https://doi.org/10.1016/s0145-2134(98)00072-6.
  185. Lin, W.; Zhang, Q.; Chen, Y.; Dong, B.; Xue, H.; Lei, H.; Lu, Y.; Wei, X.; Sun, P. Changes of the vaginal microbiota in HPV infection and cervical intraepithelial neoplasia: a cross-sectional analysis. Sci. Rep. 2022, 12, 2812. https://doi.org/10.1038/s41598- 022-06731-5.
  186. Wakabayashi, R.; Nakahama, Y.; Nguyen, V.; Espinoza, J.L. The Host-Microbe Interplay in Human Papillomavirus-Induced Carcinogenesis. Microorganisms 2019, 7, 199. https://doi.org/10.3390/microorganisms7070199.
  187. Madere, F.S.; Sohn, M.; Winbush, A.K.; Barr, B.; Grier, A.; Palumbo, C.; Java, J.; Meiring, T.; Williamson, A.-L.; Bekker, L.-G.; et al. Transkingdom Analysis of the Female Reproductive Tract Reveals Bacteriophages form Communities. Viruses 2022, 14, 430. https://doi.org/10.3390/v14020430.
  188. Guerrero-Preston, R.; Godoy-Vitorino, F.; Jedlicka, A.; Rodriguez-Hilario, A.; Gonzalez, H.; Bondy, J.; Lawson, F.; Folawiyo, O.; Michailidi, C.; Dziedzic, A.; et al. 16S rRNA amplicon sequencing identifies microbiota associated with oral cancer, human papilloma virus infection and surgical treatment. Oncotarget 2016, 7, 51320–51334.
  189. Guerrero-Preston, R.; White, J.R.; Godoy-Vitorino, F.; Rodriguez-Hilario, A.; Navarro, K.; Gonzalez, H.; Michailidi, C.; Jedlicka, A.; Canapp, S.; Bondy, J.; et al. High-resolution microbiome profiling uncovers Fusobacterium nucleatum, Lactobacillus gasseri/johnsonii, and Lactobacillus vaginalis associated to oral and oropharyngeal cancer in saliva from HPV positive and HPV negative patients treated with surgery and chemo-radiation. Oncotarget 2017, 8, 110931–110948.
  190. Lim, Y.; Fukuma, N.; Totsika, M.; Kenny, L.; Morrison, M.; Punyadeera, C. The Performance of an Oral Microbiome Biomarker Panel in Predicting Oral Cavity and Oropharyngeal Cancers. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2018, 8, 267. https://doi.org/10.3389/fcimb.2018.00267.
  191. Zhang, Y.; D'Souza, G.; Fakhry, C.; Bigelow, E.O.; Usyk, M.; Burk, R.D.; Zhao, N. Oral HPV associated with differences in oral microbiota beta diversity and microbiota abundance. J. Infect. Dis. 2022. https://doi.org/10.1093/infdis/jiac010.
  192. Mougeot, J.-L.C.; Beckman, M.F.; Langdon, H.C.; Lalla, R.V.; Brennan, M.T.; Mougeot, F.K.B. Haemophilus pittmaniae and Leptotrichia spp. Constitute a Multi-Marker Signature in a Cohort of Human Papillomavirus-Positive Head and Neck Cancer Patients. Front. Microbiol. 2022, 12, 794546. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.794546.
  193. Zakrzewski, M.; Gannon, O.M.; Panizza, B.J.; Saunders, N.A.; Antonsson, A. Human papillomavirus infection and tumor mi- croenvironment are associated with the microbiota in patients with oropharyngeal cancers—pilot study. Head Neck 2021, 43, 3324–3330. https://doi.org/10.1002/hed.26821.
  194. Muzio, L.L.; Ballini, A.; Cantore, S.; Bottalico, L.; Charitos, I.A.; Ambrosino, M.; Nocini, R.; Malcangi, A.; Dioguardi, M.; Cazzolla, A.P.; et al. Overview of Candida albicans and Human Papillomavirus (HPV) Infection Agents and their Biomolecular Mechanisms in Promoting Oral Cancer in Pediatric Patients. Biomed Res. Int. 2021, 2021, 7312611.
  195. Liang, G.; Bushman, F.D. The human virome: assembly, composition and host interactions. Nat. Rev. Genet. 2021, 19, 514–527. https://doi.org/10.1038/s41579-021-00536-5.
  196. Bai, G.-H.; Lin, S.-C.; Hsu, Y.-H.; Chen, S.-Y. The Human Virome: Viral Metagenomics, Relations with Human Diseases, and Therapeutic Applications. Viruses 2022, 14, 278. https://doi.org/10.3390/v14020278.
  197. Handley, S.A.; Desai, C.; Zhao, G.; Droit, L.; Monaco, C.; Schroeder, A.C.; Nkolola, J.P.; Norman, M.E.; Miller, A.D.; Wang, D.; et al. SIV Infection-Mediated Changes in Gastrointestinal Bacterial Microbiome and Virome Are Associated with Immunodeficiency and Prevented by Vaccination. Cell Host Microbe 2016, 19, 323–335. https://doi.org/10.1016/j.chom.2016.02.010.
  198. Han, Y.; Jia, Z.; Shi, J.; Wang, W.; He, K. The active lung microbiota landscape of COVID-19 patients through the metatranscriptome data analysis. BioImpacts 2021, 12, 139–146. https://doi.org/10.34172/bi.2021.23378.
  199. Li, L.; Deng, X.; Da Costa, A.C.; Bruhn, R.; Deeks, S.G.; Delwart, E. Virome analysis of antiretroviral-treated HIV patients shows no correlation between T-cell activation and anelloviruses levels. J. Clin. Virol. 2015, 72, 106–113. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2015.09.004.
  200. Li, L.; Deng, X.; Linsuwanon, P.; Bangsberg, D.; Bwana, M.B.; Hunt, P.; Martin, J.N.; Deeks, S.G.; Delwart, E. AIDS Alters the Commensal Plasma Virome. J. Virol. 2013, 87, 10912–10915. https://doi.org/10.1128/jvi.01839-13.
  201. Li, Y.; Altan, E.; Pilcher, C.; Hartogensis, W.; Hecht, F.M.; Deng, X.; Delwart, E. Semen virome of men with HIV on or off antiretroviral treatment. AIDS 2020, 34, 827–832. https://doi.org/10.1097/qad.0000000000002497.
  202. Merenstein, C.; Liang, G.; Whiteside, S.A.; Cobián-Güemes, A.G.; Merlino, M.S.; Taylor, L.J.; Glascock, A.; Bittinger, K.; Tanes, C.; Graham-Wooten, J.; et al. Signatures of COVID-19 Severity and Immune Response in the Respiratory Tract Microbiome. mBio 2021, 12, e0177721. https://doi.org/10.1128/mbio.01777-21.
  203. Siqueira, J.D.; Curty, G.; Xutao, D.; Hofer, C.B.; Machado, E.S.; Seuánez, H.N.; Soares, M.A.; Delwart, E.; Soares, E.A. Composite Analysis of the Virome and Bacteriome of HIV/HPV Co-Infected Women Reveals Proxies for Immunodeficiency. Viruses 2019, 11, 422. https://doi.org/10.3390/v11050422.
  204. Soffritti, I.; D’Accolti, M.; Fabbri, C.; Passaro, A.; Manfredini, R.; Zuliani, G.; Libanore, M.; Franchi, M.; Contini, C.; Caselli, E. Oral Microbiome Dysbiosis Is Associated With Symptoms Severity and Local Immune/Inflammatory Response in COVID-19 Patients: A Cross-Sectional Study. Front. Microbiol. 2021, 12, 687513. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.687513.
  205. Zuo, T.; Liu, Q.; Zhang, F.; Yeoh, Y.K.; Wan, Y.; Zhan, H.; Lui, G.C.Y.; Chen, Z.; Li, A.Y.L.; Cheung, C.P.; et al. Temporal landscape of human gut RNA and DNA virome in SARS-CoV-2 infection and severity. Microbiome 2021, 9, 91.
  206. Harper, A.; Vijayakumar, V.; Ouwehand, A.C.; Ter Haar, J.; Obis, D.; Espadaler, J.; Binda, S.; Desiraju, S.; Day, R. Viral Infections, the Microbiome, and Probiotics. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2020, 10, 596166.
  207. Ghani, R.; Mullish, B.H.; Roberts, L.A.; Davies, F.J.; Marchesi, J.R. The potential utility of fecal (or intestinal) microbiota trans- plantation in controlling infectious diseases. Gut Microbes 2022, 14, 2038856. https://doi.org/10.1080/19490976.2022.2038856.
  208. Serrano-Villar, S.; Talavera-Rodríguez, A.; Gosalbes, M.J.; Madrid, N.; Pérez-Molina, J.A.; Elliott, R.J.; Navia, B.; Lanza, V.F.; Vallejo, A.; Osman, M.; et al. Fecal microbiota transplantation in HIV: A pilot placebo-controlled study. Nat. Commun. 2021, 12, 1139. https://doi.org/10.1038/s41467-021-21472-1.
  209. Park, S.Y.; Seo, G.S. Fecal Microbiota Transplantation: Is It Safe? Clin. Endosc. 2021, 54, 157–160.
  210. Seibert, B.; Caceres, C.J.; Cardenas-Garcia, S.; Carnaccini, S.; Geiger, G.; Rajao, D.S.; Ottesen, E.; Perez, D.R. Mild and Severe SARS-CoV-2 Infection Induces Respiratory and Intestinal Microbiome Changes in the K18-hACE2 Transgenic Mouse Model. Microbiol. Spectr. 2021, 9, e0053621.
  211. Venzon, M.; Bernard-Raichon, L.; Klein, J.; Axelrad, J.E.; Zhang, C.; Hussey, G.A.; Sullivan, A.P.; Casanovas-Massana, A.; Noval, M.G.; Valero-Jimenez, A.M.; et al. Gut microbiome dysbiosis during COVID-19 is associated with increased risk for bacteremia and microbial translocation. Res. Sq. 2022. https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-726620/v1.
  212. Zhang, Q.; Hu, J.; Feng, J.; Hu, X.-T.; Wang, T.; Gong, W.-X.; Huang, K.; Guo, Y.-X.; Zou, Z.; Lin, X.; et al. Influenza infection elicits an expansion of gut population of endogenous Bifidobacterium animalis which protects mice against infection. Genome Biol. 2020, 21, 99. https://doi.org/10.1186/s13059-020-02007-1.
  213. Hensley-McBain, T.; Zevin, A.S.; Manuzak, J.; Smith, E.; Gile, J.; Miller, C.; Agricola, B.; Katze, M.; Reeves, R.K.; Kraft, C.S.; et al. Effects of Fecal Microbial Transplantation on Microbiome and Immunity in Simian Immunodeficiency Virus-Infected Macaques. J. Virol. 2016, 90, 4981–4989. https://doi.org/10.1128/jvi.00099-16.
  214. Rosshart, S.P.; Vassallo, B.G.; Angeletti, D.; Hutchinson, D.S.; Morgan, A.P.; Takeda, K.; Hickman, H.D.; McCulloch, J.A.; Badger, J.H.; Ajami, N.J.; et al. Wild Mouse Gut Microbiota Promotes Host Fitness and Improves Disease Resistance. Cell 2017, 171, 1015–1028.e13. https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.09.016.
  215. Sbierski-Kind, J.; Kath, J.; Brachs, S.; Streitz, M.; von Herrath, M.G.; Kühl, A.A.; Schmidt-Bleek, K.; Mai, K.; Spranger, J.; Volk, H.-D. Distinct Housing Conditions Reveal a Major Impact of Adaptive Immunity on the Course of Obesity-Induced Type 2 Diabetes. Front. Immunol. 2018, 9, 1069. https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.01069.
  216. Pfeiffer, J.K. Host response: Microbiota prime antiviral response. Nat. Microbiol. 2016, 1, 15029. https://doi.org/10.1038/nmicrobiol.2015.29.
  217. Zhang, C.; Franklin, C.; Ericsson, A. Consideration of Gut Microbiome in Murine Models of Diseases. Microorganisms 2021, 9, 1062. https://doi.org/10.3390/microorganisms9051062.
  218. Palomino, R.A..; Vanpouille, C.; Costantini, P.E.; Margolis, L. Microbiota–host communications: Bacterial extracellular vesicles as a common language. PLOS Pathog. 2021, 17, e1009508. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009508.
  219. Linares-Garcia, L.; Cardenas-Barragan, M.E.; Hernandez-Ceballos, W.; Perez-Solano, C.S.; Morales-Guzman, A.S.; Miller, D.S.; Schmulson, M. Bacterial and Fungal Gut Dysbiosis and Clostridium difficile in COVID-19: A Review. J. Clin. Gastroenterol. 2022, 56, 285–298.

Будьте здоровы!

Перейти к ссылкам к основным разделам

ссылки к основным разделам


Комментарии


Комментариев пока нет

Пожалуйста, авторизуйтесь, чтобы оставить комментарий.
Забыли пароль?
Регистрация
Также Вы можете войти через:
Vkontakte
Yandex
При входе и регистрации вы принимаете пользовательское соглашение
Пожалуйста, авторизуйтесь, чтобы оставить комментарий.

Авторизация
Введите Ваш логин или e-mail:

Пароль :
запомнить

Этот сайт использует файлы cookie и метаданные. Продолжая просматривать его, вы соглашаетесь на использование нами файлов cookie и метаданных в соответствии с Политикой конфиденциальности.
Продолжить