Главная \ 3. Пробиотики \ Пробиотики при беременности и после родов \ Роль кишечных бактерий в здоровье и болезнях недоношенных новорожденных

НЭК и сепсис у недоношенных новорожденных и кишечный микробиом

Взаимосвязь между кишечным микробиомом, неонатальным сепсисом и некротическим энтероколитом у недоношенных детей

Взаимосвязь между кишечным микробиомом, неонатальным сепсисом и некротическим энтероколитом у недоношенных детей


Изучение роли кишечных бактерий в здоровье и болезнях недоношенных новорожденных

Jimmy Kok-Foo Lee, Learn-Han Lee et al.
Exploring the Role of Gut Bacteria in Health and Disease in Preterm Neonates
Int. J. Environ. Res. Public Health 2020, 17(19), 6963

СОДЕРЖАНИЕ:

Резюме

Смертность среди очень недоношенных детей с массой тела при рождении <1500 г достигает 15%. У лиц, оставшихся в живых до выписки, высока частота серьезных заболеваний, включая некротизирующий (некротический) энтероколит (НЭК), ранний неонатальный сепсис (EONS) и поздний неонатальный сепсис (LONS). Более 25% преждевременных родов связаны с микробной инвазией в амниотическую полость. Микробиом кишечника недоношенных впоследствии подвергается раннему разрушению до достижения бактериального созревания. Предполагается, что бактериальная колонизация кишечника при рождении и послеродовой дисбактериоз кишечника предшествуют развитию НЭК и LONS у очень недоношенных детей. Фактически, паттерны бактериальной колонизации у недоношенных детей сильно отличаются от доношенных из-за материнского хориоамнионита, гестационного возраста, способа родов, типа кормления, воздействия антибиотиков и фактора окружающей среды в отделении интенсивной терапии новорожденных (ОИТН). В связи с этим в данном обзоре представлен обзор кишечных бактерий мекония и стула недоношенных новорожденных. Более 50% мекония недоношенных содержат бактерии, и их доля увеличивается с увеличением срока беременности. Исследователи обнаружили, что разнообразие кишечных бактерий у недоношенных детей с риском LONS и НЭК снижается. Тем не менее, связь между дисбактериозом кишечника и НЭК неубедительна в отношении относительной численности бактерий и индексов бета-разнообразия между образцами. Большинство исследований показывают нарушение работы Proteobacteria и Firmicutes, предшествующих НЭК. Таким образом, этот обзор проливает свет на то, связаны ли кишечные бактерии при рождении отдельно или в сочетании с послеродовым дисбактериозом кишечника со смертностью и заболеваемостью LONS и НЭК у очень недоношенных детей.

Примечание редактора:

Кратко о неонатальном сепсисе с ранним началом (EONS) и поздним началом (LONS)

Начало сепсиса новорожденных может быть ранним (≤ 3 дней после рождения) или поздним (через 3 дня).

Ранний неонатальный сепсис (EONS), как правило, вызывают микроорганизмы, приобретенные во время родов. Большинство детей имеют симптомы в течение 6 ч после рождения. Большинство случаев вызвано стрептококком группы B (GBS) и грамотрицательными кишечными микроорганизмами (преимущественно Escherichia coli). Вагинальные или ректальные культуры доношенных женщин могут показать уровень колонизации GBS до 35%. По крайней мере, 35% их младенцев также становятся колонизированными. Плотность колонизации младенцев определяет риск раннего инвазивного заболевания, который в 40 раз выше при сильной колонизации. Хотя только у 1/100 колонизированных младенцев развивается инвазивное заболевание из-за GBS, > 50% из них появляются в течение первых 6 часов жизни. Нетипируемый сепсис Haemophilus influenzae также был выявлен у новорожденных, особенно у недоношенных. Другие случаи, как правило, вызываются грамотрицательными кишечными бациллами (например, видами Klebsiella) и некоторыми грамположительными организмами (Listeria monocytogenes, энтерококками [например, Enterococcus faecalis, E. faecium], стрептококками группы D [например, Streptococcus bovis], альфа-гемолитическими стрептококками и стафилококками). Также были выделены S. pneumoniae, H. influenzae типа b и, реже, Neisseria meningitidis. Бессимптомная гонорея иногда возникает во время беременности, поэтому N. gonorrhoeae также иногда может быть патогеном.

Поздний неонатальный сепсис (LONS) обычно передается из окружающей среды (например, неонатальная инфекция, приобретенная в больнице). Стафилококки составляют от 30 до 60% случаев с поздним началом и чаще всего возникают из-за внутрисосудистых устройств (особенно центральных сосудистых катетеров). E. coli также становится все более важной причиной позднего сепсиса, особенно у младенцев с очень низкой массой тела. Выделение Enterobacter cloacae или Cronobacter sakazakii (ранее Enterobacter sakazakii) из крови или спинномозговой жидкости может происходить из-за зараженного корма. Зараженное респираторное оборудование подозревается при вспышках внутрибольничной пневмонии или сепсиса, вызванных Pseudomonas aeruginosa. Хотя универсальный скрининг и антибиотикопрофилактика во время родов для стрептококков группы B значительно снизили скорость раннего начала заболевания, вызванного этим микроорганизмом, частота позднего сепсиса GBS осталась неизменной, что согласуется с гипотезой о том, что заболевание с поздним началом обычно приобретается из окружающей среды. Роль анаэробов (особенно Bacteroides fragilis) в позднем начале сепсиса остается неясной, хотя смерть связывают с бактериемией Bacteroides. Виды Candida становятся все более важными причинами позднего сепсиса, встречающегося у 12–18% младенцев с крайне низкой массой тела.

Некоторые вирусные инфекции (например, диссеминированный простой герпес, энтеровирус, аденовирус, респираторно-синцитиальный вирус) могут проявляться как в сепсисе с ранним, так и с поздним началом.

1. Введение

Недоношенность является ведущей причиной глобальной смертности детей в возрасте до 5 лет с 2015 года [1].Недоношенные дети рождаются от 22 недель до 36 недель и 6 дней гестационного возраста. На их долю приходится 11,1% от 135 миллионов живорождений в мире в 2010 г. [2]. Уход за недоношенными новорожденными является трудоемким и требует значительных затрат ресурсов отделения интенсивной терапии новорожденных (ОИТН) [3]. Очень недоношенные дети, рожденные менее 32 недель гестации, составляют 15,6% преждевременных родов и имеют высокий риск смертности и заболеваемости [4]. Сообщалось, что выживаемость до выписки составляет менее 80% для очень недоношенных детей и младенцев с очень низкой массой тела при рождении (VLBW) в Малайзии [5]. Выживаемость очень недоношенных детей с массой тела при рождении от 500 до <1000 г и от 1000 до <1500 г составила 53,4% и 89,7% соответственно. Между тем, младенцы с VLBW в Канаде достигают показателей выживаемости 85,5% и 97,5% для двух весовых категорий при рождении [6].

Выжившие дети, родившиеся с VLBW (<1500 г) и особенно с чрезвычайно низкой массой тела при рождении (ELBW) (<1000 г), подвергаются высокому риску серьезных заболеваний до выписки. Эти заболевания включают ранний и поздний неонатальный сепсис (LONS), некротизирующий энтероколит (НЭК), плохой соматический рост, а также внутрижелудочковое кровоизлияние (IVH), перивентрикулярную лейкомаляцию (PVL), ретинопатию недоношенных (ROP), открытый артериальный проток (PDA) и хронические заболевания легких.

Имеются данные о микробной внутриматочной инвазии от 25 до 40% преждевременных родов [7,8] и от 7 до 12% преждевременных родов с неповрежденными плодными оболочками [9]. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) с использованием 16S рДНК для идентификации бактерий может продемонстрировать, что распространенность микробной инвазии околоплодных вод на 30-50% выше, чем обнаруживается при обычном культуральном методе [10,11]. Амниотическая жидкость при преждевременных родах может быть заселена восходящими вагинальными микробами, даже если амниотическая оболочка не повреждена [11], а также колонизирована из микробиома плаценты, связанного с гипотетическим гематогенным распространением из микробиома полости рта матери [12,13].

Материнский хориоамнионит (бактериальная инфекция околоплодных вод) вместе с синдромом системной воспалительной реакции плода [14] связан с многочисленными заболеваниями у очень недоношенных новорожденных. Эти заболевания включают увеличение PVL / церебрального паралича [15,16], IVH [17,18,19], ROP [20], НЭК [18,21] и EONS [19,22,23]. Хориоамнионит защищает LONS [23], вероятно, за счет ускорения иммунного созревания. Хориоамнионит не связан напрямую со смертностью недоношенных детей [19,24], поскольку большая часть микробных инвазий в амниотическую полость вызывается бактериями с низкой вирулентностью [11].

После рождения ранний сбалансированный микробиом кишечника имеет решающее значение для физиологических функций и созревания иммунной системы [25]. В последнее время появилось много доказательств, указывающих на важность кишечного микробиома в обеспечении устойчивости к колонизации против патогенов или условно-патогенных кишечных патобионтов. Нарушение созревания бактериального микробиома кишечника, а именно дисбактериоз кишечника, предрасполагает новорожденных к НЭК [26] и внутрибольничной инфекции или LONS [27,28,29,30]. Плохой соматический рост у очень недоношенных детей связан с нарушением оси кишечник-мозг [31], искаженным составом микробиоты кишечника [32,33], неадекватным потреблением калорий [34] и существующими неонатальными заболеваниями. Хотя многочисленные исследования подтверждают мнение о том, что кишечные бактерии играют важную роль в патогенезе НЭК, EONS и LONS, не было ни одного конкретного вида бактерий, последовательно идентифицированного в качестве возбудителя. Тем не менее, несколько микроорганизмов были замешаны в НЭК, в основном из типа Firmicutes (коагулазонегативные стафилококки) и Proteobacteria (Cronobacter sakazakii, Klebsiella sp. и E. coli) [35,36]. В частности, повышенная численность вида Clostridium spp. и связанные с ним токсины также наблюдались в стуле новорожденных с НЭК [37,38,39]. Приобретение Streptococcus группы B (GBS) и E. coli в процессе родов было определено как основная причина EONS в течение 3 дней после родов у недоношенных детей [40]. Между тем, комменсалы кожи или кишечника, включая Staphylococcus spp., E. coli, K. pneumoniae или Candida spp. обычно вызывают LONS [41]. Таким образом, характер и масштабы бактериального разрушения кишечника являются активным предметом текущих исследований у недоношенных новорожденных с неблагоприятными исходами. Этот обзор призван предоставить ценную информацию о кишечных бактериях в меконии и кале недоношенных новорожденных, кишечных бактериях при НЭК и LONS (рис. 1).

Ассоциации между микробиомом кишечника недоношенных детей отдельно или в сочетании с постнатальным дисбактериозом кишечника и предрасположенностью к НЭК и LONS

Рисунок 1. Графическая аннотация иллюстрирует ассоциации между микробиомом кишечника недоношенных детей отдельно или в сочетании с постнатальным дисбактериозом кишечника и предрасположенностью к НЭК и LONS.

2. Кишечные бактерии у недоношенных новорожденных – обзор

В кишечнике здорового взрослого человека доминирующие типы Bacteroidetes и Firmicutes составляют> 90% микробиоты [42]. Меньшие типы - это Proteobacteria, Actinobacteria, Fusobacteria и Verrucomicrobia [43]. Более 99% здоровых кишечных микробов - анаэробы, обитающие в основном в дистальных отделах подвздошной и толстой кишки. Для сравнения, четыре основных бактериальных типа, присутствующих в кишечнике как у здоровых новорожденных, так и у недоношенных новорожденных с очень низкой массой тела, включают Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria и Bacteroidetes [44,45,46,47,48]. Однако у недоношенных новорожденных и новорожденных с очень низкой массой тела наблюдается более низкое микробное разнообразие, нарушенный микробиом кишечника и увеличивающаяся колонизация потенциально патогенных микроорганизмов, приобретенных в больнице, по сравнению с доношенными детьми соответствующего возраста [49]. Например, GBS и Escherichia coli были частой причиной тяжелого раннего сепсиса (EOS) и смерти в отделениях интенсивной терапии [50,51].

После рождения существует множество факторов, которые нарушают первоначальную колонизацию кишечными бактериями и последующее созревание кишечного микробиома недоношенных. В первую очередь, эти факторы включают гестационный возраст, способ родоразрешения (вагинальные роды или кесарево сечение), методы кормления (грудное молоко или смесь) и раннее применение антибиотиков [52,53]. Например, Arboleya, et al. [47] продемонстрировали, что у недоношенных новорожденных по сравнению с доношенными было больше Enterococcus, Enterobacter, Lactobacillus, Staphylococcus и уменьшились Bacteroides, Bifidobacterium и Atopobium. Колонизация кишечника Bifidobacterium также задерживается у недоношенных детей. Проспективное исследование показало, что гестационный возраст оказывает значительное влияние на колонизацию кишечника бифидобактериями, при этом рождение в сроке гестации <33 недель, по-видимому, ухудшает колонизацию бифидобактериями и предрасполагает недоношенных детей к кишечным инфекциям и заболеваниям [54].

2.1. Амниотическая жидкость колонизируется бактериями перед преждевременными родами

Общепринятое мнение о том, что человеческий плод стерилен, было оспорено недавними данными, свидетельствующими о присутствии микроорганизмов в нормальной здоровой плаценте, амниотической жидкости и меконии [55,56,57]. Несмотря на это, есть исследования, ставящие под сомнение существование нормального микробиома плаценты, тем самым предполагая, что обнаружение бактерий в образцах плаценты может быть связано с контаминацией, полученной во время родов, обработки образцов и анализа [58,59,60]. Тем не менее, ожидается, что пренатальный посев микробиома человека будет иметь значительные последствия для исходов беременности и, соответственно, послеродовых событий колонизации [55,61]. Предполагается, что внутриутробная колонизация может вызвать активацию иммунной системы или сенсибилизацию, что приводит к выработке иммунных медиаторов, влияя, таким образом, на иммунную систему, кишечник и мозг плода [55,61].

Напротив, наличие патогенных микроорганизмов во внутриамниотических пространствах хорошо известно как основной драйвер провоспалительного состояния, которое может привести к неблагоприятным исходам беременности, таким как преждевременные роды и самопроизвольная гибель плода [62]. Один из основных выводов ретроспективного исследования показал, что существует значительная обратная связь между количеством бактерий в околоплодных водах и сроком беременности на момент родов, что подтверждает роль внутриматочной инфекции в преждевременных родах [10,63]. Системная воспалительная реакция хозяина, вызванная, возможно, через оральное пародонтозное заболевание и прямая орально-маточная передача, были возможными механизмами, предложительно усиливающими неблагоприятные исходы беременности [62].

Преждевременные роды могут происходить с различными клиническими фенотипами, такими как преждевременные роды с неповрежденными плодными оболочками (мембранами) и преждевременный разрыв плодных оболочек (PROM). Долгое время микробная инвазия амниотической полости (MIAC) ассоциировалась с преждевременными случаями PROM. Молекулярные исследования на основе ПЦР показали, что преобладающие типы микробиома кишечника человека - Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria и Proteobacteria - присутствуют в амниотической жидкости во время преждевременных родов [10,11,64]. Хотя в разных относительных пропорциях, Fusobacteria и Tenericutes вместе составляли чуть более 50% бактерий в околоплодных водах как в клиническом сценарии преждевременных родов с неповрежденными мембранами, так и в случае преждевременного PROM [11]. Было высказано предположение, что несколько конкретных родов из типа Tenericutes (Ureaplasma и Mycoplasma) и Fusobacteria (Sneathia и Leptotrichia) также могут выступать в качестве внутриамниотических патогенов из-за их повышенной распространенности в случаях послеродовой бактериемии [65,66]. Интересно, что недавнее исследование in vivo установило причинно-следственную связь между видами уреаплазмы (Ureaplasma) и неблагоприятными исходами беременности и новорожденных, продемонстрировав, что интраамниотическая инокуляция клинически изолированных видов уреаплазмы индуцировала преждевременные роды и неонатальную смертность, вызывая тяжелую воспалительную реакцию в нескольких репродуктивных органах беременных мышей [67]. Вместе взятые, эти данные показали, что околоплодные воды беременных женщин, которые рожают преждевременно, независимо от того, с неповрежденной или разорванной мембраной, колонизируются микроорганизмами.

2.2. Бактерии, присутствующие в меконии

Как правило, образцы мекония первого прохождения собираются в качестве косвенного показателя бактериальных сообществ в кишечной среде внутриутробного плода. Считается, что меконий - уникальное вещество, состоящее из желчных кислот, секрета поджелудочной железы, эпителиальных клеток, образующихся в результате физиологического процесса внутриутробного проглатывания околоплодных вод до рождения [68]. Кроме того, сбор образцов мекония является более простым, более быстрым и неинвазивным по сравнению с процедурой амниоцентеза для получения околоплодных вод с целью исследовательских исследований. Тем не менее, анализ микробиома мекония у младенцев может иметь важное значение для лучшего понимания микробного образования в кишечнике человека, а также его потенциальной роли в здоровье и болезнях младенцев.

Среди недоношенных новорожденных кишечные бактерии, присутствующие в меконии, варьируют в зависимости от возраста беременности. Исследование 52 младенцев с гестацией от 23 до 41 недели [69] показало, что бактериальная ПЦР была положительной у 74% (из 35 младенцев) новорожденных менее 33 недель и у 53% (из 17 младенцев) более 33 недель беременности. Среднее относительное обилие и стандартное отклонение при сроке беременности менее 33 недель составили Firmicutes 44,5 ± 17,6%, Proteobacteria 35,4 ± 17,9%, Actinobacteria 7,6 ± 7,6% и Bacteroidetes 6,0 ± 8,0%.

Сходная картина типов бактерий, присутствующих в меконии, была продемонстрирована у 14 недоношенных новорожденных со сроком беременности 24–31 нед [70]. Наиболее многочисленными типами были Firmicutes 63,4% с 95% ДИ 42,2–84,6, Proteobacteria 27,7% с 95% ДИ 7,61–47,7 и Actinobacteria 3,5% с 95% ДИ 2,2–22,2. Основными видами, присутствующими в меконии, были бациллы, стафилококки, стрептококки, энтерококки и лактобациллы (все Firmicutes). Индекс разнообразия мекония Шеннона-Уивера составил 3,8, который увеличился до 4,0 для стула через 3 недели.

В исследовании с участием 23 новорожденных [71] было показано, что индекс разнообразия мекония по Симпсону в течение <30 недель составлял в среднем 6,20 (стандартное отклонение 2,62) у 5 новорожденных по сравнению с 8,56 (2,37) у 7 новорожденных в течение> 7 дней постнатального возраста. Продольное когортное исследование 12 недоношенных со сроком беременности 28,2 ± 1,5 недели и массой тела при рождении 1055 ± 234 г показало, что разнообразие Шеннона 1,4 является самым низким при рождении, и тенерикуты (Tenericutes) присутствовали в меконии [72].

В совокупности в литературе существует общее согласие о том, что бактериальный состав мекония отражает внутриутробную микробную среду. Исследования показали, что большая относительная численность родов мекония была характерна для образцов амниотической жидкости, чем из других микробных ниш, что указывает на то, что микробы из мекония младенцев не постнатального происхождения [69,71]. В целом, в меконии недоношенных детей преобладают Firmicutes и Proteobacteria, а также низкое видовое разнообразие по сравнению с доношенными детьми [70].

2.3. Созревание кишечного микробиома

Существуют две концептуальные модели развития микробиома кишечника недоношенных. Первая концепция заключается в том, что микробиом кишечника развивается по структурированной схеме, которая зависит от созревания хозяина при небольшом влиянии факторов окружающей среды [73,74]. Вторая концепция заключается в том, что внешние факторы, такие как диета [75], воздействие антибиотиков [76,77] и больничная среда [72,78], играют важную роль в сборке микробиома кишечника.

В исследовании La Rosa и др. [73], обследованные 58 недоношенных со средним сроком беременности 27,1 недели и средним весом при рождении 960 (IQR 800, 1200), включая 7 новорожденных с септицемией, показали, что классы кишечных бактерий резко менялись, но с неслучайной структурой сборки. Скачкообразное изменение в микробиоме кишечника прогрессирует из-за медленного уменьшения количества Bacilli (Firmicutes), в то время как Gammaproteobacteria (Proteobacteria) цветут и остаются обильными, а затем постепенно увеличивается количество Clostridia (Firmicutes). Доля Bacilli-Gammaproteobacteria-Clostridia в младенчестве составляла 19–54–18,5%. Клостридии были хорошо представлены в скорректированном возрасте 33–36 недель. В целом, исследование показало, что на изменения микробной популяции в основном повлияла беременность при рождении новорожденных.

Grier, et al. [74] показали аналогичную картину с 95 недоношенными детьми со сроком беременности 28,8 ± 3,4 недели и 25 доношенными детьми. Была проанализирована микробиота кишечника субъектов в постменструальном возрасте от 24 до 46 недель. Относительная численность классов составляла Bacilli (Firmicutes) 41,8%, Gammaproteobacteria (Proteobacteria) 23,0%, Clostridia (Firmicutes) 22,5%, Actinobacteria (Actinobacteria) 6,5% и Bacteroidia (Bacteroidetes) 5,1%. От 27 недель гестации до 30 недель наблюдалось закономерное прогрессирование с преобладанием Bacilli (Firmicutes), Gammaproteobacteria (Proteobacteria) и Clostridia (Firmicutes).

Исследование 32 новорожденных с очень низкой массой тела, которое включало 3 НЭК, 8 LONS и 21 здоровый контроль [76], подтвердило мнение о том, что развитие микробиома было индивидуальным и не зависело от НЭК и LONS. В большинстве случаев в стуле преобладали Enterobacteriaceae, Enterococcus, Staphylococcus и Bacteroides с уменьшением количества Bifidobacterium, что отражало использование антибиотиков. В большинстве образцов стула преобладали бактерии одного-трех родов. На каждого отдельного пациента приходилось 48% (p <0,001) дисперсии в образцах стула из перестановочного многомерного дисперсионного анализа (PERMANOVA), в то время как на способ родоразрешения приходилось 12% дисперсии (p <0,05).

2.4. Преобладающие бактерии в раннем стуле

Ранние колонизаторы - это факультативные анаэробы, которые будут заменены облигатными анаэробами Bacteroides и Clostridia через 1–2 недели жизни. Черникова и др. [77] провели лонгитюдное исследование еженедельного стула 9-ти крайне недоношенных новорожденных со сроком беременности 24–29 недель. Факультативные анаэробы Escherichia (p = 0,03) и Shigella (p = 0,027) со временем уменьшались, в то время как Streptococcus (p <0,001) и Enterococcus (p = 0,004) со временем увеличивались. Staphylococcus продемонстрировал наиболее значительное снижение с течением времени (p = 0,006), а Veillonella (p <0,001) - наиболее значимое увеличение с течением времени. Доминирующими родами были Enterobacter 19%, Bacteroides 14% и Staphylococcus 12%. В этой когорте было мало Bifidobacterium 0,01% и Escherichia 0,17%.

Ho, et al. [79] в когорте из 45 младенцев с очень низкой массой тела и сроком беременности (27,9 ± 2,2 недели и массой тела при рождении 1126 ± 208 г) продемонстрировала дихотомию кишечного микробиома. Одна группа начала с низкого уровня Gammaproteobacteria, который со временем увеличивался с одновременным уменьшением количества Firmicutes. Другая группа имела высокий уровень Gammaproteobacteria и низкий уровень Firmicutes на всем протяжении. Между тем, количество Actinobacteria и Bacteroidetes было низким в обеих группах.

2.5. Доля бактерий и бактериального разнообразия в первом месяце жизни у недоношенных детей

Drell, et al. [80] изучали 50 недоношенных со сроком беременности 24–31 нед, 2 умерли, 2 EONS, 2 LONS, 7 НЭК стадии ≥2. Стул собирали через 1 неделю, 1 месяц и 2 месяца. В кишечнике ELBW преобладали факультативные анаэробы и потенциальные патогены, такие как Staphylococcus и Enterobacteriaceae, и отсутствовали полезные Bacteroides, Bifidobacterium и Lactobacillus. Протеобактерии (Proteobacteria) имели распространенность 94% и среднюю относительную численность 0,51 (sd = 0,42). Их распространенность увеличилась с 0,28 (sd = 0,44) через 1 неделю до 0,66 (sd = 0,39) через 1 месяц (p <0,01). Фирмикуты (Firmicutes) имели распространенность 100% при средней относительной численности 0,45 (sd = 0,41). Их распространенность снизилась с 0,65 (sd = 0,45) через 1 неделю до 0,32 (sd = 0,37) через 1 месяц (p <0,01). Менее доминирующими типами были Bacteroidetes с распространенностью 13% и относительной численностью 0,02 (sd = 0,14) и Actinobacteria с распространенностью 13% и относительной численностью 0,002 (sd = 0,07). Наиболее распространенными родами через 1 неделю были Staphylococcus, Enterococcus и Klebsiella, в то время как Escherichia, Shigella, Enterobacteriaceae и Enterococcus преобладали через 1 месяц. Средний индекс разнообразия Шеннона увеличился с течением времени со среднего значения 0,38 (sd = 0,4) через 1 неделю, среднего значения 0,71 (sd = 0,54) через 1 месяц и среднего значения 0,92 (sd = 0,44) в возрасте 2 месяцев (p <0,01).

Patel, et al. [72] обследовали 12 недоношенных (28,2 ± 1,5 недели, вес при рождении 1055 ± 234 г), включая 1 НЭК, 3 LONS. Ректальный мазок, взятый при рождении и еженедельно, показал преобладание Enterobacteriaceae (Proteobacteria), Staphylococcaceae (Firmicutes) и Enterococcaceae (Firmicutes) с редкими видами лактобактерий и бифидобактерий. Enterobacteriaceae составляли 33% бактериальных семейств на 1-й неделе и увеличились до 53% на 3-5-й неделе (р = 0,021). Enterobacteriaceae составляли 60% Proteobacteria на 1-й неделе, 84% на 2-й неделе и 88% на 3-5-й неделе. Proteobacteria составляли 55% на 1-й неделе и 59% на 3-5-й неделе. Через 1, 2, 3 недели индекс разнообразия Шеннона был равен 1,4, 0,8, 0,9, а Chao1-15-18, 6-12, 7-11 соответственно. Разнообразие Шеннона было самым низким при рождении, увеличивалось на 2-й неделе и быстро снижалось на 3-5-й неделе (р < 0,01).

Таким образом, послеродовой кишечник очень недоношенных детей заселен в структурированной последовательности факультативными анаэробами, за которыми следуют облигатные анаэробы. Первоначальный класс - это бациллы, за которыми следует рост гаммапротеобактерий и, наконец, рост клостридий. Существует мало Lactobacillus, Bifidobacillus, а также типов Bacteroidetes и Actinobacteria. Окончательная картина хорошо устанавливается к скорректированному возрасту от 30 до 36 недель. На уровне типа Firmicutes доминируют через 1 неделю, а Proteobacteria - через 1 месяц. Распространенность Firmicutes через 1 неделю составляет 0,65, снижаясь до 0,32 через 1 месяц, в то время как Proteobacteria увеличивается с 0,28 до 0,66 за тот же период. Индекс разнообразия Шеннона колеблется от 0,38 до 1,4 за 1 неделю, увеличивается на 2-й неделе и достигает 0,71–0,9 за 1 месяц.

3. Факторы, влияющие на микробиом кишечника недоношенного новорожденного

Очень недоношенные новорожденные подвергаются воздействию факторов, которые изменяют первоначальную колонизацию и задерживают созревание микробиома кишечника недоношенных. Эти факторы включают бактерии, вызывающие хориоамнионит и впоследствии присутствующие в меконии, степень недоношенности, способ родов, задержку и тип кормления, воздействие материнских и послеродовых антибиотиков и длительное пребывание в палатах для новорожденных.

3.1. Материнский хориоамнионит и бактерии, полученные из первого мекония

Puri, et al. [81] изучали стул в первые 3 недели у крайне недоношенных новорожденных с хориоамнионитом - 32, с хориоамнионитом с фунизитом - 26 и 48 из контрольной группы. Хориоамнионит и хориоамнионит-фунизит имели более высокие показатели LONS или смертности (p = 0,0033). Род Sneathia и семейство Mycoplasmaceae были связаны с более высоким риском НЭК, LONS или смерти (p = 0,01, ОШ 5,5, 95% ДИ 1,3, 21,0).

Черникова и др. [82] проанализировали еженедельный стул 9 крайне недоношенных детей с гестацией 24–29 недель, массой тела при рождении 510–1295 г, включая 2 пролонгированных PPROM (pPPROM), 2 хориоамнионита. У новорожденных pPPROM было больше Staphylococcus (p = 0,013) и Streptococcus (p = 0,033), а также более быстрое увеличение Enterobacter (p = 0,009) и более медленное увеличение количества Clostridium (p = 0,02). Новорожденные с материнским хориоамнионитом показали более быстрое увеличение Serratia (p <0,001) и Parabacteroides (p = 0,004).

Для недоношенных новорожденных есть одно исследование мекония [69] и многочисленные исследования мекония и стула [47,70,72,73,74,75,77,83]. Ни одно из этих исследований не коррелирует бактерии, присутствующие в меконии, с последующим паттерном постнатального микробиома кишечника.

3.2. Срок беременности

La Rosa, et al. [73] заявили, что скорость структурированного созревания кишечного микробиома зависела от возраста гестации при рождении и постнатального возраста. В исследовании Черниковой и соавт. [77] показано, что гестационный возраст при рождении имел значительное влияние на микробиом кишечника, а индекс Симпсона составлял 0,35 для крайне недоношенных новорожденных по сравнению с 0,65 для очень недоношенных новорожденных. Gregory, et al. [75] согласны с тем, что гестационный возраст при рождении определяет траекторию развития микробиома в течение первых 3 недель жизни. Drell, et al. [80] показали положительную корреляцию между индексом Шеннона и скорректированным сроком беременности (p <0,001).

3.3. Способ родоразрешения

Нижеследующие исследования недоношенных новорожденных не показали никакой связи между способом родоразрешения и микробиомом кишечника. Stewart, et al. [84] изучали 25 самопроизвольных вагинальных родов (SVD) и 21 недоношенного ребенка после операции кесарева сечения (CS) со сроком гестации 24–31 недели в течение первых 100 дней жизни. Способ рождения не был связан с относительной численностью родов, а также с альфа- (внутри) и бета- (между) разнообразием. Grier, et al. [74] изучали 95 недоношенных детей со сроком беременности 28,8 ± 3,4 недели и 25 доношенных новорожденных (60 CS и 60 SVD). Способ родоразрешения не был существенно связан с микробиомом кишечника после контроля возраста. В исследовании Patel, et al. [72] на 12 младенцах с очень низкой массой тела (VLBW) с гестацией 28,2 ± 1,5 недели, массой тела при рождении 1055 ± 234 г, 1 НЭК, 3 LONS с 67% (8/12) CS не было обнаружено связи между способом родов и составом кишечного микробиома у младенцев VLBW, управляемых в отделении интенсивной терапии.

Несколько исследований показали, что способ родоразрешения у недоношенных новорожденных способствовал некоторым различиям в микробиоме кишечника. В исследовании Ho, et al. [79] у 45 детей с очень низкой массой тела и SVD 11/45 (24,4%) гаммапротеобактерии (Gammaproteobacteria) были положительно связаны с SVD в течение ≤2 недель жизни (F = 9,55, p = 0,002), в то время как Firmicutes были положительно связаны с CS (F = 21,49, р <0,001). Исследование Wandro, et al. [76] на недоношенных новорожденных VLBW показали, что Bacteroides не был обнаружен в 4/9 SVD и ни в одном из 22 CS. Вариация бактериального состава составила 12% от способа родоразрешения. Аналогичным образом, исследование Arboleya, et al. [83] на 27 младенцах 24–32 недели гестации, 7 SVD, 20 CS показали, что у детей с SVD было больше Bacteroides на 10 день жизни (p <0,05).

3.4. Кормление - Тип молока

Gregory, et al. [75] изучили 3 группы по 10 недоношенных <32 недель беременности в каждой группе, состоящих на кормлении с преобладанием материнского грудного молока (MBM - maternal breast milk), пастеризованного донорского человеческого молока (PDHM - pasteurised donor human milk) или детской смеси (IF – infant formula). На микробиом кишечника недоношенных детей оказывали влияние масса тела при рождении (р < 0,001), послеродовой возраст (р < 0,001) и виды вскармливания (р < 0,001). В кишечнике преобладали бациллы (Firmicutes) и лактобациллы (Firmicutes) до 28-30 - недельного возраста, особенно у детей ELBW, вскармливаемых детской смесью. У детей на грудном вскармливании (MBM) было больше Clostridia (Firmicutes) и Enterobacteriales (Proteobacteria). Последовательность у младенцев MBM была Bacillales, Lactobacillales, затем Enterobacteriales, Clostridiales и Bifidobacteriales. Дети на IF (детской формуле) имели более высокие стойкие Bacillales и Lactobacillales. В IF, Clostridiales было в 10 раз больше у младенцев VLBW по сравнению с младенцами ELBW. Разнообразие  Шеннона для MBM увеличилось с 2,2 до 2,8, а для IF с 2,1 до 2,9.

La Rosa, et al. [73] изучили 58 недоношенных с 15 сроками гестации <26 недель, 20 сроками гестации 26-28 недель, 23 сроками гестации >28 недель. Этих новорожденных кормили нулевым человеческим молоком - 2 (3,4%), <10% человеческим молоком - 16 (57,1%), 10-50% человеческим молоком - 18 (31,0%), >50% человеческим молоком - 22 (37,9%). Грудное молоко ассоциировалось с увеличением доли гаммапротеобактерий (Gammaproteobacteria), но не после 28 недель беременности.

3.5. Антибиотики / другие лекарства

Хотя внутриродовая антибиотикопрофилактика направлена на предотвращение раннего сепсиса (EOS), особенно инфекции GBS, у новорожденных, перинатальные антибиотики влияют на типы присутствующих бактерий и разнообразие микробиома кишечника недоношенных. Arboleya, et al. [83] провели ретроспективное когортное исследование с участием 27 новорожденных со сроком гестации 24–32 недели и 13 доношенными (контролем), родившимися естественным путем, находящихся исключительно на грудном вскармливании (FTVDBF). Перинатальные антибиотики, включая внутриродовую антимикробную профилактику, привели к увеличению количества Enterobacteriaceae. Между тем, значительно более высокая численность Comamonadaceae (Proteobacteria), Staphylococcaceae (Firmicutes) и Bacilli (Firmicutes) (p <0,05) наблюдалась у младенцев, не подвергавшихся воздействию антибиотиков. В другом исследовании Arboleya et al. [47] продемонстрировали, что введение антибиотиков значительно снижает уровень Bifidobacterium у недоношенных новорожденных на 10-й день жизни (p <0,05), но не уровни других протестированных группах микробов.

Аналогичный результат получен Черниковой и соавт. [77] на 17 новорожденных в отделении интенсивной терапии, получавших антибиотики, 94%, 13 недоношенных, 176 доношенных новорожденных. У недоношенных детей употребление антибиотиков было связано с более низким уровнем Bifidobacterium (p = 0,015) и Bacteroides (p = 0,041). Исследование La Rosa и др. [73] на 58 недоношенных новорожденных со средним процентом 14 (IQR 5,8,25,6) дней жизни на антибиотиках, показали, что использование антибиотиков было связано с увеличением доли Gammaproteobacteria на сроках беременности ≥26 недель и уменьшением Clostridia ≤28 недель.

Dardas, et al. [85] проанализировали мазок из прямой кишки через 10 и 30 дней у 29 новорожденных со сроком беременности 24–32 недели и продолжительностью приема антибиотиков 2 дня по сравнению с 7 днями. На микробиом кишечника новорожденных влиял постнатальный возраст и воздействие антибиотиков. Firmicutes и Bacteroidetes преобладали в 10-дневной выборке. Через 30 дней наблюдался рост протеобактерий (Proteobacteria) и актинобактерий (Actinobacteria). Для тех новорожденных, которые получали антибиотики 7-10 дней против 2 дней, наблюдалось значительное снижение индекса Шеннона с 10 дней жизни после корректировки на режим родов.

Wandro, et al. [76] изучили 32 новорожденных VLBW - 25 с антибиотиками и 6 без антибиотиков и 1 с неизвестным статусом. На микробиом кишечника недоношенных детей антибиотики влияли независимо от результатов их здоровья - 21 здоровый человек, 8 LONS и 3 НЭК. Использование антибиотиков было связано с более низким разнообразием Шеннона (р = 0,06).

3.6. Окружающая среда

Ho, et al. [79] изучали 45 детей с очень низкой массой тела при сроке беременности 27,9 ± 2,2 недели в течение одного месяца. Было выявлено два отдельных кластера, основанных на численности Gammaproteobacteria в течение первых 2 недель. Одна группа из 20 новорожденных имела уменьшение количества Firmicutes и низкий уровень Gammaproteobacterial, который со временем медленно увеличивался. Вторая группа из 25 новорожденных имела высокий уровень Gammaproteobacterial и низкий уровень Firmicutes. Во второй группе доминировал один вариант Klebsiella, что указывает на экологическое происхождение микробиома кишечника. Исследование показало, что преобладание клебсиелл может быть связано с многократным воздействием больничной среды на женщин с беременностями высокого риска, которые получали стационарную помощь до родов [79].

Brooks, et al. [78] изучили только 2 преждевременных гестации 26 и 28 недель с фекалиями, собранными каждые 3 дня в течение 1 месяца. У одного новорожденного были факультативные анаэробы в течение 12 дней до перехода на облигатные анаэробы. У второго новорожденного повсюду были факультативные анаэробы. Доминирующие кишечные таксоны также присутствовали в окружающей среде помещения, а именно Staphylococcus epidermidis, K. pneumoniae, Bacteroides fragilis и E. coli. Это предполагало, что среда была источником микробов в преждевременном кишечнике. Brooks, et al. [86] провели метагеномное исследование микробов, присутствующих у 50 недоношенных новорожденных, и окружающей среды в отделении интенсивной терапии. Обычными штаммами, присутствующими в окружающей среде и кишечнике, были Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecalis, Pseudomonas aeruginosa и Klebsiella pneumoniae. Эти микробы присутствовали в окружающей среде до и после обнаружения в кишечнике недоношенных.

Taft, et al. [87] изучали недоношенных новорожденных <29 недель с 33 LONS и 33 из контрольной группы в 2 местах. Нарушение микробиома кишечника до появления LONS зависело от постнатального возраста и локализации заболевания. Это означало, что микробиом окружающей среды оказывает влияние на микробиом кишечника.

4. Кишечные бактерии при некротизирующем энтероколите (НЭК)

НЭК - это опасное для жизни кишечное заболевание со смертностью до 30%, поражающее 5–10% недоношенных детей [35]. Это связано с тяжелым воспалением и некрозом кишечника с признаками, характерными для кишечного пневматоза [88]. Риск и смертность от НЭК увеличивается с более низким сроком беременности [89]. Несмотря на продолжающиеся обширные исследования, точная роль микробиома кишечника в патофизиологии НЭК все еще не определена. НЭК может возникать при дисбактериозе кишечника с низким бактериальным разнообразием, и одна группа патогенов доминирует в процессе болезни.

4.1. Патогены, связанные с НЭК

Есть несколько исследований, которые, кажется, предполагают, что патоген или группа патогенов вызывают НЭК, но это открытие не повторяется в других исследованиях. Группа de la Cochetiere, et al. [90] провели исследования 16S рРНК у недоношенных <30 недель беременности с 3 НЭК и 9 контролями. Стул собирали в 1-й день и еженедельно. Clostridium perfringens была обнаружена в первые 2 недели жизни у 3 новорожденных, у которых позже развился НЭК. В контроле не было Clostridium perfringens. С другой стороны, Heida, et al. [91] исследовали бактериальную инвазию 43 хирургических образцов НЭК по сравнению с 43 контрольными образцами того же возраста. Используя метод зондов FISH, было обнаружено, что в образцах НЭК преобладали Enterobacteriaceae.

4.2. Изобилие протеобактерий и низкое количество микробов связаны с НЭК

Несколько исследований, по-видимому, указывают на то, что НЭК возникает при большом количестве Proteobacteria с сопутствующим снижением количества Firmicutes. Warner, et al. [92] провели вложенный контроль случая в рамках когортного исследования детей VLBW (46 НЭК с 120 контролями). Отмечалось увеличение доли факультативных анаэробных Gammaproteobacteia (Proteobacteria) (p = 0,0011) и снижение доли строго анаэробных Negativicutes (Firmicutes) (p = 0,0013) и Clostridia-Negativicutes (оба Firmicutes) (p = 0,005) в группе НЭК по сравнению с контролем. Gammaproteobacteria включают в основном Enterobacteriaceae, Escherichia, Shigella и Klebsiella, в то время как Negativicutes включали в основном Veillonella, Negaticoccus и Megasphaera.

Claud, et al. [26] изучали развитие кишечного микробиома у 5 недоношенных с НЭК (средняя гестация 26,8 недели) и 5 сопоставимых контролей (средняя гестация 26,4 недели). Еженедельные пробы кала отбирали в течение 10 недель. За три недели до НЭК наблюдалось увеличение количества Proteobacteria и уменьшение количества Firmicutes (особенно Veillonella, Peptococcaceae). На контроле таких нарушений не было.

Mai, et al. [93] провели сопоставимый случай-контроль, вложенный в когортное исследование с 9 НЭК и 9 контролями, гестацией ≤32 недели и массой тела при рождении ≤1250 г. У НЭК было меньше Actinobacteria и Bacteroidetes по сравнению с контролем. За неделю до НЭК количество Proteobacteria увеличилось с 36,2 до 70,9% (рост на 34%), а количество Firmicutes снизилось с 60,7 до 28,8% (снижение на 32%). Для контрольных групп не наблюдалось значительных изменений типов с течением времени.

В исследовании Wang et al. [94] на 10 НЭК при беременности 25–31 недель по сравнению с 10 контролями при сроке беременности 26–32 недель анализировали образец кала при постановке диагноза НЭК (среднее время сбора <1 дня после постановки диагноза). В контроле было 4 типа, а именно Firmicutes (относительное количество 57,8%), Proteobacteria (35,0%), Bacteroidetes (2,5%) и Fusobacteria (0,5%), неклассифицированные бактерии (4,3%). Случаи НЭК имели только 2 типа: Proteobacteria (90,8%), Firmicutes (9,1%), неклассифицированные бактерии (0,16%). В случаях НЭК по сравнению с контролем было увеличение Proteobacteria и снижение Firmicutes (p <0,001).

4.3. Обилие протеобактерий и фирмикутов связано с НЭК

Torrazza, et al. [95] провели исследование недоношенных новорожденных ≤32 недель с 18 НЭК и 35 контролями. Были проанализированы первые пробы мекония, а затем еженедельные пробы стула. За две недели до НЭК в случаях по сравнению с контролем уровень Proteobacteria был выше - 61% против 19%. За неделю до НЭК в случаях по сравнению с контролями уровень Actinobacteria был выше на 3% против 0,4% соответственно. Новорожденные с НЭК имели более низкий уровень Bifidobacteria и Bacteroidetes в течение нескольких недель, предшествующих постановке диагноза. Доля Firmicutes (Clostridia, Lactobacilli) увеличилась с 34% (за 2 недели до НЭК) до 52% (за 1 неделю до НЭК), и до 72% непосредственно перед НЭК по сравнению с меньшим увеличением количества Firmicutes в контроле. Это увеличение количества Firmicutes в случаях не наблюдалось в других исследованиях, описанных ранее. Не было различий между случаями и контролями для α-разнообразия Chao1 в пределах выборки за 2 недели, 1 неделю и 0 недель до постановки диагноза.

Sim, et al. [96] изучили 12 НЭК с 44 контролями у недоношенных новорожденных <32 недель. Семь из 11 НЭК имели обилие Klebsiella (Proteobacteria) (Р = 0,049), и 4/11 НЭК имели обилие Clostridia (Firmicutes) (Р = 0,006).

4.4. Нарушение Firmicutes связано с НЭК

McMurtry, et al. [97] набрали 95 недоношенных новорожденных весом ≤1500 г, сроком беременности ≤34 недель 21 с НЭК и 74 контролей. В отличие от других публикаций по НЭК, исследователи классифицировали 21 случай НЭК на 8 легких, 7 тяжелых и 6 летальных степеней НЭК. Общее количество случаев НЭК по сравнению с контролем показало меньшее количество следующих бактерий, а именно Actinobacteria (p = 0,009), Clostridia (p = 0,004), Veillonella (p = 0,007) и Streptococcus (p = 0,002). Различия в отношении Bacilli и Gammaproteobacteria не было. Общий НЭК по сравнению с контролем имеет более низкие значения Chao1 (р < 0,0001) и Шеннона (р = 0,0002). Сравнивая степени НЭК с контролем, средняя численность Clostridia составляла 12% при легком НЭК, 3% при тяжелом НЭК и 0% при летальном НЭК. Численность Clostridia в летальных НЭК была ниже, чем в легких НЭК (p = 0,025). Что касается 74 контролей, 14 (19%) не содержали Clostridia, в то время как 12/21 (57%) от общего числа НЭК не содержали Clostridia (p = 0,002). Это исследование показало, что Clostridia (Firmicutes) защищала от некроза.

Stewart, et al. [98] изучали 38 младенцев, отобранных с помощью удобной выборки, со средним сроком беременности 27 недель и средним весом при рождении 895 г. У восьми развился НЭК (4 хирургических) , а у 13 - LONS. Первый и еженедельный стул получали и анализировали с использованием стандартного культурального метода и методики 16S. Стандартная культура показала, что наиболее распространенными бактериями были Enterococcus faecalis 40% и коагулазоотрицательные стафилококки (CONS) 39%. У НЭК по сравнению со здоровыми младенцами было больше CONS (Firmicutes) (45% против 30%) и меньше Enterococcus faecalis (Firmicutes) (31% против 57%). С использованием метода 16S было установлено, что энтерококк был связан с НЭК, а стафилококк - с LONS.

4.5. Связь дисбактериоза кишечника с НЭК

Опубликованные исследования не подтверждают концепцию, согласно которой НЭК постоянно возникает из-за тяжелого дисбактериоза кишечника. Morrow, et al. [99] набрали недоношенных новорожденных <29 недель беременности, включая 11 НЭК с 21 соответствующими контролями. До НЭК существовало две различные формы дисбактериоза. НЭК предшествовали либо относительная численность Firmicutes ≥98% с 4-го по 9-й день, либо относительная численность Proteobacteria (в частности Enterobacteriaceae) ≥90% с 10-го по 16-й день. Прогностическая ценность составила 88% (р < 0,001), так как только 25% контрольной группы имеют этот фенотип. Во всех случаях НЭК отсутствовали Propionibacterium (Actinobacterium).

Stewart, et al. [100] зарегистрировали 318 недоношенных <32 недель беременности, из которых 7 НЭК (медиана беременности 26 недель (диапазон 23-30 недель)) соответствовали 28 контролям (медиана беременности 27 недель (диапазон 24-30 недель)). Доминирующими бактериями во всех образцах были Klebsiella, Escherichia, Staphylococcus и Enterococcus. Было 6 отдельных кластеров типов кишечных сообществ недоношенных, в каждом из которых преобладали Klebsiella, Klebsiella и Enterococcus, Staphylococcus, Enterococcus, Escherichia, смешанная популяция с большим количеством Bifidobacterium. Возбудителя НЭК не было обнаружено, но большее количество Bifidobacterium может защитить от НЭК.

Normann, et al. [101] изучали 10 НЭК с 16 подобранными контрольными новорожденными с крайне низкой массой тела при рождении. Не было различий в микробиоме еженедельного стула и бактериальном разнообразии у пациентов с НЭК и контрольной группы. Преобладающими бактериями были Enterococcus (Firmicutes), Bacillales (Firmicutes) и Enterobacteriaceae (Proteobacteria). До НЭК в случаях было больше Bacillales и Enterobacteriaceae, а в контрольной группе было больше Enterococcus (все не были статистически значимыми). В 16 контролях энтерококки (Enterococcus) и бациллы (Bacillales) сменились энтеробактериями (Enterobacteriaceae).

Mshvildadze, et al. [71] обследовали 23 недоношенных новорожденных с гестацией 23-32 недели, массой тела при рождении 520-1997 г, включая 6 НЭК. Общие профили в НЭК не отличались от контрольных. НЭК показал увеличение последовательностей цитробактерий (Proteobacteria) и энтерококков (Firmicutes) по сравнению с контролем. В контроле чаще встречались Klebsiella (Proteobacteria) (p = 0,06) и Enterobacteriaceae (Proteobacteria) (p <0,05), что отличалось от результатов других исследований.

4.6. Бактериальное разнообразие пациентов с НЭК и пациентов без НЭК

НЭК, по-видимому, встречается в микробиоме кишечника недоношенных детей с более низким бактериальным разнообразием. Исследования, которые показывают более низкое бактериальное разнообразие, представлены Wang, et al. [94], McMurtry, et al. [97] and Morrow, et al. [99]. В исследовании McMurtry et al. [97], медиана разнообразия Шеннона в 74 контролях составила 3,5 по сравнению с 2,5 в 21 НЭК (p <0,001). Разница была достоверной при легком (p = 0,01), тяжелом (p = 0,03) и летальном (p = 0,04) НЭК по сравнению с контролем. Относительное отсутствие разнообразия у младенцев, развивающих НЭК, было объяснено тем фактом, что они получали больше дней антибактериальной терапии до манифестации НЭК по сравнению с нормальными младенцами [94].

Тем не менее, были исследования, которые не показывают никакой разницы, например, Mai, et al. [93], Torrazza, et al. [95] and Normann, et al. [101]. Pammi, et al. [35] провели метаанализ 8 исследований с участием 106 НЭК и 278 контролей. Индексы альфа-разнообразия Шеннона 2.8 и бета-разнообразия Симпсона 0.75 были одинаковыми для НЭК и контроля.

Таким образом, большинство исследований продемонстрировало, что микробный дисбактериоз предшествует НЭК у недоношенных детей. Более того, связь между увеличением численности представителей типа Proteobacteria и снижением численности представителей Firmicutes и Bacteroidetes с предрасположенностью к НЭК у недоношенных новорожденных была хорошо подтверждена систематическим обзором и метаанализом, основанным на данных последовательностей, собранных из предыдущих исследований [35]. Несмотря на то, что дисбактериоз кишечника является основным фактором патогенеза НЭК, конкретная роль микроорганизмов и их взаимодействия с иммунной системой хозяина еще предстоит четко выяснить. Тем не менее, тот факт, что более высокая относительная численность Proteobacteria является причиной или следствием НЭК, все еще остается неуловимым. Учитывая, что Proteobacteria - это грамотрицательные микробы, обладающие большими количествами липополисахаридов (LPS) на своих клеточных стенках, иммунное взаимодействие, опосредованное индукцией толл-подобного рецептора 4 (TLR4), было предложено в качестве потенциального механизма, индуцирующего НЭК. Фактически, сверхэкспрессия TLR4 наблюдается в кишечнике недоношенных детей, который участвует в поддержании равновесия между адекватной воспалительной реакцией и гомеостазом [102]. Таким образом, вместе с недоразвитым адаптивным иммунитетом недоношенных детей и повышением протеобактерий (Proteobacteria) может запускаться избыточная провоспалительная реакция в кишечнике, вызывающая повреждение кишечника и некроз [103].

5. Кишечные бактерии при позднем неонатальном сепсисе (LONS)

Поздний неонатальный сепсис остается серьезным осложнением недоношенности, возникающим между 7-м и 10-м днями после рождения [104]. Как правило, эмпирические антибиотики назначаются беременным женщинам или недоношенным детям для снижения риска развития раннего сепсиса (EOS). Как это ни парадоксально, микробиом кишечника нарушается в результате антибактериальной терапии, уступая место экспансии и доминированию условно-патогенных патобионтов у недоношенных детей, что приводит к LONS [105].

Несколько исследований показали изменение структуры микробиома кишечника до LONS. Mai, et al. [30] провели вложенное исследование случай-контроль с недоношенными ≤32 недель с 10 случаями LONS и 18 контролями. Анализировали первый меконий и еженедельный стул. Авторы постулировали, что отсутствие нормального микробиома кишечника, а не наличие потенциальных патогенов является фактором риска развития LONS и НЭК [72]. В случаях LONS наблюдалась задержка колонизации протеобактериями (Proteobacteria). За две недели до LONS в этих случаях уровень протеобактерий был ниже на 0,5% по сравнению с 20% в контроле. Непосредственно перед LONS в случаях наблюдалось позднее цветение Proteobacteria до 15% по сравнению со снижением до 9,8% в контроле. За две недели до постановки диагноза в LONS была более высокая доля Firmicutes. В случаях было меньше бифидобактерий по сравнению с контролем.

Carl, et al. [28] изучали 163 новорожденных с очень низкой массой тела, в том числе 11 случаев LONS. Бактерии, вызывающие сепсис, были GBS × 4, Serratia marcescens × 2, Escherichia coli × 2, Klebsiella pneumoniae × 1, MRSA × 2. У семи из 11 (64%) новорожденных до заражения в стуле были обнаружены GBS × 3, S. marcescens × 2, E. coli × 2. Общее происхождение совпадающих фекальных и кровяных изолятов было подтверждено геномным секвенированием. E. coli появились в стуле раньше, а GBS и S. marcescens были обнаружены ближе к сепсису.

Shaw, et al. [29] изучали недоношенных новорожденных со сроком гестации <32 недель с 22 LONS и 44 подобранными контрольными детьми, и ежедневно собирали пробы фекалий. Наиболее распространенными OTUs (90%) в фекалиях, наиболее близких ко времени LONS, были Klebsiella, Escherichia, Staphylococcus, Enterococcus и Clostridium. Энтеробактериальные и стафилококковые LONS были связаны с бактериальными OTUs в их стуле.

Taft, et al. [87] изучали недоношенных новорожденных <29 недель в 2 центрах. Было 13 и 20 случаев LONS плюс такое же количество контролей в 2-х отделениях интенсивной терапии новорожденных. Нарушение микробиома кишечника произошло до LONS, но искажение зависело от постнатального возраста и локализации. Бактериальное секвенирование позволило выявить возбудитель сепсиса в кале у 82% пациентов с LONS.

Таким образом, несколько грамположительных и грамотрицательных кишечных бактерий были идентифицированы как основные патобионты, вызывающие LONS у недоношенных детей, включая Klebsiella spp., E. coli и Serratia spp. (Грамотрицательные) и Streptococcus spp., Enterococcus spp. и коагулазо-негативные стафилококки (CONS). Кроме того, LONS также был связан с нарушенным микробиомом кишечника недоношенных, с более низким бактериальным разнообразием, более высоким содержанием Proteobacteria и Firmicutes, но низким содержанием Bifidobacteria. Интересно, что эти причинные микроорганизмы имеют кишечное происхождение, а не микробную транслокацию с кожи, что продемонстрировано при взятии образцов стула у пациентов с LONS.

6. Выводы

Сообщается, что микробиом кишечника связан с различными заболеваниями человека [106,107,108,109,110,111]. Характер и масштабы бактериального поражения кишечника являются предметом активных текущих исследований у недоношенных новорожденных с неблагоприятными исходами. Тем не менее, все еще существует большой пробел в знаниях о том, как присутствие кишечных бактерий при рождении либо отдельно, либо в сочетании с ранним постнатальным дисбактериозом кишечника влияет на смертность и тяжелые заболевания до выписки у очень недоношенных детей. В частности, до сих пор отсутствует механистическая информация о том, как конкретные паттерны микробиоты могут приводить к НЭК или LONS у недоношенных детей. Таким образом, лучшее понимание разнообразия микробов, вызывающих НЭК и LONS, может продвинуть вперед важные исследования, касающиеся их источников, патогенных механизмов, взаимодействия микробиома с хозяином и клинических последствий. Возможно, различные стратегии изменения микробиома новорожденного для обеспечения благоприятного микробного профиля могут предотвратить НЭК и LONS у недоношенных новорожденных с высоким риском. Кроме того, рекомендуется продолжить исследования эмпирического применения антибиотиков в отделении интенсивной терапии, чтобы иметь более обоснованный выбор антибиотиков в клинической практике. Следовательно, эти потенциальные идеи будут важны для разработки улучшенных стратегий профилактики, диагностики и лечения НЭК и LONS.

Дополнительнкя информация:

См. также:

Литература

  1. Wang, H.; Bhutta, Z.A.; Coates, M.M.; Coggeshall, M.; Dandona, L.; Diallo, K.; Franca, E.B.; Fraser, M.; Fullman, N.; Gething, P.W.; et al. Global, regional, national, and selected subnational levels of stillbirths, neonatal, infant, and under-5 mortality, 1980–2015: A systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2015. Lancet 2016, 388, 1725–1774. [Google Scholar] [CrossRef]
  2. Blencowe, H.; Cousens, S.; Oestergaard, M.Z.; Chou, D.; Moller, A.-B.; Narwal, R.; Adler, A.; Vera Garcia, C.; Rohde, S.; Say, L.; et al. National, regional, and worldwide estimates of preterm birth rates in the year 2010 with time trends since 1990 for selected countries: A systematic analysis and implications. Lancet 2012, 379, 2162–2172. [Google Scholar] [CrossRef]
  3. Gladstone, M.; Oliver, C.; Van den Broek, N. Survival, morbidity, growth and developmental delay for babies born preterm in low and middle income countries—A systematic review of outcomes measured. PLoS ONE 2015, 10, e0120566. [Google Scholar] [CrossRef]
  4. Saigal, S.; Doyle, L.W. An overview of mortality and sequelae of preterm birth from infancy to adulthood. Lancet 2008, 371, 261–269. [Google Scholar] [CrossRef]
  5. Malaysian National Neonatal Registry (MNNR). Report of the Malaysian National Neonatal Registry Annual Report 2015; Ministry of Health Malaysia: Kuala Lumpur, Malaysia, 2015. Available online: http://www.acrm.org.my/mnnr/documents/MNNR_Full_Report_2015.pdf (accessed on 22 September 2020).
  6. Canadian Neonatal Network (CNN). The Canadian Neonatal Network Annual Report 2015; CNN: Toronto, ON, USA, 2015. [Google Scholar]
  7. Lahra, M.M.; Beeby, P.J.; Jeffery, H.E. Maternal versus fetal inflammation and respiratory distress syndrome: A 10-year hospital cohort study. Arch. Dis. Child. Fetal Neonatal Ed. 2009, 94, F13–F16. [Google Scholar] [CrossRef]
  8. Epstein, F.H.; Goldenberg, R.L.; Hauth, J.C.; Andrews, W.W. Intrauterine Infection and Preterm Delivery. N. Engl. J. Med. 2000, 342, 1500–1507. [Google Scholar] [CrossRef]
  9. Romero, R.; Miranda, J.; Chaiworapongsa, T.; Chaemsaithong, P.; Gotsch, F.; Dong, Z.; Ahmed, A.I.; Yoon, B.H.; Hassan, S.S.; Kim, C.J.; et al. A novel molecular microbiologic technique for the rapid diagnosis of microbial invasion of the amniotic cavity and intra-amniotic infection in preterm labor with intact membranes. Am. J. Reprod Immunol. 2014, 71, 330–358. [Google Scholar] [CrossRef]
  10. DiGiulio, D.B.; Romero, R.; Amogan, H.P.; Kusanovic, J.P.; Bik, E.M.; Gotsch, F.; Kim, C.J.; Erez, O.; Edwin, S.; Relman, D.A. Microbial prevalence, diversity and abundance in amniotic fluid during preterm labor: A molecular and culture-based investigation. PLoS ONE 2008, 3, e3056. [Google Scholar] [CrossRef]
  11. DiGiulio, D.B. Diversity of microbes in amniotic fluid. Semin. Fetal Neonatal Med. 2012, 17, 2–11. [Google Scholar] [CrossRef]
  12. Aagaard, K.; Ma, J.; Antony, K.M.; Ganu, R.; Petrosino, J.; Versalovic, J. The placenta harbors a unique microbiome. Sci. Transl. Med. 2014, 6, 237ra65. [Google Scholar] [CrossRef]
  13. Leon, R.; Silva, N.; Ovalle, A.; Chaparro, A.; Ahumada, A.; Gajardo, M.; Martinez, M.; Gamonal, J. Detection of Porphyromonas gingivalis in the amniotic fluid in pregnant women with a diagnosis of threatened premature labor. J. Periodontol. 2007, 78, 1249–1255. [Google Scholar] [CrossRef]
  14. Gantert, M.; Been, J.V.; Gavilanes, A.W.; Garnier, Y.; Zimmermann, L.J.; Kramer, B.W. Chorioamnionitis: A multiorgan disease of the fetus? J. Perinatol. 2010, 30 (Suppl. S1), S21–S30. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  15. Wu, Y.W.; Colford, J.J.M. Chorioamnionitis as a Risk Factor for Cerebral Palsy: A Meta-analysis. JAMA 2000, 284, 1417–1424. [Google Scholar] [CrossRef]
  16. Shatrov, J.G.; Birch, S.C.M.; Lam, L.T.; Quinlivan, J.A.; McIntyre, S.; Mendz, G.L. Chorioamnionitis and Cerebral Palsy: A Meta-Analysis. Obstet. Gynecol. 2010, 116, 387–392. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  17. Ogunyemi, D.; Murillo, M.; Jackson, U.; Hunter, N.; Alperson, B. The relationship between placental histopathology findings and perinatal outcome in preterm infants. J. Matern. Fetal Neonatal Med. 2003, 13, 102–109. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  18. Andrews, W.W.; Goldenberg, R.L.; Faye-Petersen, O.; Cliver, S.; Goepfert, A.R.; Hauth, J.C. The Alabama Preterm Birth study: Polymorphonuclear and mononuclear cell placental infiltrations, other markers of inflammation, and outcomes in 23- to 32-week preterm newborn infants. Am. J. Obstet. Gynecol. 2006, 195, 803–808. [Google Scholar] [CrossRef]
  19. Soraisham, A.S.; Singhal, N.; McMillan, D.D.; Sauve, R.S.; Lee, S.K.; Canadian Neonatal, N. A multicenter study on the clinical outcome of chorioamnionitis in preterm infants. Am. J. Obstet. Gynecol. 2009, 200, e371–e376. [Google Scholar] [CrossRef]
  20. Dammann, O.; Brinkhaus, M.J.; Bartels, D.B.; Dordelmann, M.; Dressler, F.; Kerk, J.; Dork, T.; Dammann, C.E. Immaturity, perinatal inflammation, and retinopathy of prematurity: A multi-hit hypothesis. Early Hum. Dev. 2009, 85, 325–329. [Google Scholar] [CrossRef]
  21. Been, J.V.; Lievense, S.; Zimmermann, L.J.; Kramer, B.W.; Wolfs, T.G. Chorioamnionitis as a risk factor for necrotizing enterocolitis: A systematic review and meta-analysis. J. Pediatr. 2013, 162, 236–242. [Google Scholar] [CrossRef]
  22. Klinger, G.; Levy, I.; Sirota, L.; Boyko, V.; Reichman, B.; Lerner-Geva, L.; Israel Neonatal, N. Epidemiology and risk factors for early onset sepsis among very-low-birthweight infants. Am. J. Obstet. Gynecol. 2009, 201, 38.e1–38.e6. [Google Scholar] [CrossRef]
  23. Strunk, T.; Doherty, D.; Jacques, A.; Simmer, K.; Richmond, P.; Kohan, R.; Charles, A.; Burgner, D. Histologic chorioamnionitis is associated with reduced risk of late-onset sepsis in preterm infants. Pediatrics 2012, 129, e134–e141. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  24. Venkatesh, K.K.; Jackson, W.; Hughes, B.L.; Laughon, M.M.; Thorp, J.M.; Stamilio, D.M. Association of chorioamnionitis and its duration with neonatal morbidity and mortality. J. Perinatol. 2019, 39, 673–682. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  25. Staude, B.; Oehmke, F.; Lauer, T.; Behnke, J.; Gopel, W.; Schloter, M.; Schulz, H.; Krauss-Etschmann, S.; Ehrhardt, H. The Microbiome and Preterm Birth: A Change in Paradigm with Profound Implications for Pathophysiologic Concepts and Novel Therapeutic Strategies. Biomed Res. Int. 2018, 2018, 7218187. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  26. Claud, E.C.; Keegan, K.P.; Brulc, J.M.; Lu, L.; Bartels, D.; Glass, E.; Chang, E.B.; Meyer, F.; Antonopoulos, D.A. Bacterial community structure and functional contributions to emergence of health or necrotizing enterocolitis in preterm infants.(Report). Microbiome 2013, 1, 20. [Google Scholar] [CrossRef]
  27. Madan, J.C.; Salari, R.C.; Saxena, D.; Davidson, L.; O’Toole, G.A.; Moore, J.H.; Sogin, M.L.; Foster, J.A.; Edwards, W.H.; Palumbo, P.; et al. Gut microbial colonisation in premature neonates predicts neonatal sepsis. Arch. Dis. Child. Fetal Neonatal Ed. 2012, 97, F456–F462. [Google Scholar] [CrossRef]
  28. Carl, M.A.; Ndao, I.M.; Springman, A.C.; Manning, S.D.; Johnson, J.R.; Johnston, B.D.; Burnham, C.A.; Weinstock, E.S.; Weinstock, G.M.; Wylie, T.N.; et al. Sepsis from the gut: The enteric habitat of bacteria that cause late-onset neonatal bloodstream infections. Clin. Infect. Dis. 2014, 58, 1211–1218. [Google Scholar] [CrossRef]
  29. Shaw, A.G.; Sim, K.; Randell, P.; Cox, M.J.; McClure, Z.E.; Li, M.S.; Donaldson, H.; Langford, P.R.; Cookson, W.O.; Moffatt, M.F.; et al. Late-Onset Bloodstream Infection and Perturbed Maturation of the Gastrointestinal Microbiota in Premature Infants. PLoS ONE 2015, 10, e0132923. [Google Scholar] [CrossRef]
  30. Mai, V.; Torrazza, R.M.; Ukhanova, M.; Wang, X.; Sun, Y.; Li, N.; Shuster, J.; Sharma, R.; Hudak, M.L.; Neu, J. Distortions in development of intestinal microbiota associated with late onset sepsis in preterm infants. PLoS ONE 2013, 8, e52876. [Google Scholar] [CrossRef]
  31. Groer, M.; Luciano, A.A.; Dishaw, L.; Ashmeade, T.; Miller, E.; Gilbert, J. Development of the preterm infant gut microbiome: A research priority. Microbiome 2014, 2, 38. [Google Scholar] [CrossRef]
  32. Younge, N.E.; Newgard, C.B.; Cotten, C.M.; Goldberg, R.N.; Muehlbauer, M.J.; Bain, J.R.; Stevens, R.D.; O’Connell, T.M.; Rawls, J.F.; Seed, P.C.; et al. Disrupted Maturation of the Microbiota and Metabolome among Extremely Preterm Infants with Postnatal Growth Failure. Sci. Rep. 2019, 9, 8167. [Google Scholar] [CrossRef]
  33. Henderickx, J.G.E.; Zwittink, R.D.; van Lingen, R.A.; Knol, J.; Belzer, C. The Preterm Gut Microbiota: An Inconspicuous Challenge in Nutritional Neonatal Care. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2019, 9, 85. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  34. Lee, J.K.; Yu, V.Y. Calorie intake in sick versus respiratory stable very low birthweight babies. Pediatr. Int. 1996, 38, 449–454. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  35. Pammi, M.; Cope, J.; Tarr, P.I.; Warner, B.B.; Morrow, A.L.; Mai, V.; Gregory, K.E.; Kroll, J.S.; McMurtry, V.; Ferris, M.J.; et al. Intestinal dysbiosis in preterm infants preceding necrotizing enterocolitis: A systematic review and meta-analysis. Microbiome 2017, 5, 31. [Google Scholar] [CrossRef]
  36. Coggins, S.A.; Wynn, J.L.; Weitkamp, J.-H. Infectious causes of necrotizing enterocolitis. Clin. Perinatol. 2015, 42, 133–154. [Google Scholar] [CrossRef]
  37. Kosloske, A.M.; Ulrich, J.A. A bacteriologic basis for the clinical presentations of necrotizing enterocolitis. J. Pediatr. Surg. 1980, 15, 558–564. [Google Scholar] [PubMed]
  38. Kosloske, A.; Ulrich, J.; Hoffman, H. Fulminant necrotising enterocolitis associated with clostridia. Lancet 1978, 312, 1014–1016. [Google Scholar]
  39. Lindberg, T.P.; Caimano, M.J.; Hagadorn, J.I.; Bennett, E.M.; Maas, K.; Brownell, E.A.; Matson, A.P. Preterm infant gut microbial patterns related to the development of necrotizing enterocolitis. J. Matern.-Fetal Neonatal Med. 2020, 33, 349–358. [Google Scholar] [CrossRef]
  40. Stoll, B.J.; Hansen, N.I.; Sánchez, P.J.; Faix, R.G.; Poindexter, B.B.; Van Meurs, K.P.; Bizzarro, M.J.; Goldberg, R.N.; Frantz, I.D.; Hale, E.C.; et al. Early Onset Neonatal Sepsis: The Burden of Group B Streptococcal and E. coli Disease Continues. Pediatrics 2011, 127, 817–826. [Google Scholar] [CrossRef]
  41. Dong, Y.; Speer, C.P. Late-onset neonatal sepsis: Recent developments. Arch. Dis. Child.-Fetal Neonatal Ed. 2015, 100, F257–F263. [Google Scholar]
  42. Rinninella, E.; Raoul, P.; Cintoni, M.; Franceschi, F.; Miggiano, G.A.D.; Gasbarrini, A.; Mele, M.C. What is the Healthy Gut Microbiota Composition? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Diseases. Microorganisms 2019, 7, 14. [Google Scholar] [CrossRef]
  43. Eckburg, P.B.; Bik, E.M.; Bernstein, C.N.; Purdom, E.; Dethlefsen, L.; Sargent, M.; Gill, S.R.; Nelson, K.E.; Relman, D.A. Diversity of the human intestinal microbial flora. Science 2005, 308, 1635. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  44. Adlerberth, I.; Wold, A.E. Establishment of the gut microbiota in Western infants. Acta Paediatr. 2009, 98, 229–238. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  45. Gritz, E.C.; Bhandari, V. The human neonatal gut microbiome: A brief review. Front. Pediatr. 2015, 3, 17. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  46. Unger, S.; Stintzi, A.; Shah, P.; Mack, D.; O’Connor, D.L. Gut microbiota of the very-low-birth-weight infant. Pediatr. Res. 2015, 77, 205–213. [Google Scholar] [CrossRef]
  47. Arboleya, S.; Binetti, A.; Salazar, N.; Fernandez, N.; Solis, G.; Hernandez-Barranco, A.; Margolles, A.; de Los Reyes-Gavilan, C.G.; Gueimonde, M. Establishment and development of intestinal microbiota in preterm neonates. FEMS Microbiol. Ecol. 2012, 79, 763–772. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  48. Bjorkstrom, M.V.; Hall, L.; Soderlund, S.; Hakansson, E.G.; Hakansson, S.; Domellof, M. Intestinal flora in very low-birth weight infants. Acta Paediatr. 2009, 98, 1762–1767. [Google Scholar] [CrossRef]
  49. Costello, E.K.; Carlisle, E.M.; Bik, E.M.; Morowitz, M.J.; Relman, D.A. Microbiome assembly across multiple body sites in low-birthweight infants. mBio 2013, 4. [Google Scholar] [CrossRef]
  50. Tiskumara, R.; Fakharee, S.H.; Liu, C.Q.; Nuntnarumit, P.; Lui, K.M.; Hammoud, M.; Lee, J.K.; Chow, C.B.; Shenoi, A.; Halliday, R.; et al. Neonatal infections in Asia. Arch. Dis. Child. Fetal Neonatal Ed. 2009, 94, F144–F148. [Google Scholar] [CrossRef]
  51. Al-Taiar, A.; Hammoud, M.S.; Cuiqing, L.; Lee, J.K.; Lui, K.M.; Nakwan, N.; Isaacs, D. Neonatal infections in China, Malaysia, Hong Kong and Thailand. Arch. Dis. Child. Fetal Neonatal Ed. 2013, 98, F249–F255. [Google Scholar] [CrossRef]
  52. Marques, T.M.; Wall, R.; Ross, R.P.; Fitzgerald, G.F.; Ryan, C.A.; Stanton, C. Programming infant gut microbiota: Influence of dietary and environmental factors. Curr. Opin. Biotechnol. 2010, 21, 149–156. [Google Scholar] [CrossRef]
  53. RodrÍguez, J.M.; Murphy, K.; Stanton, C.; Ross, R.P.; Kober, O.I.; Juge, N.; Avershina, E.; Rudi, K.; Narbad, A.; Jenmalm, M.C.; et al. The composition of the gut microbiota throughout life, with an emphasis on early life. Microb. Ecol. Health Dis. 2015, 26, 26050. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  54. Butel, M.-J.; Suau, A.; Campeotto, F.; Magne, F.; Aires, J.; Ferraris, L.; Kalach, N.; Leroux, B.; Dupont, C. Conditions of Bifidobacterial Colonization in Preterm Infants: A Prospective Analysis. J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. 2007, 44, 577–582. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  55. Stinson, L.F.; Boyce, M.C.; Payne, M.S.; Keelan, J.A. The Not-so-Sterile Womb: Evidence That the Human Fetus Is Exposed to Bacteria Prior to Birth. Front. Microbiol. 2019, 10, 1124. [Google Scholar] [CrossRef]
  56. Parnell, L.A.; Briggs, C.M.; Cao, B.; Delannoy-Bruno, O.; Schrieffer, A.E.; Mysorekar, I.U. Microbial communities in placentas from term normal pregnancy exhibit spatially variable profiles. Sci. Rep. 2017, 7, 1–11. [Google Scholar] [CrossRef]
  57. Collado, M.C.; Rautava, S.; Aakko, J.; Isolauri, E.; Salminen, S. Human gut colonisation may be initiated in utero by distinct microbial communities in the placenta and amniotic fluid. Sci. Rep. 2016, 6, 23129. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  58. Leiby, J.S.; McCormick, K.; Sherrill-Mix, S.; Clarke, E.L.; Kessler, L.R.; Taylor, L.J.; Hofstaedter, C.E.; Roche, A.M.; Mattei, L.M.; Bittinger, K.; et al. Lack of detection of a human placenta microbiome in samples from preterm and term deliveries. Microbiome 2018, 6, 196. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  59. Theis, K.R.; Romero, R.; Winters, A.D.; Greenberg, J.M.; Gomez-Lopez, N.; Alhousseini, A.; Bieda, J.; Maymon, E.; Pacora, P.; Fettweis, J.M.; et al. Does the human placenta delivered at term have a microbiota? Results of cultivation, quantitative real-time PCR, 16S rRNA gene sequencing, and metagenomics. Am. J. Obstet. Gynecol. 2019, 220, 267.e1–267.e39. [Google Scholar] [CrossRef]
  60. Lim, E.S.; Rodriguez, C.; Holtz, L.R. Amniotic fluid from healthy term pregnancies does not harbor a detectable microbial community. Microbiome 2018, 6, 87. [Google Scholar] [CrossRef]
  61. Gil, A.; Rueda, R.; Ozanne, S.E.; van der Beek, E.M.; van Loo-Bouwman, C.; Schoemaker, M.; Marinello, V.; Venema, K.; Stanton, C.; Schelkle, B.; et al. Is there evidence for bacterial transfer via the placenta and any role in the colonization of the infant gut—A systematic review. Crit. Rev. Microbiol. 2020, 1–15. [Google Scholar] [CrossRef]
  62. Figuero, E.; Han, Y.W.; Furuichi, Y. Periodontal diseases and adverse pregnancy outcomes: Mechanisms. Periodontology 2000 2020, 83, 175–188. [Google Scholar] [CrossRef]
  63. Watts, D.H.; Krohn, M.A.; Hillier, S.L.; Eschenbach, D.A. The association of occult amniotic fluid infection with gestational age and neonatal outcome among women in preterm labor. Obstet. Gynecol. 1992, 79, 351–357. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  64. DiGiulio, D.B.; Romero, R.; Kusanovic, J.P.; Gomez, R.; Kim, C.J.; Seok, K.S.; Gotsch, F.; Mazaki-Tovi, S.; Vaisbuch, E.; Sanders, K.; et al. Prevalence and diversity of microbes in the amniotic fluid, the fetal inflammatory response, and pregnancy outcome in women with preterm pre-labor rupture of membranes. Am. J. Reprod Immunol. 2010, 64, 38–57. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  65. De Martino, S.J.; Mahoudeau, I.; Brettes, J.P.; Piemont, Y.; Monteil, H.; Jaulhac, B. Peripartum bacteremias due to Leptotrichia amnionii and Sneathia sanguinegens, rare causes of fever during and after delivery. J. Clin. Microbiol. 2004, 42, 5940–5943. [Google Scholar] [CrossRef]
  66. Oh, K.J.; Romero, R.; Park, J.Y.; Hong, J.-S.; Yoon, B.H. The earlier the gestational age, the greater the intensity of the intra-amniotic inflammatory response in women with preterm premature rupture of membranes and amniotic fluid infection by Ureaplasma species. J. Perinat. Med. 2019, 47, 516–527. [Google Scholar] [CrossRef]
  67. Motomura, K.; Romero, R.; Xu, Y.; Theis, K.R.; Galaz, J.; Winters, A.D.; Slutsky, R.; Garcia-Flores, V.; Zou, C.; Levenson, D.; et al. Intra-Amniotic Infection with Ureaplasma parvum Causes Preterm Birth and Neonatal Mortality That Are Prevented by Treatment with Clarithromycin. mBio 2020, 11, e00797-20. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  68. Stinson, L.F.; Keelan, J.A.; Payne, M.S. Comparison of Meconium DNA Extraction Methods for Use in Microbiome Studies. Front. Microbiol. 2018, 9, 270. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  69. Ardissone, A.N.; de la Cruz, D.M.; Davis-Richardson, A.G.; Rechcigl, K.T.; Li, N.; Drew, J.C.; Murgas-Torrazza, R.; Sharma, R.; Hudak, M.L.; Triplett, E.W.; et al. Meconium microbiome analysis identifies bacteria correlated with premature birth. PLoS ONE 2014, 9, e90784. [Google Scholar] [CrossRef]
  70. Moles, L.; Gomez, M.; Heilig, H.; Bustos, G.; Fuentes, S.; de Vos, W.; Fernandez, L.; Rodriguez, J.M.; Jimenez, E. Bacterial diversity in meconium of preterm neonates and evolution of their fecal microbiota during the first month of life. PLoS ONE 2013, 8, e66986. [Google Scholar] [CrossRef]
  71. Mshvildadze, M.; Neu, J.; Shuster, J.; Theriaque, D.; Li, N.; Mai, V. Intestinal microbial ecology in premature infants assessed with non-culture-based techniques. J. Pediatr. 2010, 156, 20–25. [Google Scholar] [CrossRef]
  72. Patel, A.L.; Mutlu, E.A.; Sun, Y.; Koenig, L.; Green, S.; Jakubowicz, A.; Mryan, J.; Engen, P.; Fogg, L.; Chen, A.L.; et al. Longitudinal Survey of Microbiota in Hospitalized Preterm Very-Low-Birth-Weight Infants. J. Pediatric Gastroenterol. Nutr. 2016, 62, 292–303. [Google Scholar] [CrossRef]
  73. La Rosa, P.S.; Warner, B.B.; Zhou, Y.; Weinstock, G.M.; Sodergren, E.; Hall-Moore, C.M.; Stevens, H.J.; Bennett, W.E., Jr.; Shaikh, N.; Linneman, L.A.; et al. Patterned progression of bacterial populations in the premature infant gut. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2014, 111, 12522–12527. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  74. Grier, A.; Qiu, X.; Bandyopadhyay, S.; Holden-Wiltse, J.; Kessler, H.A.; Gill, A.L.; Hamilton, B.; Huyck, H.; Misra, S.; Mariani, T.J.; et al. Impact of prematurity and nutrition on the developing gut microbiome and preterm infant growth. Microbiome 2017, 5, 158. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  75. Gregory, K.E.; Samuel, B.S.; Houghteling, P.; Shan, G.; Ausubel, F.M.; Sadreyev, R.I.; Walker, W.A. Influence of maternal breast milk ingestion on acquisition of the intestinal microbiome in preterm infants. Microbiome 2016, 4, 68. [Google Scholar] [CrossRef]
  76. Wandro, S.; Osborne, S.; Enriquez, C.; Bixby, C.; Arrieta, A. The Microbiome and Metabolome of Preterm Infant Stool Are Personalized and Not Driven by Health Outcomes, Including Necrotizing Enterocolitis and Late-Onset Sepsis. mSphere 2018, 3. [Google Scholar] [CrossRef]
  77. Chernikova, D.A.; Madan, J.C.; Housman, M.L.; Zain-Ul-Abideen, M.; Lundgren, S.N.; Morrison, H.G.; Sogin, M.L.; Williams, S.M.; Moore, J.H.; Karagas, M.R.; et al. The premature infant gut microbiome during the first 6 weeks of life differs based on gestational maturity at birth. Pediatr. Res. 2018, 84, 71–79. [Google Scholar] [CrossRef]
  78. Brooks, B.; Firek, B.A.; Miller, C.S.; Sharon, I.; Thomas, B.C.; Baker, R.; Morowitz, M.J.; Banfield, J.F. Microbes in the neonatal intensive care unit resemble those found in the gut of premature infants. Microbiome 2014, 2, 1. [Google Scholar] [CrossRef]
  79. Ho, T.T.B.; Groer, M.W.; Kane, B.; Yee, A.L.; Torres, B.A.; Gilbert, J.A.; Maheshwari, A. Dichotomous development of the gut microbiome in preterm infants. Microbiome 2018, 6, 157. [Google Scholar] [CrossRef]
  80. Drell, T.; Lutsar, I.; Stsepetova, J.; Parm, U.; Metsvaht, T.; Ilmoja, M.L.; Simm, J.; Sepp, E. The development of gut microbiota in critically ill extremely low birth weight infants assessed with 16S rRNA gene based sequencing. Gut Microbes 2014, 5, 304–312. [Google Scholar] [CrossRef]
  81. Puri, K.; Taft, D.H.; Ambalavanan, N.; Schibler, K.R.; Morrow, A.L.; Kallapur, S.G. Association of Chorioamnionitis with Aberrant Neonatal Gut Colonization and Adverse Clinical Outcomes. PLoS ONE 2016, 11, e0162734. [Google Scholar] [CrossRef]
  82. Chernikova, D.A.; Koestler, D.C.; Hoen, A.G.; Housman, M.L.; Hibberd, P.L.; Moore, J.H.; Morrison, H.G.; Sogin, M.L.; Zain-ul-abideen, M.; Madan, J.C. Fetal exposures and perinatal influences on the stool microbiota of premature infants. J. Matern.-Fetal Neonatal Med. 2016, 29, 99–105. [Google Scholar] [CrossRef]
  83. Arboleya, S.; Sanchez, B.; Milani, C.; Duranti, S.; Solis, G.; Fernandez, N.; de los Reyes-Gavilan, C.G.; Ventura, M.; Margolles, A.; Gueimonde, M. Intestinal microbiota development in preterm neonates and effect of perinatal antibiotics. J. Pediatr. 2015, 166, 538–544. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  84. Stewart, C.J.; Embleton, N.D.; Clements, E.; Luna, P.N.; Smith, D.P.; Fofanova, T.Y.; Nelson, A.; Taylor, G.; Orr, C.H.; Petrosino, J.F.; et al. Cesarean or Vaginal Birth Does Not Impact the Longitudinal Development of the Gut Microbiome in a Cohort of Exclusively Preterm Infants. Front. Microbiol. 2017, 8, 1008. [Google Scholar] [CrossRef]
  85. Dardas, M.; Gill, S.R.; Grier, A.; Pryhuber, G.S.; Gill, A.L.; Lee, Y.H.; Guillet, R. The impact of postnatal antibiotics on the preterm intestinal microbiome. Pediatr. Res. 2014, 76, 150–158. [Google Scholar] [CrossRef]
  86. Brooks, B.; Olm, M.R.; Firek, B.A.; Baker, R.; Thomas, B.C.; Morowitz, M.J.; Banfield, J.F. Strain-resolved analysis of hospital rooms and infants reveals overlap between the human and room microbiome. Nat. Commun. 2017, 8, 1814. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  87. Taft, D.H.; Ambalavanan, N.; Schibler, K.R.; Yu, Z.; Newburg, D.S.; Deshmukh, H.; Ward, D.V.; Morrow, A.L. Center Variation in Intestinal Microbiota Prior to Late-Onset Sepsis in Preterm Infants. PLoS ONE 2015, 10, e0130604. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  88. Neu, J.; Walker, W.A. Necrotizing enterocolitis. N. Engl. J. Med. 2011, 364, 255–264. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  89. Fitzgibbons, S.C.; Ching, Y.; Yu, D.; Carpenter, J.; Kenny, M.; Weldon, C.; Lillehei, C.; Valim, C.; Horbar, J.D.; Jaksic, T. Mortality of necrotizing enterocolitis expressed by birth weight categories. J. Pediatr. Surg. 2009, 44, 1072–1075. [Google Scholar] [CrossRef]
  90. De la Cochetiere, M.F.; Piloquet, H.; des Robert, C.; Darmaun, D.; Galmiche, J.P.; Roze, J.C. Early intestinal bacterial colonization and necrotizing enterocolitis in premature infants: The putative role of Clostridium. Pediatr. Res. 2004, 56, 366–370. [Google Scholar] [CrossRef]
  91. Heida, F.H.; Harmsen, H.J.; Timmer, A.; Kooi, E.M.; Bos, A.F.; Hulscher, J.B. Identification of bacterial invasion in necrotizing enterocolitis specimens using fluorescent in situ hybridization. J. Perinatol. 2017, 37, 67–72. [Google Scholar] [CrossRef]
  92. Warner, B.B.; Deych, E.; Zhou, Y.; Hall-Moore, C.; Weinstock, G.M.; Sodergren, E.; Shaikh, N.; Hoffmann, J.A.; Linneman, L.A.; Hamvas, A.; et al. Gut bacteria dysbiosis and necrotising enterocolitis in very low birthweight infants: A prospective case-control study. Lancet 2016, 387, 1928–1936. [Google Scholar] [CrossRef]
  93. Mai, V.; Young, C.M.; Ukhanova, M.; Wang, X.; Sun, Y.; Casella, G.; Theriaque, D.; Li, N.; Sharma, R.; Hudak, M.; et al. Fecal microbiota in premature infants prior to necrotizing enterocolitis. PLoS ONE 2011, 6, e20647. [Google Scholar] [CrossRef]
  94. Wang, Y.; Hoenig, J.D.; Malin, K.J.; Qamar, S.; Petrof, E.O.; Sun, J.; Antonopoulos, D.A.; Chang, E.B.; Claud, E.C. 16S rRNA gene-based analysis of fecal microbiota from preterm infants with and without necrotizing enterocolitis. ISME J. 2009, 3, 944–954. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  95. Torrazza, R.M.; Ukhanova, M.; Wang, X.; Sharma, R.; Hudak, M.L.; Neu, J.; Mai, V. Intestinal microbial ecology and environmental factors affecting necrotizing enterocolitis. PLoS ONE 2013, 8, e83304. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  96. Sim, K.; Shaw, A.G.; Randell, P.; Cox, M.J.; McClure, Z.E.; Li, M.S.; Haddad, M.; Langford, P.R.; Cookson, W.O.; Moffatt, M.F.; et al. Dysbiosis anticipating necrotizing enterocolitis in very premature infants. Clin. Infect. Dis. 2015, 60, 389–397. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  97. McMurtry, V.E.; Gupta, R.W.; Tran, L.; Blanchard, E.E.T.; Penn, D.; Taylor, C.M.; Ferris, M.J. Bacterial diversity and Clostridia abundance decrease with increasing severity of necrotizing enterocolitis. Microbiome 2015, 3, 11. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  98. Stewart, C.J.; Marrs, E.C.; Magorrian, S.; Nelson, A.; Lanyon, C.; Perry, J.D.; Embleton, N.D.; Cummings, S.P.; Berrington, J.E. The preterm gut microbiota: Changes associated with necrotizing enterocolitis and infection. Acta Paediatr. 2012, 101, 1121–1127. [Google Scholar] [CrossRef]
  99. Morrow, A.L.; Lagomarcino, A.J.; Schibler, K.R.; Taft, D.H.; Yu, Z.; Wang, B.; Altaye, M.; Wagner, M.; Gevers, D.; Ward, D.V.; et al. Early microbial and metabolomic signatures predict later onset of necrotizing enterocolitis in preterm infants. Microbiome 2013, 1, 13. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  100. Stewart, C.J.; Embleton, N.D.; Marrs, E.C.; Smith, D.P.; Nelson, A.; Abdulkadir, B.; Skeath, T.; Petrosino, J.F.; Perry, J.D.; Berrington, J.E.; et al. Temporal bacterial and metabolic development of the preterm gut reveals specific signatures in health and disease. Microbiome 2016, 4, 67. [Google Scholar] [CrossRef]
  101. Normann, E.; Fahlen, A.; Engstrand, L.; Lilja, H.E. Intestinal microbial profiles in extremely preterm infants with and without necrotizing enterocolitis. Acta Paediatr. 2013, 102, 129–136. [Google Scholar] [CrossRef]
  102. Rakoff-Nahoum, S.; Paglino, J.; Eslami-Varzaneh, F.; Edberg, S.; Medzhitov, R. Recognition of commensal microflora by toll-like receptors is required for intestinal homeostasis. Cell 2004, 118, 229–241. [Google Scholar] [CrossRef]
  103. Patel, R.M.; Denning, P.W. Intestinal microbiota and its relationship with necrotizing enterocolitis. Pediatr. Res. 2015, 78, 232–238. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  104. Stewart, C.J.; Embleton, N.D.; Marrs, E.C.; Smith, D.P.; Fofanova, T.; Nelson, A.; Skeath, T.; Perry, J.D.; Petrosino, J.F.; Berrington, J.E. Longitudinal development of the gut microbiome and metabolome in preterm neonates with late onset sepsis and healthy controls. Microbiome 2017, 5, 75. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  105. Sanidad, K.Z.; Zeng, M.Y. LOS in the Dysbiotic Gut. Cell. Host. Microbe. 2020, 27, 11–13. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
  106. Lee, L.-H.; Letchumanan, V.; Khan, T.M.; Chan, K.-G.; Goh, B.-H.; Ab Mutalib, N.-S. IDDF2019-ABS-0322 Dissecting the Gut and Skin: Budding Association between Gut Microbiome in the Development to Psoriasis? BMJ Publishing Group: London, UK, 2019. [Google Scholar]
  107. Lee, L.-H.; Letchumanan, V.; Khan, T.M.; Long, M.; Chan, K.-G.; Goh, B.-H.; Ab Mutalib, N.-S. IDDF2018-ABS-0240 Role of Human Microbiota in Skin Dermatitis and Eczema: A Systematic Review; BMJ Publishing Group: London, UK, 2018. [Google Scholar]
  108. Lee, L.-H.; Ser, H.-L.; Khan, T.M.; Gan, K.-G.; Goh, B.-H.; Mutalib, N.-S.A. Association between gut microbiota and autism spectrum disorder: A systematic review and meta-analysis. Gut 2019, 68, A40–A41. [Google Scholar] [CrossRef]
  109. Lee, L.-H.; Ser, H.-L.; Khan, T.M.; Long, M.; Chan, K.-G.; Goh, B.-H.; Ab Mutalib, N.-S. IDDF2018-ABS-0239 Dissecting the Gut and Brain: Potential Links between Gut Microbiota in Development of Alzheimer’s Disease? BMJ Publishing Group: London, UK, 2018. [Google Scholar]
  110. Durganaudu, H.; Kunasegaran, T.; Ramadas, A. Dietary glycaemic index and type 2 diabetes mellitus: Potential modulation of gut microbiota. Prog. Microbes Mol. Biol. 2020, 3, a0000082. [Google Scholar] [CrossRef]
  111. Selvaraj, S.M.; Wong, S.H.; Ser, H.-L.; Lee, L.-H. Role of low FODMAP diet and probiotics on gut microbiome in irritable bowel disease (IBS). Prog. Microbes Mol. Biol. 2020, 3, A0000069. [Google Scholar] [CrossRef]

Будьте здоровы!

 

ССЫЛКИ К РАЗДЕЛУ О ПРЕПАРАТАХ ПРОБИОТИКАХ

  1. ПРОБИОТИКИ
  2. ДОМАШНИЕ ЗАКВАСКИ
  3. БИФИКАРДИО
  4. КОНЦЕНТРАТ БИФИДОБАКТЕРИЙ ЖИДКИЙ
  5. ПРОПИОНИКС
  6. ЙОДПРОПИОНИКС
  7. СЕЛЕНПРОПИОНИКС
  8. МИКРОЭЛЕМЕНТНЫЙ СОСТАВ
  9. ПРОБИОТИКИ С ПНЖК
  10. БИФИДОБАКТЕРИИ
  11. ПРОПИОНОВОКИСЛЫЕ БАКТЕРИИ
  12. ПРОБИОТИКИ И ПРЕБИОТИКИ
  13. СИНБИОТИКИ
  14. РОЛЬ МИКРОБИОМА В ТЕРАПИИ РАКА
  15. АНТИОКСИДАНТНЫЕ СВОЙСТВА
  16. АНТИОКСИДАНТНЫЕ ФЕРМЕНТЫ
  17. АНТИМУТАГЕННАЯ АКТИВНОСТЬ
  18. МИКРОФЛОРА КИШЕЧНОГО ТРАКТА
  19. МИКРОБИОМ ЧЕЛОВЕКА
  20. МИКРОФЛОРА И ФУНКЦИИ МОЗГА
  21. ПРОБИОТИКИ И ХОЛЕСТЕРИН
  22. ПРОБИОТИКИ ПРОТИВ ОЖИРЕНИЯ
  23. МИКРОФЛОРА И САХАРНЫЙ ДИАБЕТ
  24. ПРОБИОТИКИ и ИММУНИТЕТ
  25. МИКРОБИОМ И АУТОИММУННЫЕ БОЛЕЗНИ
  26. ПРОБИОТИКИ и ГРУДНЫЕ ДЕТИ
  27. ПРОБИОТИКИ, БЕРЕМЕННОСТЬ, РОДЫ
  28. ДИСБАКТЕРИОЗ
  29. ВИТАМИННЫЙ СИНТЕЗ
  30. АМИНОКИСЛОТНЫЙ СИНТЕЗ
  31. АНТИМИКРОБНЫЕ СВОЙСТВА
  32. СИНТЕЗ ЛЕТУЧИХ ЖИРНЫХ КИСЛОТ
  33. СИНТЕЗ БАКТЕРИОЦИНОВ
  34. ФУНКЦИОНАЛЬНОЕ ПИТАНИЕ
  35. АЛИМЕНТАРНЫЕ ЗАБОЛЕВАНИЯ
  36. ПРОБИОТИКИ ДЛЯ СПОРТСМЕНОВ
  37. ПРОИЗВОДСТВО ПРОБИОТИКОВ
  38. ЗАКВАСКИ ДЛЯ ПИЩЕВОЙ ПРОМЫШЛЕННОСТИ
  39. НОВОСТИ